Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 SPDYE7P-202ENST00000420373 878 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 PRKAG2-AS1-202ENST00000467458 1064 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 GATD1-206ENST00000526325 756 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 BEST1-205ENST00000526988 1263 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 SLC25A39P2-201ENST00000537614 270 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 PML-221ENST00000569965 2148 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 AC013565.3-202ENST00000570120 460 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 AL390754.1-201ENST00000619088 582 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 TLE3-201ENST00000317509 5207 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 CFAP77-201ENST00000343036 1818 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 CRB2-202ENST00000373631 5550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 BCS1L-212ENST00000439945 1483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 NFIB-208ENST00000397581 3318 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 WASH6P-202ENST00000359512 1437 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 TSR1-201ENST00000301364 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 LDOC1-201ENST00000370526 1381 ntAPPRIS P1 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 MAEA-201ENST00000264750 2058 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 CLDN4-201ENST00000340958 1831 ntAPPRIS P1 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 BIN1-208ENST00000376113 1832 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 C8orf58-207ENST00000615223 1848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 TDRKH-207ENST00000458431 2768 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 RBM26-202ENST00000438724 5152 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 GPX3-210ENST00000622181 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 SNX27-204ENST00000458013 6403 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 CSNK1G2-AS1-201ENST00000314315 1252 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 U52111.1-201ENST00000434284 914 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 ZNF606-202ENST00000546715 636 ntTSL 4 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 NDUFA4L2-202ENST00000554503 1177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 IL11-202ENST00000585513 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 SSH2-211ENST00000590153 570 ntTSL 4 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 ZNF550-208ENST00000601415 515 ntTSL 4 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 MADCAM1-204ENST00000587541 1723 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 LINC00574-201ENST00000420557 2318 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 TM9SF1-206ENST00000528669 2425 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 TSNARE1-205ENST00000520166 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 ARPIN-202ENST00000460685 2145 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 LSM12-201ENST00000293406 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 CAV2-201ENST00000222693 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 PYCR2-201ENST00000343818 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 CD8B-201ENST00000331469 832 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 MUC1-201ENST00000337604 859 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 FAM159B-201ENST00000389074 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 PSMA8-203ENST00000415576 1280 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 HCG4-201ENST00000418983 998 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 LINC00351-201ENST00000424926 911 ntTSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 TSC22D3-213ENST00000506081 956 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 IGHV3-42-201ENST00000520410 361 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 NR2C2AP-204ENST00000538165 891 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 AL158211.3-201ENST00000607385 239 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 AL008721.1-201ENST00000609964 604 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 ZNF211-211ENST00000541801 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 PPP2R2C-209ENST00000515571 1832 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 CSK-201ENST00000220003 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 TDRKH-202ENST00000368823 2751 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 SERPINB6-201ENST00000335686 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 HSPB8-201ENST00000281938 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 SCAI-202ENST00000373549 1968 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 SSBP3-203ENST00000371319 1578 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 PDE6B-202ENST00000429163 2120 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 SLC47A2-201ENST00000325411 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 STPG3-AS1-201ENST00000612170 1701 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 FERMT2-204ENST00000399304 2082 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 PRRT2-212ENST00000636619 2065 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 CCDC28A-202ENST00000611852 1505 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 AC004408.2-201ENST00000623613 2777 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 NRXN1-220ENST00000611589 1857 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 DNLZ-202ENST00000371739 2934 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 KCNQ5-202ENST00000355194 6566 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 KCNQ5-206ENST00000402622 6596 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 LRRC71-201ENST00000337428 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 ARFRP1-212ENST00000618838 1623 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 SRP19-201ENST00000282999 937 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 RNU1-129P-201ENST00000384064 167 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 GRAP-202ENST00000395635 834 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 TAS2R41-201ENST00000408916 924 ntAPPRIS P1 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 TMEM37-202ENST00000409826 794 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 AL807752.4-201ENST00000439076 580 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 PIGZ-204ENST00000443835 675 ntTSL 4 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 RAB3A-202ENST00000464076 1253 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 MTRF1LP2-201ENST00000506027 1122 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 AP005018.1-201ENST00000525475 301 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 ALG1L8P-201ENST00000533887 760 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 AC133550.1-201ENST00000563565 295 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 U1.21-201ENST00000580816 167 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 MIR6080-201ENST00000617359 66 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 NFS1-202ENST00000374085 2645 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 FCGRT-201ENST00000221466 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 ARHGAP11A-208ENST00000567348 2422 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 FAM60A-203ENST00000454658 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 LILRA6-201ENST00000245621 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 ACP5-203ENST00000433365 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 PDE4D-204ENST00000358923 2969 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 SUDS3-204ENST00000543473 4897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 CORO1C-204ENST00000541050 2487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 SLC22A20-204ENST00000530038 1673 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 LYPLAL1-201ENST00000366927 1819 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 DIP2A-203ENST00000435722 2760 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC87Q9NVE4 LMLN-204ENST00000420910 2423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.2 ms