Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 MPDU1-223ENST00000582151 728 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 MRPL34-202ENST00000594999 555 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 AC010507.1-202ENST00000633286 381 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 AZI2-205ENST00000420543 1366 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 SLX1A-SULT1A3-202ENST00000565342 2195 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 PDE8A-202ENST00000339708 2663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 EMX2-201ENST00000442245 2710 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 LRRFIP2-209ENST00000440230 1989 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 PTHLH-205ENST00000535992 1891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 AP005329.2-201ENST00000580139 1771 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 ZNF140-207ENST00000440550 1663 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 COBL-202ENST00000395540 2332 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 AIP-201ENST00000279146 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 POP7-201ENST00000303151 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 C6orf52-202ENST00000379586 430 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 NQO2-203ENST00000380441 1021 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 GOSR2-202ENST00000393456 788 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 AL080243.2-201ENST00000418783 582 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 BASP1P1-201ENST00000430708 665 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 PNKD-204ENST00000436005 978 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 AC012645.4-201ENST00000610691 1061 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 GALNT9-202ENST00000397325 1727 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 WDR90-209ENST00000547944 1672 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 HERPUD2-201ENST00000311350 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 KCNC3-203ENST00000477616 3176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 FPGS-201ENST00000373225 2278 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 RELL2-201ENST00000297164 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 LINC01554-202ENST00000436592 2052 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 COX6A1-201ENST00000229379 572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 FAM159B-201ENST00000389074 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 HFE-208ENST00000397022 1280 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 C6orf47-AS1-203ENST00000422049 673 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 TSPY16P-201ENST00000449843 468 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 HFE-214ENST00000488199 781 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 RBM7-207ENST00000544582 692 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 RARRES2P9-201ENST00000565168 469 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 AC013467.2-201ENST00000605472 835 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 AC073592.8-201ENST00000624126 511 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 TMEM114-205ENST00000624696 560 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 NT5C3A-204ENST00000405342 1759 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 LINC01148-201ENST00000557527 1763 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 OTOL1-201ENST00000327928 1434 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 PPA2-201ENST00000341695 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 ST6GALNAC6-201ENST00000291839 2280 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 ZDHHC11-209ENST00000511539 1303 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 ZDHHC11B-204ENST00000622126 1301 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 MOAP1-201ENST00000298894 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 PCBP4-203ENST00000428823 1835 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 HIBADH-201ENST00000265395 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 FCRLB-204ENST00000367946 1152 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 PAEP-208ENST00000479141 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 LY6E-204ENST00000519546 971 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 GABRD-218ENST00000640949 1684 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 SRPK3-201ENST00000370100 1717 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 CAPN1-226ENST00000533820 3083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 AP2A2-222ENST00000534328 1491 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 NECAB2-203ENST00000565691 2064 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 C10orf107-201ENST00000330194 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 CITED2-201ENST00000367651 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 CDH23-AS1-201ENST00000428918 378 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 TMPRSS11CP-201ENST00000453277 683 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 PSMB5-204ENST00000460922 729 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 ZNF789-211ENST00000493485 556 ntTSL 4 BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 AL138918.1-201ENST00000568306 659 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 AC116003.1-201ENST00000578340 536 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 IFT20-209ENST00000579419 787 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 SPDYE22P-201ENST00000582158 798 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 ARHGAP4-204ENST00000393721 2721 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 LSP1-202ENST00000381775 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 GLYCTK-207ENST00000477382 1304 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 CSNK2A1-203ENST00000400217 1451 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 ALAS2-203ENST00000396198 1936 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 FAM198A-202ENST00000430121 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 EMX2-203ENST00000553456 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 SATB2-203ENST00000428695 2135 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 ZNF140-210ENST00000544426 2340 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP54Q70EL1 ST3GAL3-206ENST00000351035 2377 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
USP54Q70EL1 HFE2-201ENST00000336751 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
USP54Q70EL1 ITGA9-AS1-201ENST00000366441 895 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.2
USP54Q70EL1 AC009477.1-201ENST00000452936 217 ntBASIC22.58■■□□□ 1.2
USP54Q70EL1 RNF24-204ENST00000545616 1128 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
USP54Q70EL1 AC141424.1-203ENST00000599026 887 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
USP54Q70EL1 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
USP54Q70EL1 CALD1-204ENST00000417172 1915 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
USP54Q70EL1 ALMS1P1-202ENST00000450720 1601 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
USP54Q70EL1 HGNC:18790-211ENST00000621129 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
USP54Q70EL1 ULBP2-201ENST00000367351 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP54Q70EL1 CGREF1-206ENST00000405600 1346 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP54Q70EL1 P2RX6-201ENST00000401443 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP54Q70EL1 NRBP1-204ENST00000379863 2174 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP54Q70EL1 ABCG4-206ENST00000622721 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP54Q70EL1 IRF3-217ENST00000597198 1741 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP54Q70EL1 HHATL-201ENST00000310417 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP54Q70EL1 KCNV2-201ENST00000382082 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP54Q70EL1 GMNN-201ENST00000230056 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP54Q70EL1 BEST1-205ENST00000526988 1263 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 69.2 ms