Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 LETM2-202ENST00000379957 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SDC1P18827 EDA-204ENST00000374553 5272 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
SDC1P18827 PCDHA5-202ENST00000529859 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
SDC1P18827 AL355315.1-201ENST00000370649 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SDC1P18827 AC132938.5-201ENST00000624980 1813 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
SDC1P18827 ARFRP1-213ENST00000619493 2456 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SDC1P18827 FLJ38576-201ENST00000623820 2459 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
SDC1P18827 SLC25A45-208ENST00000527174 2138 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SDC1P18827 TACC3-201ENST00000313288 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
SDC1P18827 ZNF385A-203ENST00000394313 2430 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
SDC1P18827 IL34-202ENST00000429149 1779 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SDC1P18827 LGMN-216ENST00000557434 1797 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SDC1P18827 MCTP2-205ENST00000543482 1422 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 TRIM27-201ENST00000377194 2686 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 LRP8-207ENST00000465675 2670 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 PDE9A-203ENST00000335440 1728 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 AL118508.1-201ENST00000613502 2345 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 KANSL1L-201ENST00000281772 4754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 AQP8-201ENST00000219660 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 TRIM60-203ENST00000508504 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 KCNQ2-215ENST00000629241 2853 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 KLC1-202ENST00000334553 2524 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 ADAD1-203ENST00000388725 1918 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 ADAM10-205ENST00000461408 1932 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 SHOX-204ENST00000554971 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 SIL1-201ENST00000265195 1895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 LINC00271-201ENST00000421378 1580 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 TMEM88-201ENST00000301599 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 CCS-201ENST00000310190 942 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 HIST1H2AI-201ENST00000358739 503 ntAPPRIS P1 BASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 NMRK1-202ENST00000376808 1121 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 TNFSF13-204ENST00000396542 726 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 GGT1-207ENST00000404532 853 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 AC068134.1-202ENST00000439072 356 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 STK19B-204ENST00000512515 211 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 GLI4-207ENST00000521682 1082 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 FGFR1OP2-206ENST00000546072 956 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 ATP6V0C-202ENST00000564973 1081 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 EEF2KMT-206ENST00000587133 873 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 NTF4-201ENST00000593537 932 ntAPPRIS P1 BASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 H2BFWT-202ENST00000611083 528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 EIF4H-201ENST00000265753 2679 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 UCKL1-202ENST00000358711 1845 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 SEMA3C-201ENST00000265361 5174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 PDPK2P-201ENST00000382326 2387 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 ALDH3B1-208ENST00000617288 2078 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 RANBP3-220ENST00000591092 1783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 FCHO1-201ENST00000252771 3118 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 CA12-203ENST00000422263 2556 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 AC092068.3-201ENST00000587894 2016 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 CHGA-202ENST00000334654 1474 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 NUDT9-201ENST00000302174 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 PFKP-202ENST00000381075 2769 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 CHST8-201ENST00000262622 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 DKFZP434K028-202ENST00000536405 2466 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 PKD1P1-201ENST00000458669 6805 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 LINC01168-201ENST00000461291 5254 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 PFDN6-206ENST00000463584 1915 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
SDC1P18827 TLE4-206ENST00000376552 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
SDC1P18827 ZNF470-201ENST00000330619 7151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
SDC1P18827 AES-201ENST00000221561 1884 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
SDC1P18827 MAN1C1-201ENST00000263979 2627 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
SDC1P18827 NSDHL-203ENST00000440023 1630 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
SDC1P18827 PITPNA-202ENST00000539476 3612 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
SDC1P18827 AC233702.3-201ENST00000578656 1387 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
SDC1P18827 NECAB2-203ENST00000565691 2064 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
SDC1P18827 BRPF1-201ENST00000383829 4736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
SDC1P18827 SHBG-201ENST00000340624 1311 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
SDC1P18827 ELOVL7-205ENST00000508821 3994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
SDC1P18827 TAX1BP3-202ENST00000611779 1302 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
SDC1P18827 CDK13-201ENST00000181839 7298 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
SDC1P18827 EHD2-202ENST00000538399 1766 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
SDC1P18827 CHAT-201ENST00000337653 2458 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
SDC1P18827 ELN-207ENST00000380562 2240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
SDC1P18827 DYNC1I1-212ENST00000630942 2249 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
SDC1P18827 NFATC2-205ENST00000609507 2662 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
SDC1P18827 C18orf32-201ENST00000318240 1128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
SDC1P18827 PPIH-202ENST00000372549 327 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
SDC1P18827 PSMB8-202ENST00000374882 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
SDC1P18827 CD9-202ENST00000382515 1229 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
SDC1P18827 RPL36-202ENST00000394580 556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
SDC1P18827 UBE2J2-204ENST00000400929 1057 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
SDC1P18827 TSSC2-201ENST00000450217 709 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
SDC1P18827 AC124947.2-201ENST00000547118 1133 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
SDC1P18827 AC016582.2-201ENST00000591908 446 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
SDC1P18827 AD001527.2-201ENST00000622994 785 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
SDC1P18827 BAZ1B-201ENST00000339594 6102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
SDC1P18827 EXD3-201ENST00000340951 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
SDC1P18827 SLC38A6-202ENST00000354886 1730 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
SDC1P18827 STAT5A-207ENST00000546010 3086 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
SDC1P18827 C18orf63-201ENST00000579455 5127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
SDC1P18827 TP73-AS1-210ENST00000637775 1455 ntBASIC16.52■□□□□ 0.23
SDC1P18827 RMND5B-201ENST00000313386 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
SDC1P18827 SELENBP1-204ENST00000426705 1928 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.23
SDC1P18827 ASL-201ENST00000304874 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
SDC1P18827 SLC22A11-203ENST00000377585 2124 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.23
SDC1P18827 FSCN1-201ENST00000382361 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
SDC1P18827 SCNN1A-205ENST00000396966 2336 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.23
SDC1P18827 KRT86-201ENST00000293525 2091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
SDC1P18827 RNF217-211ENST00000560949 5145 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.7 ms