Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 SGPP2-201ENST00000321276 3336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 DPEP3-201ENST00000268793 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 DACT1-202ENST00000395153 3734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 MLF2-202ENST00000435120 1379 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 AC060780.1-201ENST00000635600 1782 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 AL512380.2-201ENST00000637901 1780 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 EWSR1-203ENST00000332050 2552 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 MVB12B-201ENST00000361171 4819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 PPP4C-202ENST00000561610 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 AL163051.1-201ENST00000569214 1512 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 CD19-206ENST00000567541 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 ILVBL-201ENST00000263383 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 FAM83G-201ENST00000345041 2929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 TXNDC11-201ENST00000283033 3140 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 RASGRF1-202ENST00000419573 6294 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 SCLT1-208ENST00000506368 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 LYPLAL1-202ENST00000366928 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 FAM182B-201ENST00000376403 1681 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 CDHR4-201ENST00000343366 1188 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 TRAPPC3-204ENST00000373166 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 PSMD9-208ENST00000542602 516 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 RAB11B-AS1-201ENST00000593581 1013 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 SYNRG-222ENST00000614941 3406 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 NPL-204ENST00000367554 3027 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 SLC5A6-203ENST00000408041 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 HELZ2-202ENST00000427522 7827 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 AC092068.3-201ENST00000587894 2016 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 AC005915.1-201ENST00000624912 2018 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 FAM110A-201ENST00000246100 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 AC007743.1-203ENST00000447423 1623 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 THRA-203ENST00000450525 4895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 SYT8-202ENST00000381968 1424 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 CACNA2D3-201ENST00000288197 3671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 CACNA2D3-206ENST00000474759 3675 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 USP45-201ENST00000327681 6255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 PRPF31-202ENST00000391755 1767 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 FYTTD1-205ENST00000424384 1758 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 FCER2-201ENST00000346664 1596 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 PPP1R7-207ENST00000407025 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 FCER2-205ENST00000597921 1560 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 DHRS4L2-201ENST00000335125 1370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 ADARB1-204ENST00000389863 3563 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 SCAND1-203ENST00000615116 1371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 MROH1-201ENST00000326134 5183 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 PCED1A-201ENST00000356872 1706 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 RAPGEFL1-209ENST00000544503 2079 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 SNAP91-205ENST00000439399 4452 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 AC008393.1-201ENST00000499601 1454 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 PCDHGC3-205ENST00000617641 2346 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 ACTG1-201ENST00000331925 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 C9orf172-201ENST00000436881 4387 ntAPPRIS P1 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 TRPV4-207ENST00000541794 2475 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 NSUN2-201ENST00000264670 3303 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 FAM182B-202ENST00000376404 456 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 AC007663.1-201ENST00000438948 1240 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 AC013402.1-201ENST00000456999 561 ntTSL 4 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 SLC25A11-202ENST00000544061 952 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 NAT14-202ENST00000587400 416 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 GOLGA2P10-205ENST00000618267 983 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 RPS27A-211ENST00000639844 606 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 SLC16A3-211ENST00000581287 4830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 SLC25A45-202ENST00000398802 2286 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 DCLK2-204ENST00000506325 2298 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 PLEKHA8-205ENST00000449726 7835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 MAN1C1-203ENST00000374332 4641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 MAN1C1-208ENST00000611903 4647 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 ARID3C-201ENST00000378909 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 PSD-201ENST00000020673 4183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 AC004943.2-201ENST00000563328 4842 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 LTBP2-201ENST00000261978 8567 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 AL353997.2-201ENST00000579352 4955 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 ESR2-205ENST00000358599 1899 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 ARHGEF10-201ENST00000349830 5590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 TNFRSF13C-201ENST00000291232 3944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 MAU2-201ENST00000262815 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 SOWAHB-201ENST00000334306 3220 ntAPPRIS P1 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 KCNMA1-251ENST00000639090 4319 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 TCP10-201ENST00000366827 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 WDTC1-202ENST00000361771 4275 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 AC009102.3-201ENST00000623118 1491 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 SRPK1-204ENST00000373825 4592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 TRIM9-202ENST00000338969 3312 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 PTPN13-204ENST00000436978 8573 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 CKMT1A-202ENST00000413453 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 UGT3A2-204ENST00000513300 1924 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 AC092143.3-201ENST00000565150 1900 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 LINC00323-202ENST00000441268 2095 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 MFSD1-202ENST00000392813 2244 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 LINC00612-201ENST00000538094 2213 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 CDK11B-204ENST00000407249 2677 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 SERTAD4-201ENST00000367012 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 MICALL1-201ENST00000215957 4710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 SASH3-201ENST00000356892 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SCN1BQ07699 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.5 ms