Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 AC010618.3-201ENST00000596643 775 ntTSL 3 BASIC25.89■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 HNRNPH1-250ENST00000630639 123 ntTSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 AF228730.6-201ENST00000641497 218 ntBASIC25.89■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 AC084121.3-201ENST00000641716 218 ntBASIC25.89■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 AC105233.6-201ENST00000642093 218 ntBASIC25.89■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 KLK6-202ENST00000376851 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 TDP2-202ENST00000378198 2071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 RSRP1-201ENST00000243189 1502 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 STIM2-212ENST00000639640 2241 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 ARPIN-202ENST00000460685 2145 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 TEX19-201ENST00000333437 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 TMEM206-201ENST00000261455 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 LARGE2-206ENST00000529052 2459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 AL451067.1-201ENST00000453111 394 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 SFTPC-204ENST00000520605 519 ntTSL 3 BASIC25.88■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 INO80E-210ENST00000567705 880 ntTSL 3 BASIC25.88■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 HCFC1R1-203ENST00000572355 610 ntTSL 3 BASIC25.88■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 AQP12B-206ENST00000621682 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 SNX19-207ENST00000528555 1506 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 LZTS2-202ENST00000370223 2883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 RUVBL1-201ENST00000322623 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 SLC22A20-204ENST00000530038 1673 ntBASIC25.88■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 METRN-204ENST00000568223 3325 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 GCGR-201ENST00000400723 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 OGG1-206ENST00000349503 1950 ntTSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 AC003002.1-202ENST00000596755 1743 ntAPPRIS P1 BASIC25.88■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 FN1-208ENST00000426059 2388 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 CCDC92-201ENST00000238156 2787 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 VIPR1-201ENST00000325123 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 GNAS-203ENST00000306120 1878 ntBASIC25.87■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 AC022916.1-201ENST00000590478 2658 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 TXNRD2-218ENST00000542719 2024 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 ITPRIPL1-205ENST00000536814 1947 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.87■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 NMRK2-201ENST00000168977 1126 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 TCEAL3-203ENST00000372628 1221 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 CD99-202ENST00000381180 530 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 CRLF2-202ENST00000381567 1013 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 AC055854.1-201ENST00000523627 570 ntTSL 4 BASIC25.87■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 AC108449.3-201ENST00000560714 585 ntTSL 3 BASIC25.87■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 CIRBP-204ENST00000585630 870 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.87■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 NMRK2-205ENST00000616156 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 ACOXL-205ENST00000439055 2373 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 SPNS3-201ENST00000355530 2133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 SPSB1-201ENST00000328089 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 RGS9BP-201ENST00000334176 2894 ntAPPRIS P1 BASIC25.87■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 CERS5-203ENST00000422340 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 FAM53B-AS1-202ENST00000448422 1491 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 DMKN-201ENST00000339686 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 NKX2-2-201ENST00000377142 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 NPR3-204ENST00000434067 2715 ntTSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 CCDC28B-202ENST00000421922 1415 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 Z92544.3-201ENST00000624747 417 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 AL359644.1-202ENST00000637541 571 ntTSL 3 BASIC25.86■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 MAGEF1-201ENST00000317897 1636 ntAPPRIS P1 BASIC25.86■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 ARHGAP4-204ENST00000393721 2721 ntTSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 RHD-207ENST00000454452 1303 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 ZNF140-207ENST00000440550 1663 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 GGT5-201ENST00000263112 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 NPBWR1-201ENST00000331251 2687 ntAPPRIS P1 BASIC25.86■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 AC093525.9-201ENST00000624961 1746 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 IFFO1-212ENST00000619571 2724 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 AC127496.1-202ENST00000573602 2091 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 GCSH-209ENST00000639689 2412 ntTSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 AC104809.2-201ENST00000418218 2274 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 TMEM205-202ENST00000447337 916 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 TSPAN32-207ENST00000451520 1236 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 FAM153C-206ENST00000507848 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 CTBP1-AS2-204ENST00000514984 533 ntTSL 4 BASIC25.85■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 AC112191.1-201ENST00000523689 701 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 BATF2-204ENST00000527716 1230 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 JPH4-203ENST00000544177 1124 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 AC190387.1-201ENST00000551683 408 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 MIR4745-201ENST00000577608 62 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 AC105339.1-204ENST00000636249 355 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 JPT1-209ENST00000482348 1614 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 AC068944.1-201ENST00000514855 1604 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 AL121761.2-201ENST00000598007 1648 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 NPM2-209ENST00000521157 1484 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 NRBP1-203ENST00000379852 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 CRYM-AS1-201ENST00000338573 1661 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 CDIPT-209ENST00000569956 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 VGLL4-211ENST00000430365 1377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 UGP2-202ENST00000394417 2136 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 KLF16-201ENST00000250916 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 SLCO6A1-202ENST00000389019 2340 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 GABRB2-202ENST00000353437 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 FARP2-202ENST00000373287 2580 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 SPACA4-201ENST00000321762 972 ntAPPRIS P1 BASIC25.85■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 SIVA1-202ENST00000347067 550 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 NKAIN2-201ENST00000368416 1106 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 AC004461.1-201ENST00000412461 403 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 SNCA-209ENST00000506244 570 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 SMCO4-204ENST00000527149 472 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 FAM118B-206ENST00000529731 1028 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 KLHL2-201ENST00000226725 3134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 C2orf81-202ENST00000612891 1902 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 SLC22A5-203ENST00000435065 1746 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 TSNARE1-205ENST00000520166 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 ACP5-203ENST00000433365 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
TCOF1Q13428 TMPRSS5-207ENST00000540540 2001 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
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