Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 ACP5-203ENST00000433365 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TRIM28Q13263 CCDC17-202ENST00000421127 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
TRIM28Q13263 FAM222A-201ENST00000358906 2731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
TRIM28Q13263 UBQLN4-201ENST00000368309 3576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TRIM28Q13263 CLIC1-208ENST00000375784 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TRIM28Q13263 TSSC4-202ENST00000380992 992 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
TRIM28Q13263 IL32-205ENST00000396890 1067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TRIM28Q13263 TFAMP1-201ENST00000412727 736 ntBASIC21.27■■□□□ 1
TRIM28Q13263 AL627223.1-201ENST00000416693 442 ntBASIC21.27■■□□□ 1
TRIM28Q13263 AC023141.5-201ENST00000458585 616 ntBASIC21.27■■□□□ 1
TRIM28Q13263 C8orf46-213ENST00000521495 557 ntTSL 4 BASIC21.27■■□□□ 1
TRIM28Q13263 IL32-223ENST00000534507 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
TRIM28Q13263 NR2C2AP-204ENST00000538165 891 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
TRIM28Q13263 PTHLH-207ENST00000539239 890 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
TRIM28Q13263 IL32-227ENST00000548652 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
TRIM28Q13263 TMEM263-206ENST00000550344 925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
TRIM28Q13263 IL32-233ENST00000552664 731 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
TRIM28Q13263 MIR3909-201ENST00000579518 119 ntBASIC21.27■■□□□ 1
TRIM28Q13263 MTX1-207ENST00000609421 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TRIM28Q13263 TMEM265-201ENST00000615541 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TRIM28Q13263 AL161645.1-201ENST00000622716 1255 ntBASIC21.27■■□□□ 1
TRIM28Q13263 HYAL3-207ENST00000621157 1696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
TRIM28Q13263 C14orf93-205ENST00000397379 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TRIM28Q13263 SUPT20H-202ENST00000356185 2681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TRIM28Q13263 IFFO1-202ENST00000356896 2680 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
TRIM28Q13263 CNOT11-201ENST00000289382 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 OSGIN1-202ENST00000361711 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 KLHDC8B-201ENST00000332780 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 SCAI-202ENST00000373549 1968 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 RPS6KB1-203ENST00000406116 1982 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 PIGT-257ENST00000640210 1715 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 FOS-208ENST00000555686 1496 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 SHANK1-203ENST00000391813 4785 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 GCSH-209ENST00000639689 2412 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 RBPJ-204ENST00000348160 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 NRBP1-203ENST00000379852 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 ITLN1-201ENST00000326245 1183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 NRN1L-201ENST00000339176 710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 C6orf99-202ENST00000367073 769 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 FBXO44-205ENST00000376768 959 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 MEIS1-AS2-201ENST00000439433 690 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 SHF-202ENST00000458022 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 LINC01225-203ENST00000563550 1244 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 RARRES2P8-201ENST00000566335 367 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 SELENOH-206ENST00000622257 1291 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 ZFAND6-201ENST00000261749 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 TPM1-205ENST00000357980 1800 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 TSPAN4-205ENST00000397406 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 ADAP2-201ENST00000330889 2934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 ALDH3A2-225ENST00000630662 1558 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 IGLL5-203ENST00000532223 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 PKN1-201ENST00000242783 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 FOXD4L4-201ENST00000377413 2230 ntAPPRIS P1 BASIC21.25■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 TDRKH-203ENST00000368824 2824 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 C12orf40-202ENST00000405531 1656 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 NF1-211ENST00000487476 2265 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 T-201ENST00000296946 2436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 CRYBA2-201ENST00000295728 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 TIMM8BP1-201ENST00000452384 211 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 RN7SL589P-201ENST00000481268 310 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 AC079140.1-201ENST00000508039 487 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 UBE2V2-201ENST00000517630 612 ntTSL 4 BASIC21.25■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 SMCO4-204ENST00000527149 472 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 PXN-AS1-201ENST00000535200 1170 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 RPL28-205ENST00000558131 444 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 UBE2Q2L-201ENST00000558195 498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 MPDU1-223ENST00000582151 728 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 AC103808.2-201ENST00000582755 594 ntTSL 4 BASIC21.25■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 AC093028.1-201ENST00000622998 982 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 AC009093.7-201ENST00000623853 1223 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 AC084121.4-201ENST00000641598 221 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 AF228730.8-201ENST00000642140 221 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 CRTAC1-201ENST00000309155 1946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 LTBP4-201ENST00000204005 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 SPERT-201ENST00000310521 1613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 LHX9-204ENST00000367391 1623 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 OGFOD2-224ENST00000545612 1465 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 POLR1D-221ENST00000637180 2262 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 HDAC10-205ENST00000448072 2133 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 KANK3-201ENST00000330915 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 LRRC42-201ENST00000319223 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 PSMG3-201ENST00000252329 1007 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 SPNS3-201ENST00000355530 2133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 TCEAL3-203ENST00000372628 1221 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 PNMT-202ENST00000394246 821 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 LINC00404-201ENST00000418660 428 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 SPDYE11-202ENST00000450699 704 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 AC018730.1-201ENST00000454183 327 ntTSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 MTRF1LP2-201ENST00000506027 1122 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 AC109322.1-201ENST00000524499 1264 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 SPDYE9P-201ENST00000570642 692 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 MIR4492-201ENST00000581627 80 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 TNFRSF13B-206ENST00000583789 859 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 AC005330.1-201ENST00000590086 1238 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 SPDYE10P-202ENST00000612005 668 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 SPDYE8P-202ENST00000612377 668 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 ORC5-208ENST00000626700 344 ntTSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 UBE2K-201ENST00000261427 5245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 SLC27A5-207ENST00000601355 1987 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
TRIM28Q13263 AC022916.1-201ENST00000590478 2658 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
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