Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
SCN9AQ15858 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
SCN9AQ15858 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.58■■■□□ 2.33
SCN9AQ15858 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
SCN9AQ15858 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
SCN9AQ15858 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
SCN9AQ15858 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC29.58■■■□□ 2.33
SCN9AQ15858 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC29.57■■■□□ 2.32
SCN9AQ15858 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
SCN9AQ15858 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC29.56■■■□□ 2.32
SCN9AQ15858 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
SCN9AQ15858 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
SCN9AQ15858 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
SCN9AQ15858 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC29.55■■■□□ 2.32
SCN9AQ15858 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC29.55■■■□□ 2.32
SCN9AQ15858 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
SCN9AQ15858 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
SCN9AQ15858 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC29.55■■■□□ 2.32
SCN9AQ15858 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC29.55■■■□□ 2.32
SCN9AQ15858 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC29.54■■■□□ 2.32
SCN9AQ15858 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
SCN9AQ15858 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
SCN9AQ15858 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
SCN9AQ15858 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC29.53■■■□□ 2.32
SCN9AQ15858 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC29.53■■■□□ 2.32
SCN9AQ15858 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
SCN9AQ15858 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC29.53■■■□□ 2.32
SCN9AQ15858 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
SCN9AQ15858 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.52■■■□□ 2.32
SCN9AQ15858 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC29.52■■■□□ 2.32
SCN9AQ15858 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
SCN9AQ15858 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
SCN9AQ15858 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
SCN9AQ15858 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
SCN9AQ15858 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.51■■■□□ 2.31
SCN9AQ15858 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
SCN9AQ15858 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
SCN9AQ15858 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
SCN9AQ15858 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
SCN9AQ15858 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
SCN9AQ15858 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
SCN9AQ15858 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
SCN9AQ15858 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
SCN9AQ15858 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.49■■■□□ 2.31
SCN9AQ15858 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
SCN9AQ15858 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
SCN9AQ15858 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
SCN9AQ15858 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.49■■■□□ 2.31
SCN9AQ15858 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
SCN9AQ15858 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
SCN9AQ15858 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC29.48■■■□□ 2.31
SCN9AQ15858 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
SCN9AQ15858 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
SCN9AQ15858 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
SCN9AQ15858 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
SCN9AQ15858 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.48■■■□□ 2.31
SCN9AQ15858 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
SCN9AQ15858 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.47■■■□□ 2.31
SCN9AQ15858 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
SCN9AQ15858 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.46■■■□□ 2.31
SCN9AQ15858 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
SCN9AQ15858 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
SCN9AQ15858 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
SCN9AQ15858 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
SCN9AQ15858 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
SCN9AQ15858 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.31
SCN9AQ15858 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
SCN9AQ15858 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC29.45■■■□□ 2.31
SCN9AQ15858 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC29.45■■■□□ 2.31
SCN9AQ15858 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.3
SCN9AQ15858 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
SCN9AQ15858 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
SCN9AQ15858 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC29.44■■■□□ 2.3
SCN9AQ15858 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
SCN9AQ15858 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.44■■■□□ 2.3
SCN9AQ15858 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC29.44■■■□□ 2.3
SCN9AQ15858 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC29.44■■■□□ 2.3
SCN9AQ15858 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC29.44■■■□□ 2.3
SCN9AQ15858 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC29.44■■■□□ 2.3
SCN9AQ15858 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
SCN9AQ15858 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
SCN9AQ15858 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC29.43■■■□□ 2.3
SCN9AQ15858 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC29.43■■■□□ 2.3
SCN9AQ15858 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC29.43■■■□□ 2.3
SCN9AQ15858 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
SCN9AQ15858 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
SCN9AQ15858 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
SCN9AQ15858 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
SCN9AQ15858 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
SCN9AQ15858 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.41■■■□□ 2.3
SCN9AQ15858 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
SCN9AQ15858 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC29.41■■■□□ 2.3
SCN9AQ15858 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.41■■■□□ 2.3
SCN9AQ15858 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
SCN9AQ15858 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
SCN9AQ15858 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
SCN9AQ15858 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC29.4■■■□□ 2.3
SCN9AQ15858 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC29.4■■■□□ 2.3
SCN9AQ15858 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
SCN9AQ15858 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
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