Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZR4

VSX1, Visual system homeobox 1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 365 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VSX1Q9NZR4 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
VSX1Q9NZR4 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
VSX1Q9NZR4 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
VSX1Q9NZR4 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VSX1Q9NZR4 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
VSX1Q9NZR4 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VSX1Q9NZR4 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VSX1Q9NZR4 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VSX1Q9NZR4 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
VSX1Q9NZR4 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VSX1Q9NZR4 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VSX1Q9NZR4 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
VSX1Q9NZR4 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VSX1Q9NZR4 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VSX1Q9NZR4 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VSX1Q9NZR4 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VSX1Q9NZR4 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VSX1Q9NZR4 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VSX1Q9NZR4 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VSX1Q9NZR4 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VSX1Q9NZR4 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
VSX1Q9NZR4 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC21.49■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC21.49■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC21.49■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VSX1Q9NZR4 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VSX1Q9NZR4 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VSX1Q9NZR4 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
VSX1Q9NZR4 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
VSX1Q9NZR4 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
VSX1Q9NZR4 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VSX1Q9NZR4 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VSX1Q9NZR4 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VSX1Q9NZR4 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
VSX1Q9NZR4 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VSX1Q9NZR4 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VSX1Q9NZR4 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VSX1Q9NZR4 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VSX1Q9NZR4 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VSX1Q9NZR4 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VSX1Q9NZR4 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VSX1Q9NZR4 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VSX1Q9NZR4 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VSX1Q9NZR4 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VSX1Q9NZR4 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VSX1Q9NZR4 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VSX1Q9NZR4 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VSX1Q9NZR4 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VSX1Q9NZR4 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VSX1Q9NZR4 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VSX1Q9NZR4 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VSX1Q9NZR4 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VSX1Q9NZR4 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
VSX1Q9NZR4 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
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