Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 CGREF1-206ENST00000405600 1346 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 OTUD5-204ENST00000428668 1493 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 ALDH3A1-206ENST00000457500 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 TNFRSF8-202ENST00000413146 2363 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 FKBP10-201ENST00000321562 2662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 VAV1-201ENST00000304076 2825 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 KLHL2-201ENST00000226725 3134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 GNAS-203ENST00000306120 1878 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 TNNC2-201ENST00000372555 710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 TCEAL3-202ENST00000372627 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 IL2RG-202ENST00000374188 1432 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 OTUD1-201ENST00000376495 2933 ntAPPRIS P1 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 CACNB2-206ENST00000377328 1233 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 NR4A2-203ENST00000409108 1735 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 MATN3-202ENST00000421259 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 PPP6R2P1-201ENST00000450880 1275 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 TPT1-AS1-219ENST00000523506 574 ntTSL 4 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 SLC1A6-210ENST00000600144 1735 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 AL031055.1-201ENST00000606362 631 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 SNHG28-203ENST00000621242 708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 AC008267.7-201ENST00000624570 1194 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 FKBP4-208ENST00000630279 156 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 HIC1-202ENST00000399849 3156 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 AGAP1-205ENST00000409538 6138 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 CLDN7-201ENST00000360325 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 APAF1-210ENST00000551964 5444 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 IQCE-210ENST00000438376 2170 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 RNH1-205ENST00000397615 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 SCYL2-201ENST00000360820 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 FAM189B-204ENST00000368368 2609 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 TMEM270-201ENST00000320531 854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 ANAPC11-201ENST00000344877 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 MRPL9-202ENST00000368830 1296 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 VCX-202ENST00000381059 967 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 CRIP1-203ENST00000409393 677 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 AC073283.1-201ENST00000421759 860 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 AL512638.1-201ENST00000457493 794 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 AP000842.3-202ENST00000569238 1080 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 ANAPC11-213ENST00000577747 672 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 ZNF667-AS1-202ENST00000586091 678 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 AC027307.2-201ENST00000591252 911 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 BMP2K-208ENST00000628286 3848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 AC247036.6-201ENST00000632950 410 ntAPPRIS P1 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 AC020934.3-201ENST00000639810 348 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 AL358472.5-202ENST00000641448 1267 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 MAP3K21-203ENST00000366624 5809 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 POLR3D-201ENST00000306433 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 AC008764.1-201ENST00000409035 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 SHTN1-203ENST00000392901 2190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 KRT6C-201ENST00000252250 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 KRT6B-201ENST00000252252 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 AC012317.2-201ENST00000623305 2251 ntBASIC21.58■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 RCAN3-209ENST00000616511 2527 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 NME9-203ENST00000383180 2133 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 BAG5-202ENST00000337322 1960 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 ZDHHC18-202ENST00000374142 5020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 IL15-201ENST00000296545 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 RNF146-213ENST00000610153 2070 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 FLT1-207ENST00000615840 6453 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 SOCS2-AS1-202ENST00000500986 1655 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 MDM2-209ENST00000393412 1404 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 CCDC28B-202ENST00000421922 1415 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 GINM1-201ENST00000367419 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 ENDOV-201ENST00000323854 1226 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 MIR346-201ENST00000362234 95 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 C1orf43-203ENST00000368516 872 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 C6orf52-202ENST00000379586 430 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 CD81-202ENST00000381036 880 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 TNNT3-204ENST00000381558 1258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 BLCAP-202ENST00000397131 633 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 BLCAP-203ENST00000397134 566 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 C2orf88-205ENST00000443551 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 AC097493.3-201ENST00000509725 367 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 AC069120.2-201ENST00000524091 540 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 CCKBR-203ENST00000525462 2138 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 AC090241.2-202ENST00000602333 633 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 TRPC1-203ENST00000476941 3061 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 ZNF446-203ENST00000594369 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 BICD1-207ENST00000551848 1962 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 CLEC17A-202ENST00000417570 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 MARK1-202ENST00000366918 5169 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 PDE8A-202ENST00000339708 2663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 PCSK6-214ENST00000611716 4409 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 MYEOV-201ENST00000308946 2287 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 EPB41L4B-201ENST00000374557 4006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 LMNA-208ENST00000448611 1943 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 PNMA8B-202ENST00000599531 5308 ntAPPRIS P1 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 GATB-209ENST00000512306 1519 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 APLP2-210ENST00000528499 2530 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 OR8S1-201ENST00000310194 1080 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 PENK-201ENST00000314922 1199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 TPM2-201ENST00000329305 1018 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 ZC3H12D-202ENST00000409948 753 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 GOLGA6L11P-201ENST00000417252 1298 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 Z98749.2-201ENST00000428294 700 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 SSNA1-204ENST00000464553 723 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC87Q9NVE4 MEIS3P1-201ENST00000495167 958 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.2 ms