Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 OR6D1P-202ENST00000641007 5290 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
LIG1P18858 CELF6-201ENST00000287202 3345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIG1P18858 AKR1A1-214ENST00000621846 1360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIG1P18858 AC046185.3-201ENST00000623228 1824 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
LIG1P18858 SSPN-201ENST00000242729 2788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIG1P18858 TACC1-202ENST00000317827 7802 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIG1P18858 ZNF281-203ENST00000367353 3080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIG1P18858 MTA2-204ENST00000527204 2265 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIG1P18858 AGAP2-201ENST00000257897 5388 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIG1P18858 PARP9-204ENST00000471785 3040 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIG1P18858 KIF25-203ENST00000443060 1613 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIG1P18858 OPRK1-202ENST00000520287 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIG1P18858 GSS-201ENST00000216951 1922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIG1P18858 NCAPH2-203ENST00000395701 2077 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIG1P18858 PXMP4-201ENST00000217398 979 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIG1P18858 RABAC1-201ENST00000222008 821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIG1P18858 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIG1P18858 HIST1H2AI-201ENST00000358739 503 ntAPPRIS P1 BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIG1P18858 LINC00311-201ENST00000366314 1566 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIG1P18858 TMEM222-201ENST00000374076 1599 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIG1P18858 MHENCR-202ENST00000449500 801 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIG1P18858 LYRM9-203ENST00000460380 2196 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIG1P18858 AK2-204ENST00000467905 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIG1P18858 AC112698.1-201ENST00000510299 916 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
LIG1P18858 AC016396.2-201ENST00000562575 1417 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
LIG1P18858 MIR2117HG-201ENST00000588060 506 ntTSL 4 BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIG1P18858 RABAC1-208ENST00000601078 728 ntTSL 3 BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIG1P18858 LCE1C-202ENST00000607093 644 ntAPPRIS P2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIG1P18858 AL121672.3-201ENST00000608644 468 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
LIG1P18858 AC005915.1-201ENST00000624912 2018 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
LIG1P18858 ZNF703-201ENST00000331569 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIG1P18858 NTRK1-202ENST00000368196 2701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIG1P18858 TRPV4-205ENST00000537083 2436 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIG1P18858 RBM6-210ENST00000442092 2260 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIG1P18858 ABHD3-209ENST00000580981 1836 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIG1P18858 WNT8A-204ENST00000506684 1543 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIG1P18858 TNK2-AS1-201ENST00000458180 2096 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIG1P18858 SLC45A1-202ENST00000471889 2784 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIG1P18858 NELFA-216ENST00000542778 2465 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIG1P18858 PODNL1-202ENST00000339560 2165 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIG1P18858 TUBB2B-201ENST00000259818 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIG1P18858 YAP1-209ENST00000537274 5350 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIG1P18858 PNO1-201ENST00000263657 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIG1P18858 TERT-202ENST00000334602 3210 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIG1P18858 UNKL-202ENST00000301712 1431 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIG1P18858 FN1-208ENST00000426059 2388 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIG1P18858 ATP6V0C-201ENST00000330398 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIG1P18858 MRPL20-201ENST00000344843 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIG1P18858 VKORC1-205ENST00000394975 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIG1P18858 SLC25A1P3-201ENST00000395415 828 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
LIG1P18858 VCX3B-203ENST00000444481 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIG1P18858 AC106771.1-201ENST00000502209 372 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIG1P18858 FAM53C-211ENST00000513056 923 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIG1P18858 IGFLR1-209ENST00000592537 1195 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIG1P18858 VCX3A-203ENST00000612369 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIG1P18858 AC092119.3-201ENST00000612618 583 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
LIG1P18858 BCL10-202ENST00000620248 774 ntTSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIG1P18858 DTX3-204ENST00000548804 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIG1P18858 CHRNE-201ENST00000293780 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIG1P18858 EDA-204ENST00000374553 5272 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIG1P18858 SLC29A1-208ENST00000393844 2326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIG1P18858 UBE3D-203ENST00000369747 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIG1P18858 RPAIN-203ENST00000381209 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIG1P18858 PHGDH-223ENST00000641597 2585 ntAPPRIS P1 BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIG1P18858 PHKA1-201ENST00000339490 6121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIG1P18858 CLEC4G-201ENST00000328853 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIG1P18858 AC016734.2-201ENST00000624325 1377 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
LIG1P18858 DLC1-203ENST00000358919 4392 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIG1P18858 IFIH1-202ENST00000421365 1617 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIG1P18858 CRTC3-201ENST00000268184 2537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIG1P18858 ADCYAP1R1-203ENST00000409363 1889 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIG1P18858 SLC25A45-208ENST00000527174 2138 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIG1P18858 TEAD2-204ENST00000593945 2141 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIG1P18858 CHID1-203ENST00000436108 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIG1P18858 ISYNA1-202ENST00000457269 1703 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIG1P18858 KRT86-201ENST00000293525 2091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
LIG1P18858 KLHDC8A-205ENST00000539253 2931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
LIG1P18858 FAM227A-201ENST00000355830 2417 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
LIG1P18858 SLC52A1-202ENST00000424747 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
LIG1P18858 ACBD6-201ENST00000367595 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
LIG1P18858 LINC01148-201ENST00000557527 1763 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
LIG1P18858 BX276092.7-203ENST00000637198 1536 ntBASIC20.04■□□□□ 0.8
LIG1P18858 AURKAIP1-202ENST00000338338 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
LIG1P18858 CDC26-201ENST00000374206 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
LIG1P18858 DMKN-212ENST00000443640 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
LIG1P18858 TSSC2-201ENST00000450217 709 ntBASIC20.04■□□□□ 0.8
LIG1P18858 CSRP1-214ENST00000531916 890 ntTSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
LIG1P18858 GPR32P1-201ENST00000601788 811 ntBASIC20.04■□□□□ 0.8
LIG1P18858 TMEM114-203ENST00000620492 945 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
LIG1P18858 ARL13B-203ENST00000394222 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
LIG1P18858 GRAMD1A-211ENST00000599564 2825 ntTSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
LIG1P18858 STOX1-204ENST00000399169 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
LIG1P18858 FAM214B-206ENST00000603301 3256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
LIG1P18858 RHOV-201ENST00000220507 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
LIG1P18858 NFKBID-210ENST00000606253 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
LIG1P18858 KRT79-201ENST00000330553 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
LIG1P18858 KCNQ2-202ENST00000344462 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
LIG1P18858 TMED3-201ENST00000299705 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
LIG1P18858 TOM1-210ENST00000449058 2389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIG1P18858 F12-201ENST00000253496 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.5 ms