Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 TSPY16P-201ENST00000449843 468 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 MTFR1L-218ENST00000526894 733 ntTSL 4 BASIC20.61■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 NDUFA4L2-202ENST00000554503 1177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 AC104985.1-201ENST00000587528 507 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 SSH2-211ENST00000590153 570 ntTSL 4 BASIC20.61■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 SBK3-202ENST00000612221 1270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 RCAN3-211ENST00000630217 658 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 PIF1-205ENST00000559239 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 CTTN-203ENST00000376561 2247 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 CORO1A-208ENST00000565497 1348 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 SIGIRR-201ENST00000332725 1639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 CCKBR-203ENST00000525462 2138 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 THAP3-201ENST00000054650 1366 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 FCGRT-201ENST00000221466 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 AC104581.1-202ENST00000635932 2618 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 HMOX2-217ENST00000619528 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 TMEM91-205ENST00000436170 864 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 FBXO4-206ENST00000509134 1284 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 FAM177A1-207ENST00000554052 540 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 CERNA1-201ENST00000559779 908 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 AC099482.1-201ENST00000563471 481 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 AF228730.6-201ENST00000641497 218 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 AC084121.3-201ENST00000641716 218 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 AC105233.6-201ENST00000642093 218 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 TUBB3P1-201ENST00000405796 1332 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 ZDHHC11-209ENST00000511539 1303 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 ZDHHC11B-204ENST00000622126 1301 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 GABARAPL1-201ENST00000266458 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 NOX4-201ENST00000263317 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 BAIAP2-204ENST00000428708 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 TDRKH-207ENST00000458431 2768 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 CLN3-229ENST00000567963 1452 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 RSRP1-201ENST00000243189 1502 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 DXO-203ENST00000375356 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 KRT6C-201ENST00000252250 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 KRT6B-201ENST00000252252 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 RAB17-201ENST00000264601 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 CD8B-201ENST00000331469 832 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
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SCN9AQ15858 AC125807.1-201ENST00000483097 614 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 HIST1H3D-202ENST00000635200 948 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.6■□□□□ 0.89
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SCN9AQ15858 BX323043.1-201ENST00000641006 1765 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
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SCN9AQ15858 PSRC1-204ENST00000369909 1742 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
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SCN9AQ15858 AC123777.1-201ENST00000534827 1247 ntTSL 3 BASIC20.59■□□□□ 0.89
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SCN9AQ15858 LINC01225-203ENST00000563550 1244 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
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SCN9AQ15858 LINC00574-201ENST00000420557 2318 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 SPART-209ENST00000494062 3018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 CORO1C-204ENST00000541050 2487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 PRRT2-205ENST00000567659 1470 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 AC107464.1-203ENST00000468356 2120 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 LRRC71-201ENST00000337428 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 CSK-201ENST00000220003 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 TDRKH-202ENST00000368823 2751 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 RNH1-205ENST00000397615 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 COX6A1-201ENST00000229379 572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 ANAPC11-201ENST00000344877 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 RPS3A-212ENST00000514682 985 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 ZNF576-206ENST00000533118 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 LINC01089-211ENST00000543334 1282 ntTSL 4 BASIC20.59■□□□□ 0.89
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SCN9AQ15858 WASH6P-202ENST00000359512 1437 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 ANKS3-230ENST00000614075 2387 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 LLGL2-203ENST00000392550 3509 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 MAEA-201ENST00000264750 2058 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 SYN2-206ENST00000621198 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 MRPL43-201ENST00000299179 747 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 MRPL9-202ENST00000368830 1296 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 MECP2-203ENST00000407218 1174 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 TMEM176B-205ENST00000450753 1006 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 HLA-J-202ENST00000469281 1241 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 EEF1E1-205ENST00000507463 654 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 GATD1-206ENST00000526325 756 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 IL32-212ENST00000526464 1198 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 IL32-217ENST00000530538 674 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC20.58■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 AC012645.4-201ENST00000610691 1061 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 ATP6V0E1-203ENST00000519374 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 PYCR2-201ENST00000343818 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 SLC22A20-204ENST00000530038 1673 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
SCN9AQ15858 DIP2A-203ENST00000435722 2760 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 HOTAIR-201ENST00000424518 2421 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 GBGT1-208ENST00000540636 1934 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 NGFR-202ENST00000504201 1840 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 WDR45-234ENST00000634838 1545 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
SCN9AQ15858 SPCS2P4-201ENST00000436160 681 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
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