Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
HDAC4P56524 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
HDAC4P56524 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
HDAC4P56524 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
HDAC4P56524 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
HDAC4P56524 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC25.3■■□□□ 1.64
HDAC4P56524 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
HDAC4P56524 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
HDAC4P56524 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
HDAC4P56524 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
HDAC4P56524 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
HDAC4P56524 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
HDAC4P56524 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
HDAC4P56524 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
HDAC4P56524 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
HDAC4P56524 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
HDAC4P56524 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
HDAC4P56524 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
HDAC4P56524 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
HDAC4P56524 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
HDAC4P56524 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
HDAC4P56524 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
HDAC4P56524 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
HDAC4P56524 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
HDAC4P56524 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
HDAC4P56524 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
HDAC4P56524 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
HDAC4P56524 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
HDAC4P56524 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
HDAC4P56524 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
HDAC4P56524 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
HDAC4P56524 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
HDAC4P56524 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
HDAC4P56524 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
HDAC4P56524 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
HDAC4P56524 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
HDAC4P56524 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
HDAC4P56524 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
HDAC4P56524 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
HDAC4P56524 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
HDAC4P56524 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
HDAC4P56524 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
HDAC4P56524 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
HDAC4P56524 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
HDAC4P56524 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
HDAC4P56524 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
HDAC4P56524 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
HDAC4P56524 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
HDAC4P56524 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
HDAC4P56524 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
HDAC4P56524 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
HDAC4P56524 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
HDAC4P56524 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
HDAC4P56524 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
HDAC4P56524 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
HDAC4P56524 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
HDAC4P56524 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
HDAC4P56524 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
HDAC4P56524 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
HDAC4P56524 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
HDAC4P56524 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
HDAC4P56524 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
HDAC4P56524 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
HDAC4P56524 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
HDAC4P56524 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
HDAC4P56524 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
HDAC4P56524 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
HDAC4P56524 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
HDAC4P56524 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
HDAC4P56524 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
HDAC4P56524 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
HDAC4P56524 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
HDAC4P56524 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
HDAC4P56524 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
HDAC4P56524 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
HDAC4P56524 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC25.17■■□□□ 1.62
HDAC4P56524 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
HDAC4P56524 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
HDAC4P56524 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
HDAC4P56524 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
HDAC4P56524 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
HDAC4P56524 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
HDAC4P56524 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC25.16■■□□□ 1.62
HDAC4P56524 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
HDAC4P56524 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
HDAC4P56524 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
HDAC4P56524 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC25.15■■□□□ 1.62
HDAC4P56524 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
HDAC4P56524 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
HDAC4P56524 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
HDAC4P56524 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
HDAC4P56524 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
HDAC4P56524 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
HDAC4P56524 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
HDAC4P56524 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
HDAC4P56524 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
HDAC4P56524 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
HDAC4P56524 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
HDAC4P56524 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
HDAC4P56524 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.5 ms