Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 AP002449.1-201ENST00000588211 474 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 AL513190.1-201ENST00000621254 727 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 AL805961.1-202ENST00000641562 540 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 FAM210A-201ENST00000322247 4340 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 NEU1-206ENST00000375631 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 OR6D1P-202ENST00000641007 5290 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 AL138828.1-202ENST00000576956 1881 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 DIAPH2-205ENST00000373061 4983 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 PSRC1-204ENST00000369909 1742 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 GPR89P-201ENST00000407924 1495 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 HR-201ENST00000312841 5351 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 LUC7L-202ENST00000337351 2097 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 CAP2-202ENST00000378990 1812 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 PABPC1L-217ENST00000537323 1910 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 PLEKHB1-203ENST00000398492 2275 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 DYRK1B-203ENST00000430012 2007 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 PIGV-201ENST00000078527 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 URI1-202ENST00000392271 3444 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 IGSF9B-206ENST00000533871 5050 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 DNAJC4-203ENST00000355040 759 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 AC109309.1-201ENST00000418995 435 ntTSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 MCCD1P2-201ENST00000423228 335 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 METTL21AP1-201ENST00000438852 635 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 HYAL1-206ENST00000447605 666 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 LINC02123-201ENST00000514869 885 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 AC005829.1-201ENST00000570002 483 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 GIPC1-213ENST00000591349 1068 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 AC097376.2-204ENST00000609359 627 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 LRRC27-214ENST00000625755 1738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 NR1H3-202ENST00000405576 1352 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 PTP4A3-202ENST00000349124 2710 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 MAFF-201ENST00000338483 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 RAI2-203ENST00000415486 2037 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 PTDSS1-202ENST00000517309 5177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 PHRF1-205ENST00000533464 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 HTR1A-201ENST00000323865 1778 ntAPPRIS P1 BASIC16.72■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 PCDHA8-202ENST00000531613 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 NOV-201ENST00000259526 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 SLCO4A1-AS1-202ENST00000433126 1420 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 B3GALT5-206ENST00000615480 2617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 PI4KAP1-204ENST00000612579 1703 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 AC133561.2-201ENST00000380145 1802 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 NAT6-205ENST00000443842 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 ATP2A3-201ENST00000309890 4826 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 ANKRD13B-209ENST00000614878 2670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 TGDS-201ENST00000261296 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 ACYP2-203ENST00000406041 1913 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 REXO1L11P-201ENST00000620964 1927 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 PAQR4-202ENST00000318782 2793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 FGFBP2-201ENST00000259989 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 RPS17-201ENST00000330244 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 HCCS-203ENST00000380763 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 APCDD1L-AS1-201ENST00000420279 555 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 TREML1-203ENST00000437044 647 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 C9orf147-204ENST00000463223 863 ntTSL 3 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 MRFAP1-203ENST00000507420 563 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 TUBA1A-203ENST00000546918 984 ntTSL 3 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 AC126696.3-201ENST00000563993 575 ntTSL 4 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 SPATA33-208ENST00000568929 1264 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 DDX42-202ENST00000389924 3939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 ARID1A-201ENST00000324856 8577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 FNDC8-201ENST00000158009 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 SYTL3-201ENST00000297239 2292 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
USP53Q70EK8 GSDMD-206ENST00000526406 2496 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.26
USP53Q70EK8 BORCS6-201ENST00000389017 2575 ntAPPRIS P1 BASIC16.71■□□□□ 0.26
USP53Q70EK8 SOD2-215ENST00000546087 2558 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.26
USP53Q70EK8 SYNGAP1-202ENST00000418600 5828 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.26
USP53Q70EK8 PRKN-202ENST00000366892 1505 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP53Q70EK8 UBE2G1-204ENST00000572484 1514 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP53Q70EK8 MFSD11-219ENST00000593181 1922 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP53Q70EK8 CTSB-204ENST00000453527 2011 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP53Q70EK8 GOLGA2P7-201ENST00000316967 2525 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP53Q70EK8 NGLY1-207ENST00000428257 2534 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP53Q70EK8 TSLP-203ENST00000420978 2621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP53Q70EK8 TRIM33-201ENST00000358465 8339 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP53Q70EK8 UQCRC1-201ENST00000203407 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP53Q70EK8 NODAL-201ENST00000287139 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP53Q70EK8 AC002310.6-201ENST00000624451 1377 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
USP53Q70EK8 PNRC2-202ENST00000374468 814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP53Q70EK8 CMTM2-202ENST00000379486 904 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP53Q70EK8 AP002414.1-201ENST00000391405 1147 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
USP53Q70EK8 ARPC4-203ENST00000433034 926 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP53Q70EK8 AC063976.1-201ENST00000457890 381 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP53Q70EK8 HOXD8-204ENST00000544999 1235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP53Q70EK8 C17orf49-203ENST00000546760 764 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP53Q70EK8 TNFRSF13B-203ENST00000579315 600 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP53Q70EK8 MIR3197-201ENST00000582241 73 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
USP53Q70EK8 GGTLC5P-201ENST00000617623 998 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
USP53Q70EK8 GTPBP2-202ENST00000307126 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP53Q70EK8 PIGZ-202ENST00000412723 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP53Q70EK8 NUDT9-201ENST00000302174 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP53Q70EK8 AEBP2-201ENST00000266508 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP53Q70EK8 ACOXL-205ENST00000439055 2373 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
USP53Q70EK8 RPS6KA5-201ENST00000418736 2249 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
USP53Q70EK8 ALDH2-202ENST00000416293 1572 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
USP53Q70EK8 PANX1-201ENST00000227638 2769 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
USP53Q70EK8 SATB2-203ENST00000428695 2135 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
USP53Q70EK8 SCP2-202ENST00000371513 2003 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
USP53Q70EK8 N4BP2L1-210ENST00000613078 2032 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
USP53Q70EK8 MAPKAPK3-208ENST00000621469 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.3 ms