Protein–RNA interactions for Protein: P48059

LIMS1, LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 325 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1P48059 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMS1P48059 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMS1P48059 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMS1P48059 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMS1P48059 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMS1P48059 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMS1P48059 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMS1P48059 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMS1P48059 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIMS1P48059 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMS1P48059 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMS1P48059 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMS1P48059 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIMS1P48059 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMS1P48059 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
LIMS1P48059 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.5 ms