Protein–RNA interactions for Protein: A6NMZ7

COL6A6, Collagen alpha-6(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,263 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A6A6NMZ7 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL6A6A6NMZ7 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
COL6A6A6NMZ7 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL6A6A6NMZ7 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
COL6A6A6NMZ7 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
COL6A6A6NMZ7 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
COL6A6A6NMZ7 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
COL6A6A6NMZ7 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC22.27■■□□□ 1.15
COL6A6A6NMZ7 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
COL6A6A6NMZ7 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL6A6A6NMZ7 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL6A6A6NMZ7 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
COL6A6A6NMZ7 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL6A6A6NMZ7 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL6A6A6NMZ7 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL6A6A6NMZ7 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL6A6A6NMZ7 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL6A6A6NMZ7 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL6A6A6NMZ7 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL6A6A6NMZ7 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL6A6A6NMZ7 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL6A6A6NMZ7 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL6A6A6NMZ7 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL6A6A6NMZ7 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL6A6A6NMZ7 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL6A6A6NMZ7 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
COL6A6A6NMZ7 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL6A6A6NMZ7 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL6A6A6NMZ7 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL6A6A6NMZ7 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL6A6A6NMZ7 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL6A6A6NMZ7 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL6A6A6NMZ7 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL6A6A6NMZ7 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL6A6A6NMZ7 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL6A6A6NMZ7 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC22.2■■□□□ 1.15
COL6A6A6NMZ7 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.15
COL6A6A6NMZ7 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL6A6A6NMZ7 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL6A6A6NMZ7 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL6A6A6NMZ7 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL6A6A6NMZ7 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL6A6A6NMZ7 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
COL6A6A6NMZ7 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL6A6A6NMZ7 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL6A6A6NMZ7 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A6A6NMZ7 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A6A6NMZ7 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A6A6NMZ7 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A6A6NMZ7 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A6A6NMZ7 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A6A6NMZ7 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A6A6NMZ7 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A6A6NMZ7 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL6A6A6NMZ7 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL6A6A6NMZ7 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL6A6A6NMZ7 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL6A6A6NMZ7 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL6A6A6NMZ7 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL6A6A6NMZ7 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL6A6A6NMZ7 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL6A6A6NMZ7 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL6A6A6NMZ7 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL6A6A6NMZ7 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL6A6A6NMZ7 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A6A6NMZ7 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A6A6NMZ7 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A6A6NMZ7 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A6A6NMZ7 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A6A6NMZ7 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A6A6NMZ7 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A6A6NMZ7 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A6A6NMZ7 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A6A6NMZ7 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A6A6NMZ7 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A6A6NMZ7 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
COL6A6A6NMZ7 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC22.14■■□□□ 1.14
COL6A6A6NMZ7 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL6A6A6NMZ7 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
COL6A6A6NMZ7 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL6A6A6NMZ7 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
COL6A6A6NMZ7 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL6A6A6NMZ7 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL6A6A6NMZ7 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL6A6A6NMZ7 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL6A6A6NMZ7 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL6A6A6NMZ7 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL6A6A6NMZ7 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL6A6A6NMZ7 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL6A6A6NMZ7 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL6A6A6NMZ7 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
COL6A6A6NMZ7 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL6A6A6NMZ7 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL6A6A6NMZ7 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL6A6A6NMZ7 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
COL6A6A6NMZ7 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
COL6A6A6NMZ7 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
COL6A6A6NMZ7 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A6A6NMZ7 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
COL6A6A6NMZ7 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 7.9 ms