Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HIF3AQ9Y2N7 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
HIF3AQ9Y2N7 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
HIF3AQ9Y2N7 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
HIF3AQ9Y2N7 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
HIF3AQ9Y2N7 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
HIF3AQ9Y2N7 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
HIF3AQ9Y2N7 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
HIF3AQ9Y2N7 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
HIF3AQ9Y2N7 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.78■■□□□ 1.08
HIF3AQ9Y2N7 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
HIF3AQ9Y2N7 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
HIF3AQ9Y2N7 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
HIF3AQ9Y2N7 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
HIF3AQ9Y2N7 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC21.77■■□□□ 1.08
HIF3AQ9Y2N7 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
HIF3AQ9Y2N7 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
HIF3AQ9Y2N7 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
HIF3AQ9Y2N7 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
HIF3AQ9Y2N7 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC21.76■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC21.74■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC21.73■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC21.71■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
HIF3AQ9Y2N7 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC21.68■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC21.68■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
HIF3AQ9Y2N7 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.5 ms