Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 SLC22A11-202ENST00000377581 1975 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 WWTR1-204ENST00000467467 1603 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 SENP2-201ENST00000296257 5717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 CTSA-201ENST00000191018 1898 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 TMEM270-201ENST00000320531 854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 NDUFAF3-203ENST00000395458 808 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 HADHB-208ENST00000537713 2142 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 SSH2-210ENST00000582084 560 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 AP005482.2-201ENST00000587889 310 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 AL590560.3-201ENST00000623350 461 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 AC073592.8-201ENST00000624126 511 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 LINC00466-208ENST00000635218 1217 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 OSR2-209ENST00000522510 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 DDX42-216ENST00000583590 4148 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 ARRDC2-201ENST00000222250 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 ATP6V1E1-201ENST00000253413 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 TIA1-206ENST00000445587 1440 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 CRYM-AS1-201ENST00000338573 1661 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 LGMN-211ENST00000555699 1728 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 AP000974.1-201ENST00000623909 2387 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 ARRB1-201ENST00000360025 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 NT5C3A-204ENST00000405342 1759 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 WRNIP1-202ENST00000380769 3239 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 AC007040.2-201ENST00000606025 4170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 OCIAD1-204ENST00000425583 1915 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 C11orf71-201ENST00000325636 652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 VCX-202ENST00000381059 967 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 CXCL1-201ENST00000395761 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 RAB17-204ENST00000409822 1077 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 AC099669.1-201ENST00000457331 456 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 BATF2-204ENST00000527716 1230 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 CDK4-206ENST00000549606 558 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 AL606495.2-201ENST00000605867 535 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 LRRC36-201ENST00000329956 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 ARHGAP22-203ENST00000374172 2380 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 NFIB-208ENST00000397581 3318 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 SORT1-201ENST00000256637 7028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 MID1IP1-201ENST00000336949 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 SLC29A4-202ENST00000396872 5685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 VMAC-201ENST00000339485 2254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 DPYSL3-202ENST00000398514 5309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 PRKCSH-209ENST00000589838 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 RBM15B-201ENST00000563281 6641 ntAPPRIS P1 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 ZDHHC4-203ENST00000396707 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 RNF212-202ENST00000382968 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 OGFOD2-201ENST00000228922 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 ST8SIA4-202ENST00000451528 1794 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 ATP2A2-201ENST00000308664 4453 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 MORF4L1-201ENST00000331268 2359 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 TRMT2A-201ENST00000252136 2964 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 TEKT2-201ENST00000207457 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 COQ6-220ENST00000629426 1538 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 CHIA-203ENST00000353665 1214 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 WFDC3-204ENST00000372632 704 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 PGF-202ENST00000405431 666 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 LINC00824-206ENST00000523173 920 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 AC107918.2-201ENST00000530817 355 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 AC010336.2-201ENST00000564226 506 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 AC116003.1-201ENST00000578340 536 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 MRPS23-202ENST00000578444 580 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 AC027575.2-201ENST00000585258 1295 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 AC022144.1-201ENST00000602255 1580 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 ALDH3B1-203ENST00000612297 1231 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 EIF4G3-214ENST00000634879 5325 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 DKK3-202ENST00000396505 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 GGT2-201ENST00000401924 2366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 PCDHB2-202ENST00000622947 2231 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 SLBP-202ENST00000429429 1623 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 CAMKV-204ENST00000466940 1475 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 SOD2-215ENST00000546087 2558 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 PITX2-203ENST00000355080 2100 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 ITGBL1-202ENST00000376180 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 RHOT2-201ENST00000315082 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 AC093677.2-201ENST00000600169 1863 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 KANK1-204ENST00000382293 5249 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 APBB1-224ENST00000621678 1907 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 DUPD1-201ENST00000338487 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 CALY-202ENST00000368555 783 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 MORN4-202ENST00000370635 419 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 CD81-202ENST00000381036 880 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 KRTAP6-3-201ENST00000391624 636 ntAPPRIS P1 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 HMGA1P7-201ENST00000406908 502 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 AL357497.1-201ENST00000436249 666 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 AP002748.3-201ENST00000527092 828 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 AURKB-214ENST00000585124 1227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 TPGS2-215ENST00000590842 1239 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 IRF1-211ENST00000613424 821 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 FAM92A-219ENST00000620645 1014 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 BCRP3-202ENST00000621462 1021 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 NCCRP1-201ENST00000339852 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 PIANP-201ENST00000320591 2323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 PCDHAC2-201ENST00000289269 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 CLN8-205ENST00000520991 1305 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC9Q9Y3X0 RNF165-205ENST00000588679 2904 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.8 ms