Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 AC083864.1-201ENST00000381493 1497 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 GPX3-209ENST00000614343 1478 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 TEFM-205ENST00000581216 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 HOXC6-201ENST00000243108 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 MECP2-205ENST00000453960 1729 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 ZNF710-201ENST00000268154 4617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 TOR3A-203ENST00000367627 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 GCAT-202ENST00000323205 1656 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 TGDS-201ENST00000261296 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 AQP12A-201ENST00000337801 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 ZGLP1-201ENST00000403352 1028 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 AP001062.3-201ENST00000422357 704 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 AL591424.1-201ENST00000442569 1213 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 ARTN-206ENST00000472435 402 ntTSL 3 BASIC20.3■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 AC002558.1-201ENST00000488906 803 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 BAX-213ENST00000539787 458 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 FBF1-204ENST00000586631 621 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 LINC01635-202ENST00000635097 1023 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 ADCY9-201ENST00000294016 7725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 WDR13-201ENST00000218056 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 SLBP-202ENST00000429429 1623 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 ELP5-214ENST00000574993 2209 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 CDH22-203ENST00000537909 3902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 SCARB2-201ENST00000264896 4792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 ACSS2-201ENST00000253382 2925 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 PKD1P1-201ENST00000458669 6805 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 GGT2-202ENST00000405188 1845 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 RETREG1-201ENST00000306320 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 TNFSF13-205ENST00000396545 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 ANKRD6-204ENST00000447838 2968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 HTR1A-201ENST00000323865 1778 ntAPPRIS P1 BASIC20.29■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 TTC29-201ENST00000325106 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 TTC29-205ENST00000504425 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 OLFM1-201ENST00000252854 2591 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 RAB4B-EGLN2-201ENST00000594136 2554 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 AC125494.1-203ENST00000396799 1622 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 RAMP1-201ENST00000254661 910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 PF4-201ENST00000296029 604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 PFDN6-201ENST00000374606 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 PIGU-202ENST00000374820 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 NFKBIB-202ENST00000392079 991 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 C2orf49-202ENST00000410049 854 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 AC078883.2-201ENST00000441212 558 ntTSL 3 BASIC20.29■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 KRT18P2-201ENST00000447938 1258 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 AL133375.1-201ENST00000500590 980 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 AP000442.1-201ENST00000533552 769 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 L2HGDH-206ENST00000555610 804 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 AC243965.1-201ENST00000557595 781 ntTSL 3 BASIC20.29■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 AL590235.2-202ENST00000602543 594 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 LINC01666-201ENST00000623794 845 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 MAPKAPK3-201ENST00000357955 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 TFEB-206ENST00000403298 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 SEPT2-245ENST00000616972 3446 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 AC133561.2-201ENST00000380145 1802 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 PCCB-209ENST00000469217 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 BPHL-203ENST00000380379 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 PHYHD1-201ENST00000308941 1599 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 SLC43A1-201ENST00000278426 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 TMEM37-201ENST00000306406 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 HMGCLL1-202ENST00000308161 1314 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 ESM1-201ENST00000381403 1326 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 KNOP1-205ENST00000568230 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 TRAPPC12-201ENST00000324266 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 HOXA-AS3-205ENST00000524304 2063 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 GRIN3B-201ENST00000234389 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 RAB43-201ENST00000315150 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 DBNL-213ENST00000452943 1513 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 PSMA1-209ENST00000530457 1527 ntTSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 SYTL3-201ENST00000297239 2292 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 ZNF296-202ENST00000622376 1631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 ELOF1-201ENST00000252445 1019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 MIR1233-2-201ENST00000408138 82 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 MIR1233-1-201ENST00000408722 82 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 AC023274.1-201ENST00000418278 595 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 PRR29-203ENST00000425164 1266 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 LMX1B-203ENST00000526117 1195 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 GRAMD2B-218ENST00000542322 2977 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 PAX9-204ENST00000554201 1289 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 AC064836.3-201ENST00000607928 673 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 AC244517.5-205ENST00000623615 575 ntTSL 4 BASIC20.28■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 ZNF286A-204ENST00000464847 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 STIM2-212ENST00000639640 2241 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 TRMT6-201ENST00000203001 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 ZYG11A-203ENST00000612017 3682 ntTSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 PRPF31-202ENST00000391755 1767 ntTSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 SYDE2-202ENST00000341460 5512 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 TSKS-201ENST00000246801 1883 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 GFY-201ENST00000576655 1876 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 RAB17-201ENST00000264601 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 AC012317.2-201ENST00000623305 2251 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 HR-201ENST00000312841 5351 ntTSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 CACNA1A-215ENST00000635727 7536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 ARNT-212ENST00000515192 2892 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 APP-202ENST00000348990 3355 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 CD40-201ENST00000372276 1623 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 TRNT1-205ENST00000402675 1935 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 ZNF500-202ENST00000545009 2440 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 NR2C2-206ENST00000425241 2494 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 ST6GALNAC6-201ENST00000291839 2280 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
NUP88Q99567 MTG1-201ENST00000317502 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.7 ms