Protein–RNA interactions for Protein: Q13099

IFT88, Intraflagellar transport protein 88 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 833 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
IFT88Q13099 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.38■■□□□ 1.49
IFT88Q13099 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.38■■□□□ 1.49
IFT88Q13099 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
IFT88Q13099 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
IFT88Q13099 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
IFT88Q13099 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
IFT88Q13099 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
IFT88Q13099 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
IFT88Q13099 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
IFT88Q13099 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
IFT88Q13099 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
IFT88Q13099 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
IFT88Q13099 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
IFT88Q13099 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC24.36■■□□□ 1.49
IFT88Q13099 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
IFT88Q13099 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
IFT88Q13099 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
IFT88Q13099 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
IFT88Q13099 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
IFT88Q13099 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
IFT88Q13099 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
IFT88Q13099 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
IFT88Q13099 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
IFT88Q13099 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
IFT88Q13099 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
IFT88Q13099 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
IFT88Q13099 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
IFT88Q13099 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
IFT88Q13099 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
IFT88Q13099 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
IFT88Q13099 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
IFT88Q13099 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
IFT88Q13099 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
IFT88Q13099 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
IFT88Q13099 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
IFT88Q13099 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
IFT88Q13099 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
IFT88Q13099 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
IFT88Q13099 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
IFT88Q13099 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
IFT88Q13099 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
IFT88Q13099 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
IFT88Q13099 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC24.31■■□□□ 1.48
IFT88Q13099 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
IFT88Q13099 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
IFT88Q13099 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
IFT88Q13099 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
IFT88Q13099 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
IFT88Q13099 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
IFT88Q13099 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
IFT88Q13099 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
IFT88Q13099 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
IFT88Q13099 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
IFT88Q13099 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
IFT88Q13099 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
IFT88Q13099 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
IFT88Q13099 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
IFT88Q13099 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC24.28■■□□□ 1.48
IFT88Q13099 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
IFT88Q13099 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
IFT88Q13099 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
IFT88Q13099 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
IFT88Q13099 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
IFT88Q13099 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
IFT88Q13099 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
IFT88Q13099 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
IFT88Q13099 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
IFT88Q13099 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
IFT88Q13099 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
IFT88Q13099 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
IFT88Q13099 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
IFT88Q13099 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
IFT88Q13099 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
IFT88Q13099 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
IFT88Q13099 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
IFT88Q13099 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
IFT88Q13099 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
IFT88Q13099 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
IFT88Q13099 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
IFT88Q13099 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
IFT88Q13099 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
IFT88Q13099 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
IFT88Q13099 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
IFT88Q13099 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
IFT88Q13099 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
IFT88Q13099 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
IFT88Q13099 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
IFT88Q13099 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
IFT88Q13099 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
IFT88Q13099 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
IFT88Q13099 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
IFT88Q13099 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
IFT88Q13099 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
IFT88Q13099 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
IFT88Q13099 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
IFT88Q13099 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
IFT88Q13099 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
IFT88Q13099 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
IFT88Q13099 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
IFT88Q13099 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13 ms