Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 KCNQ1-201ENST00000155840 3245 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 BBS5-202ENST00000392663 3107 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 KMT5C-212ENST00000630497 2037 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 DCAF5-201ENST00000341516 5953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 PTP4A3-201ENST00000329397 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 LSP1-201ENST00000311604 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 RIMS1-210ENST00000491071 5047 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 DNAJC10-210ENST00000616986 5783 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 PML-206ENST00000395135 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 ZNF134-201ENST00000396161 4914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 KCNMA1-251ENST00000639090 4319 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 AMT-250ENST00000637682 1823 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 AC010460.3-201ENST00000511359 1579 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 KRT18P1-202ENST00000452408 1331 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 C2orf27B-201ENST00000623129 1325 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 EPM2A-201ENST00000367519 3465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 KAT2A-201ENST00000225916 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 USP42-201ENST00000306177 5155 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 PLPPR4-203ENST00000457765 4846 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 SFTPB-202ENST00000409383 1867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 CDCP2-202ENST00000530059 1623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 EHD3-201ENST00000322054 4636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 MBOAT1-201ENST00000324607 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 PDE2A-226ENST00000544570 3119 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 HDAC11-204ENST00000404040 967 ntTSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 RPS14-203ENST00000407193 784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 AC093734.1-201ENST00000416100 242 ntTSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 AC026396.1-201ENST00000419388 421 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 CHCHD2P8-201ENST00000429873 447 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 AC069368.1-202ENST00000437723 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 CUTA-210ENST00000488034 769 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 MIR3180-1-201ENST00000580374 94 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 AC090616.6-201ENST00000582640 721 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 MIR3180-3-201ENST00000584616 94 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 ANKRD29-202ENST00000585908 846 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 IL11-204ENST00000590625 1028 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 SMN2-213ENST00000614240 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 VPS72-207ENST00000640458 689 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 DIP2A-204ENST00000457905 3044 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 NAGPA-201ENST00000312251 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 ZNF668-201ENST00000300849 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 RBCK1-202ENST00000356286 2774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 MITF-204ENST00000352241 4814 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 EPHX2-204ENST00000518379 1959 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 FTCDNL1-204ENST00000622774 1997 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 CHUK-201ENST00000370397 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 SREK1-216ENST00000612404 2128 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 ITGB2-AS1-202ENST00000441379 2282 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 SHISA6-204ENST00000441885 7575 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 PRKRA-203ENST00000432031 1344 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 NUS1-201ENST00000368494 4676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 TMPRSS5-207ENST00000540540 2001 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 ICAM3-205ENST00000589261 2024 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 RUBCNL-203ENST00000378787 2731 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 LGI4-202ENST00000392225 2891 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 YAP1-208ENST00000531439 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 PRDM5-203ENST00000428209 2338 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 NEK3-206ENST00000611833 2345 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 PCDHGC3-205ENST00000617641 2346 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 ANAPC2-201ENST00000323927 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 FLJ16779-201ENST00000612722 7638 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 GOLGA7-202ENST00000405786 1903 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 FOXD4L4-201ENST00000377413 2230 ntAPPRIS P1 BASIC16.15■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 ATXN7-213ENST00000538065 6842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 AC022211.2-201ENST00000585075 2527 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 SH2D3C-205ENST00000420366 2682 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 PLTP-202ENST00000372420 1530 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 TAPBP-238ENST00000475304 1686 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 AC116353.5-201ENST00000638148 1699 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 NRIP1-203ENST00000400202 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 TTLL10-202ENST00000379289 2259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 TPCN1-201ENST00000335509 5274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 QPCTL-201ENST00000012049 2310 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 MRPS34-201ENST00000177742 1040 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 PODXL-201ENST00000322985 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 SPDEF-201ENST00000374037 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 YIF1B-204ENST00000392124 1404 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 MEF2B-202ENST00000409447 1297 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 ARHGAP9-204ENST00000430041 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 IFT27-205ENST00000433985 1095 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 SDHD-206ENST00000528182 754 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 YPEL3-204ENST00000563788 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 AC111152.3-201ENST00000569699 673 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 TK1-204ENST00000590430 683 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 FCGRT-210ENST00000596975 1054 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 BEAN1-211ENST00000622872 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 ASAH1-251ENST00000637561 929 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 SH3BP4-203ENST00000409212 5231 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 BNIP2-213ENST00000612191 2515 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 TPD52L1-213ENST00000534000 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 PHKG1-205ENST00000452681 2226 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 PFKFB3-215ENST00000536985 2094 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 NDUFV1-223ENST00000532303 1493 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 SETD3-202ENST00000331768 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 SRSF1-208ENST00000584773 1317 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 ABLIM2-203ENST00000361737 3396 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 MAP4-202ENST00000360240 5142 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 NMD3-202ENST00000460469 3061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 PDLIM7-202ENST00000355841 1689 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.18
KLHL28Q9NXS3 GLYCTK-201ENST00000305690 1371 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.8 ms