Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 DUS3L-202ENST00000320699 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 ADCY1-202ENST00000432715 1693 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 PTGER3-208ENST00000370932 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 GCSH-209ENST00000639689 2412 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 AC007613.1-201ENST00000572811 2597 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 TTC19-201ENST00000261647 3002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 TLK2-203ENST00000346027 3449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 PPAN-P2RY11-201ENST00000393796 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 FN1-208ENST00000426059 2388 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 MBOAT1-201ENST00000324607 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 TAL1-201ENST00000294339 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 DIAPH2-205ENST00000373061 4983 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 TMPRSS5-207ENST00000540540 2001 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 PHYH-202ENST00000396913 1732 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 PHC1-212ENST00000543824 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 CD72-211ENST00000612238 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 SFTPC-201ENST00000318561 997 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 AC097532.1-201ENST00000440802 322 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 SMN2-210ENST00000511812 867 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 HOXC-AS3-202ENST00000513165 533 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 PAX9-204ENST00000554201 1289 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 SNHG15-206ENST00000580528 1073 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 ZPBP2-204ENST00000584588 1277 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 AC099811.2-203ENST00000592574 958 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 HNRNPDL-206ENST00000602300 1291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 REXO1L3P-201ENST00000622202 1288 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 AC010507.1-201ENST00000633895 436 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 EIF4E1B-201ENST00000318682 1974 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 HOXA2-201ENST00000222718 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 EVA1C-202ENST00000382699 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 ARHGEF19-201ENST00000270747 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 TOP3BP1-201ENST00000420768 1380 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 PC-214ENST00000628663 1470 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 GFY-201ENST00000576655 1876 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 HAPLN4-201ENST00000291481 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 SCRIB-203ENST00000377533 5108 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 ISLR2-203ENST00000435464 4259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 RAP1GAP-204ENST00000374761 3318 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 RNF166-203ENST00000541206 2419 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 PRLH-201ENST00000165524 264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 LINC00237-202ENST00000455890 1220 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 MAL2-202ENST00000531508 892 ntTSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 HIST4H4-204ENST00000539745 577 ntAPPRIS P1 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 AC091167.2-201ENST00000579581 588 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 RPL27-206ENST00000589913 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 SLC37A2-203ENST00000403796 2910 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CHMP4AQ9BY43 SLC35A3-217ENST00000639807 2767 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 KAT2A-201ENST00000225916 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 NR4A2-204ENST00000409572 2878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 CEP78-204ENST00000415759 2623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 B4GALT4-216ENST00000483209 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 OSGIN1-202ENST00000361711 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 ZNF419-205ENST00000424930 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 LENG8-202ENST00000376514 5146 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 ADORA1-202ENST00000337894 2919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 HR-202ENST00000381418 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 LRRC32-202ENST00000404995 2656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 SLX1A-SULT1A3-202ENST00000565342 2195 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 UBE3D-203ENST00000369747 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 C14orf180-202ENST00000410013 2009 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 GOLGA2P9-203ENST00000600260 2033 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 HDAC10-205ENST00000448072 2133 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 C19orf25-207ENST00000588871 2128 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 ITGA7-201ENST00000257879 4120 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 UBE2G1-204ENST00000572484 1514 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 PHF1-201ENST00000374512 2224 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 ZNF416-201ENST00000196489 2561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 NAP1L5-201ENST00000323061 2321 ntAPPRIS P1 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 FLT1-201ENST00000282397 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 ATP23-201ENST00000300145 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 ICAM2-202ENST00000418105 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 SPCS2-202ENST00000526361 772 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 PDPK2P-202ENST00000562415 1191 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 HAGH-208ENST00000566709 1291 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 OVCA2-201ENST00000572195 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 ICAM2-208ENST00000579788 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 LINC01128-210ENST00000609139 455 ntTSL 3 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 C1QL3-202ENST00000619991 783 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 AC004877.2-201ENST00000623941 599 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 CABIN1-202ENST00000337989 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 CMPK2-201ENST00000256722 2884 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 IGF2-204ENST00000381406 5179 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 TSLP-203ENST00000420978 2621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 PCCB-201ENST00000251654 1833 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 PAPD5-203ENST00000561678 2916 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 TUBB8P12-201ENST00000308911 1335 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 TUBB7P-202ENST00000428444 1305 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 TUBB8P7-204ENST00000567960 1332 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 LARGE2-201ENST00000325468 2522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 CHST11-205ENST00000549260 5696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 PRKN-202ENST00000366892 1505 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 RPAIN-203ENST00000381209 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 PRSS36-201ENST00000268281 2840 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 PIP5K1A-207ENST00000441902 2297 ntTSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 PLCB2-202ENST00000456256 4242 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 CPEB2-AS1-201ENST00000500394 1630 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 ZNF211-203ENST00000299871 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 CROCCP2-202ENST00000412962 2773 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 THAP3-202ENST00000307896 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
CHMP4AQ9BY43 CCDC107-201ENST00000327351 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.2 ms