Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 NEIL1-221ENST00000569035 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
CUX1P39880 TMEM175-201ENST00000264771 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
CUX1P39880 ORC5-201ENST00000297431 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
CUX1P39880 LGMN-201ENST00000334869 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
CUX1P39880 RPS5-202ENST00000596046 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
CUX1P39880 LYPLAL1-201ENST00000366927 1819 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
CUX1P39880 PPP2R2C-209ENST00000515571 1832 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
CUX1P39880 SLC44A3-207ENST00000529450 2045 ntTSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
CUX1P39880 LINC01116-202ENST00000339037 838 ntTSL 3 BASIC28.47■■■□□ 2.15
CUX1P39880 WNT7B-203ENST00000410058 714 ntTSL 3 BASIC28.47■■■□□ 2.15
CUX1P39880 TATDN3-212ENST00000530441 492 ntTSL 3 BASIC28.47■■■□□ 2.15
CUX1P39880 SLC8B1-206ENST00000549069 1058 ntTSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
CUX1P39880 AC010336.2-201ENST00000564226 506 ntBASIC28.47■■■□□ 2.15
CUX1P39880 AC018529.1-201ENST00000613063 361 ntBASIC28.47■■■□□ 2.15
CUX1P39880 GSTO2-203ENST00000450629 1391 ntTSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
CUX1P39880 KLK3-201ENST00000326003 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
CUX1P39880 AC073957.2-201ENST00000549241 1562 ntTSL 4 BASIC28.47■■■□□ 2.15
CUX1P39880 FAM91A1-207ENST00000521166 2706 ntTSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
CUX1P39880 DPY19L3-206ENST00000587077 2456 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
CUX1P39880 SOCS2-201ENST00000340600 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
CUX1P39880 DIP2A-203ENST00000435722 2760 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
CUX1P39880 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
CUX1P39880 EED-202ENST00000327320 2033 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
CUX1P39880 TTLL10-203ENST00000379290 2283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
CUX1P39880 RBPJ-204ENST00000348160 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
CUX1P39880 LEPROTL1-202ENST00000442880 908 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
CUX1P39880 AC092691.1-201ENST00000484092 554 ntTSL 4 BASIC28.46■■■□□ 2.15
CUX1P39880 PRELID3A-209ENST00000592149 2001 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
CUX1P39880 AC131009.4-201ENST00000624048 1740 ntBASIC28.46■■■□□ 2.15
CUX1P39880 CDIPT-209ENST00000569956 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
CUX1P39880 ZNF397-201ENST00000261333 1419 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
CUX1P39880 GRAP2-202ENST00000407075 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
CUX1P39880 UBE2I-203ENST00000397514 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
CUX1P39880 MIB2-203ENST00000378712 2890 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.15
CUX1P39880 ATP6V1C2-204ENST00000635370 1578 ntTSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.15
CUX1P39880 SCARF2-203ENST00000623402 3248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
CUX1P39880 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.15
CUX1P39880 DUS3L-202ENST00000320699 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
CUX1P39880 TOMM5-201ENST00000321301 751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
CUX1P39880 NDUFB8-202ENST00000370320 684 ntTSL 3 BASIC28.45■■■□□ 2.15
CUX1P39880 HLA-V-201ENST00000429037 534 ntBASIC28.45■■■□□ 2.15
CUX1P39880 AL359815.1-201ENST00000457706 821 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.15
CUX1P39880 AC008378.1-201ENST00000521251 496 ntTSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.15
CUX1P39880 MYMX-202ENST00000576476 682 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.45■■■□□ 2.15
CUX1P39880 MRPL34-202ENST00000594999 555 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.15
CUX1P39880 TEX28P1-201ENST00000613479 1221 ntBASIC28.45■■■□□ 2.15
CUX1P39880 TEX28P2-201ENST00000617764 1221 ntBASIC28.45■■■□□ 2.15
CUX1P39880 KCNH2-202ENST00000330883 3267 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
CUX1P39880 TACR2-202ENST00000373307 1740 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.15
CUX1P39880 GATA2-202ENST00000430265 2525 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
CUX1P39880 MXRA8-202ENST00000342753 2231 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
CUX1P39880 SSB-202ENST00000409333 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
CUX1P39880 STARD3NL-204ENST00000434197 1341 ntTSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
CUX1P39880 EPHA10-201ENST00000319637 2050 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
CUX1P39880 KCNC3-203ENST00000477616 3176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
CUX1P39880 ARPC5-201ENST00000294742 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
CUX1P39880 HNRNPA3P1-201ENST00000401429 1139 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
CUX1P39880 PABPN1L-202ENST00000419291 1272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
CUX1P39880 HNRNPA3P5-201ENST00000455201 833 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
CUX1P39880 HLA-V-204ENST00000476601 1289 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
CUX1P39880 TMEM33-208ENST00000513702 1092 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
CUX1P39880 MIR4492-201ENST00000581627 80 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
CUX1P39880 LINC00896-202ENST00000609602 2128 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
CUX1P39880 SCARB1-201ENST00000261693 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
CUX1P39880 CLDN14-204ENST00000399137 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
CUX1P39880 ZNF846-205ENST00000588267 1943 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
CUX1P39880 FUT2-201ENST00000391876 1593 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
CUX1P39880 NFIC-210ENST00000590282 1558 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
CUX1P39880 PHYH-202ENST00000396913 1732 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
CUX1P39880 ULK3-220ENST00000569437 2611 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
CUX1P39880 BCL2L12-203ENST00000441864 1371 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
CUX1P39880 T-201ENST00000296946 2436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
CUX1P39880 HDAC8-203ENST00000373559 632 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CUX1P39880 HDAC8-208ENST00000373583 434 ntTSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CUX1P39880 RAB17-204ENST00000409822 1077 ntTSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CUX1P39880 CCDC25-209ENST00000522915 785 ntTSL 3 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CUX1P39880 TOMM5-205ENST00000544379 635 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CUX1P39880 AC018653.3-201ENST00000544657 749 ntTSL 3 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CUX1P39880 GPER1-207ENST00000619052 571 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CUX1P39880 HS3ST3A1-201ENST00000284110 2527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
CUX1P39880 FKBP10-201ENST00000321562 2662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
CUX1P39880 MKRN3-203ENST00000568252 1312 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
CUX1P39880 HSPB8-201ENST00000281938 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
CUX1P39880 AC068944.1-201ENST00000514855 1604 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CUX1P39880 CTD-3080P12.3-203ENST00000514376 1757 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
CUX1P39880 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
CUX1P39880 SRPK3-201ENST00000370100 1717 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CUX1P39880 AP1S3-202ENST00000396653 589 ntTSL 4 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CUX1P39880 LRP5L-201ENST00000402785 1193 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
CUX1P39880 AL355312.1-201ENST00000407115 2176 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
CUX1P39880 AC138466.1-201ENST00000535242 391 ntTSL 3 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CUX1P39880 AC009407.1-201ENST00000568958 598 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
CUX1P39880 AC040162.1-202ENST00000573493 573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CUX1P39880 CYP2A7P1-201ENST00000595391 815 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
CUX1P39880 AL132655.2-201ENST00000596276 594 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
CUX1P39880 EIF6-209ENST00000621148 1054 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.43■■■□□ 2.14
CUX1P39880 SNAP47-202ENST00000366759 2362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CUX1P39880 POLR3D-201ENST00000306433 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
CUX1P39880 EIF5A-206ENST00000571955 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
CUX1P39880 NPM2-203ENST00000397940 1874 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.6 ms