Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 QSOX1-201ENST00000367600 2519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 CPZ-203ENST00000382480 2538 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 MBOAT1-201ENST00000324607 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 AC020916.1-201ENST00000587762 1774 ntBASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 SLC39A1-211ENST00000621013 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 STRADA-254ENST00000640999 2336 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 AC138969.1-205ENST00000381497 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 GOLGA7-202ENST00000405786 1903 ntTSL 1 (best) BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 RHBDF1P1-201ENST00000427504 1941 ntBASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 APBB1-224ENST00000621678 1907 ntTSL 5 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 ATP6AP2-224ENST00000637327 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.45□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 DDX1-207ENST00000617198 2257 ntTSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 NPRL2-201ENST00000232501 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 ADIRF-AS1-201ENST00000418273 2627 ntTSL 3 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 SYNE3-202ENST00000553340 2615 ntTSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 BFSP1-201ENST00000377868 2063 ntTSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 ZNF264-202ENST00000536056 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 PHGDH-208ENST00000641023 2096 ntAPPRIS P1 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 NDFIP1-201ENST00000253814 3851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 DBNL-213ENST00000452943 1513 ntTSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 PCDHA6-202ENST00000527624 2231 ntTSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 ALDH5A1-202ENST00000357578 5248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 MIB2-201ENST00000355826 3290 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 DAGLB-202ENST00000425398 2044 ntTSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 SLC44A3-207ENST00000529450 2045 ntTSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 OTUD5-204ENST00000428668 1493 ntTSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 CACNA1B-203ENST00000371355 9647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 TTC8-202ENST00000345383 2329 ntTSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 ATAD3A-207ENST00000536055 2332 ntTSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 LINC00671-201ENST00000301683 1958 ntTSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 FOXP1-210ENST00000484350 1996 ntTSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 EHMT1-236ENST00000637161 5049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 CHIC2-201ENST00000263921 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 IGF2-202ENST00000381392 1005 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 RBCK1-206ENST00000400247 790 ntTSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 RBM17P3-201ENST00000417687 1192 ntBASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 SIGLEC30P-201ENST00000455569 941 ntBASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 SDHD-206ENST00000528182 754 ntTSL 3 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 GPHA2-202ENST00000532246 466 ntTSL 3 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 AC026336.2-201ENST00000563922 763 ntTSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 SYNGR2-202ENST00000585591 949 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 AC132872.3-201ENST00000620937 629 ntTSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 ANKMY2-206ENST00000628652 1270 ntTSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 FIGNL2-202ENST00000618634 4812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 GLDN-201ENST00000335449 4971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 C2orf81-202ENST00000612891 1902 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 IL4I1-204ENST00000595948 2407 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 DNM1-216ENST00000634267 2909 ntTSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 UNC119-204ENST00000470125 2050 ntTSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 PACS2-203ENST00000447393 6365 ntTSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 EN2-201ENST00000297375 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 ZSCAN10-202ENST00000538082 2350 ntTSL 4 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 PTHLH-205ENST00000535992 1891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 SLCO4A1-202ENST00000370507 2665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 TM2D3-201ENST00000333202 1381 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 RPAIN-203ENST00000381209 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 P2RY6-204ENST00000393592 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 AC023830.1-201ENST00000569678 1543 ntTSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 CLDN15-208ENST00000611078 1509 ntTSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 HPCAL1-206ENST00000613496 1547 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 SP3-203ENST00000418194 3937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 CCM2-207ENST00000475551 2471 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 TLE2-219ENST00000591529 2483 ntTSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 CHRM2-201ENST00000320658 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 AC005833.1-201ENST00000280684 4237 ntAPPRIS P1 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 ZNF668-201ENST00000300849 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 ESYT2-206ENST00000613624 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 IFFO1-211ENST00000615885 2775 ntTSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 PAPD5-203ENST00000561678 2916 ntTSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 ARID1B-203ENST00000350026 7962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 WWTR1-201ENST00000360632 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 PRSS36-207ENST00000569305 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 OSBPL1A-204ENST00000399443 3317 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 B3GNT3-201ENST00000318683 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 CTNNAL1-204ENST00000374595 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 EGR2-203ENST00000439032 2844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 ANAPC2-201ENST00000323927 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 HDDC3-201ENST00000330334 1047 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 ATPIF1-201ENST00000335514 494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 PPARD-202ENST00000337400 2041 ntTSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 SIGLEC8-202ENST00000340550 1293 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 DFFB-203ENST00000341385 572 ntTSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 KLHL33-201ENST00000344581 1863 ntTSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 MOB3A-201ENST00000357066 3391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 CD99-205ENST00000381192 1245 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 GPAT3-202ENST00000395226 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 C7orf34-201ENST00000409607 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 PRDM5-203ENST00000428209 2338 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 MRPL28-203ENST00000429738 310 ntTSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 SEMA3B-204ENST00000433753 2755 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 GPBAR1-201ENST00000479077 1869 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 GLI4-207ENST00000521682 1082 ntTSL 3 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 PLPP5-214ENST00000531823 875 ntTSL 3 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 TBCB-205ENST00000585746 875 ntTSL 3 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 PIP5K1C-205ENST00000589578 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 STAP2-201ENST00000594605 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 NOL12-207ENST00000611699 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 REXO1L6P-202ENST00000619970 1078 ntBASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC140Q96MF4 PFN2-201ENST00000239940 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.2 ms