Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
LIMCH1Q9UPQ0 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
LIMCH1Q9UPQ0 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
LIMCH1Q9UPQ0 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
LIMCH1Q9UPQ0 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
LIMCH1Q9UPQ0 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
LIMCH1Q9UPQ0 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
LIMCH1Q9UPQ0 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
LIMCH1Q9UPQ0 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
LIMCH1Q9UPQ0 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
LIMCH1Q9UPQ0 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
LIMCH1Q9UPQ0 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
LIMCH1Q9UPQ0 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC28.52■■■□□ 2.16
LIMCH1Q9UPQ0 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.16
LIMCH1Q9UPQ0 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.16
LIMCH1Q9UPQ0 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
LIMCH1Q9UPQ0 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
LIMCH1Q9UPQ0 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
LIMCH1Q9UPQ0 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
LIMCH1Q9UPQ0 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
LIMCH1Q9UPQ0 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
LIMCH1Q9UPQ0 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
LIMCH1Q9UPQ0 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
LIMCH1Q9UPQ0 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
LIMCH1Q9UPQ0 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
LIMCH1Q9UPQ0 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC28.49■■■□□ 2.15
LIMCH1Q9UPQ0 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
LIMCH1Q9UPQ0 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
LIMCH1Q9UPQ0 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
LIMCH1Q9UPQ0 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
LIMCH1Q9UPQ0 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
LIMCH1Q9UPQ0 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
LIMCH1Q9UPQ0 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
LIMCH1Q9UPQ0 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
LIMCH1Q9UPQ0 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
LIMCH1Q9UPQ0 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
LIMCH1Q9UPQ0 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
LIMCH1Q9UPQ0 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
LIMCH1Q9UPQ0 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
LIMCH1Q9UPQ0 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
LIMCH1Q9UPQ0 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
LIMCH1Q9UPQ0 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
LIMCH1Q9UPQ0 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
LIMCH1Q9UPQ0 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
LIMCH1Q9UPQ0 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
LIMCH1Q9UPQ0 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC28.46■■■□□ 2.15
LIMCH1Q9UPQ0 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.15
LIMCH1Q9UPQ0 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
LIMCH1Q9UPQ0 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
LIMCH1Q9UPQ0 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
LIMCH1Q9UPQ0 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
LIMCH1Q9UPQ0 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
LIMCH1Q9UPQ0 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
LIMCH1Q9UPQ0 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
LIMCH1Q9UPQ0 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
LIMCH1Q9UPQ0 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
LIMCH1Q9UPQ0 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
LIMCH1Q9UPQ0 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
LIMCH1Q9UPQ0 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
LIMCH1Q9UPQ0 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
LIMCH1Q9UPQ0 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
LIMCH1Q9UPQ0 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
LIMCH1Q9UPQ0 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC28.42■■■□□ 2.14
LIMCH1Q9UPQ0 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
LIMCH1Q9UPQ0 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
LIMCH1Q9UPQ0 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
LIMCH1Q9UPQ0 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
LIMCH1Q9UPQ0 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
LIMCH1Q9UPQ0 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
LIMCH1Q9UPQ0 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
LIMCH1Q9UPQ0 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
LIMCH1Q9UPQ0 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC28.4■■■□□ 2.14
LIMCH1Q9UPQ0 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
LIMCH1Q9UPQ0 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
LIMCH1Q9UPQ0 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.4■■■□□ 2.14
LIMCH1Q9UPQ0 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
LIMCH1Q9UPQ0 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
LIMCH1Q9UPQ0 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
LIMCH1Q9UPQ0 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
LIMCH1Q9UPQ0 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
LIMCH1Q9UPQ0 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
LIMCH1Q9UPQ0 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
LIMCH1Q9UPQ0 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
LIMCH1Q9UPQ0 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
LIMCH1Q9UPQ0 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
LIMCH1Q9UPQ0 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
LIMCH1Q9UPQ0 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC28.38■■■□□ 2.13
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
LIMCH1Q9UPQ0 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
LIMCH1Q9UPQ0 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
LIMCH1Q9UPQ0 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
LIMCH1Q9UPQ0 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
LIMCH1Q9UPQ0 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
LIMCH1Q9UPQ0 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
LIMCH1Q9UPQ0 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
LIMCH1Q9UPQ0 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
LIMCH1Q9UPQ0 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
LIMCH1Q9UPQ0 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.6 ms