Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 CYP7B1-201ENST00000310193 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 ZBTB4-202ENST00000380599 5866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 CALM3-201ENST00000291295 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 KRT5-201ENST00000252242 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 SEMA6D-205ENST00000389425 2318 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 ZNF211-211ENST00000541801 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 PRMT5-204ENST00000397441 2418 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 PLGRKT-201ENST00000223864 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 AQP12A-201ENST00000337801 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 DPM3-203ENST00000368400 409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 TMEM128-202ENST00000382753 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 GYG2P1-204ENST00000382966 639 ntTSL 3 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 AC007967.2-201ENST00000432613 625 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 MRNIP-205ENST00000518235 1244 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 FLJ20021-201ENST00000527564 790 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 BAX-213ENST00000539787 458 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 FBF1-204ENST00000586631 621 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 MKNK2-212ENST00000591588 631 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 EWSR1-202ENST00000332035 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 TDRP-201ENST00000324079 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 PTHLH-203ENST00000395872 1318 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 PDE9A-205ENST00000349112 1616 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 PTPRF-209ENST00000438120 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 PRMT2-203ENST00000355680 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 AC022916.1-201ENST00000590478 2658 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 MOAP1-201ENST00000298894 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 CD276-203ENST00000537340 2439 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 GCAT-202ENST00000323205 1656 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 MTMR1-208ENST00000445323 4516 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 FAM208A-209ENST00000493960 5600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 C18orf63-201ENST00000579455 5127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 PANX1-202ENST00000436171 2750 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 TRPV4-208ENST00000544971 2295 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 OLA1-201ENST00000284719 4417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 ZNF561-AS1-204ENST00000587536 1799 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 CARNS1-202ENST00000445895 3971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 NAT6-205ENST00000443842 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 PCCB-209ENST00000469217 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 HEBP2-204ENST00000607197 10014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 PDHA1-203ENST00000379805 734 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 AC005104.2-201ENST00000427818 678 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 AC034243.1-201ENST00000520838 587 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 TMEM106C-214ENST00000550161 976 ntTSL 3 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 C19orf25-207ENST00000588871 2128 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 AC027601.4-201ENST00000611259 610 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 PTK6-201ENST00000217185 2401 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 MTG1-201ENST00000317502 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 LINC00894-202ENST00000425602 1597 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 RBM17-201ENST00000379888 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 ELL2-201ENST00000237853 6046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 MIOX-202ENST00000395732 1658 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 AC068888.1-203ENST00000546566 1650 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 GID4-202ENST00000376345 1391 ntTSL 3 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 GTPBP8-203ENST00000383678 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 B3GNT9-201ENST00000449549 2917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 ZNF419-201ENST00000221735 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 PDE1C-206ENST00000396193 5109 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 PSRC1-204ENST00000369909 1742 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 HTR1A-201ENST00000323865 1778 ntAPPRIS P1 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 CASKIN2-201ENST00000321617 5015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 WDR90-202ENST00000315764 1454 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 DBNL-213ENST00000452943 1513 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 NLE1-203ENST00000586869 5286 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 ZNF296-202ENST00000622376 1631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 FABP5-202ENST00000396359 986 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 AC009947.1-201ENST00000444350 727 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 AC008992.1-201ENST00000591132 446 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 SELENOM-210ENST00000611680 689 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 PMS2P7-201ENST00000506558 1336 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 CLN3-216ENST00000565316 1318 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 TEF-201ENST00000266304 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 MECP2-205ENST00000453960 1729 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 ISYNA1-202ENST00000457269 1703 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 NOV-201ENST00000259526 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 BORCS6-201ENST00000389017 2575 ntAPPRIS P1 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 NRXN1-220ENST00000611589 1857 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 ARMC10-209ENST00000454559 2347 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 NPEPL1-204ENST00000525967 1917 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 TCTN1-229ENST00000614115 1965 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.07
CHMP3Q9Y3E7 AL031658.1-201ENST00000449519 2013 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 TRH-202ENST00000507066 1580 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 TBXAS1-204ENST00000416849 2505 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 MCOLN1-201ENST00000264079 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 NODAL-201ENST00000287139 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 NKD2-202ENST00000296849 2155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 CRELD1-206ENST00000452070 1778 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 PGRMC1-202ENST00000535419 1762 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 TCEAL3-201ENST00000243286 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 GAR1-202ENST00000394631 1011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 AC108751.1-201ENST00000490852 363 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 CCL3-204ENST00000613922 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 LINC01666-201ENST00000623794 845 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 AMT-250ENST00000637682 1823 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 ESM1-201ENST00000381403 1326 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 ARSA-204ENST00000395621 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 LMCD1-204ENST00000426878 1431 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 SLCO4A1-AS1-202ENST00000433126 1420 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 TUBB2B-201ENST00000259818 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 TBXAS1-206ENST00000425687 2080 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
CHMP3Q9Y3E7 CTSA-204ENST00000372484 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.9 ms