Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 CLEC10A-201ENST00000254868 1797 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 KLK14-202ENST00000391802 1133 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 HOXB-AS4-202ENST00000480386 566 ntTSL 4 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 S100A2-206ENST00000497140 697 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 AL157871.1-202ENST00000556458 478 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 ARMC7-204ENST00000582136 1204 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 AC087645.2-201ENST00000586321 799 ntTSL 3 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 PIN1-206ENST00000587625 878 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 AC104532.1-201ENST00000588891 580 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 AL356488.2-201ENST00000602755 427 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 RCAN3-209ENST00000616511 2527 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 TBKBP1-204ENST00000622396 2010 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 KDM1A-202ENST00000400181 3059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 AC133561.2-201ENST00000380145 1802 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 PLCB2-202ENST00000456256 4242 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 SLC16A13-201ENST00000308027 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 PDE9A-203ENST00000335440 1728 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 PHKA1-201ENST00000339490 6121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 ASB13-201ENST00000357700 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 DTX2-211ENST00000446600 2281 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 PSMD4-201ENST00000368881 1333 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 BPGM-202ENST00000393132 2051 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 HOXA-AS3-205ENST00000524304 2063 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 PRPF31-202ENST00000391755 1767 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 KCNC4-204ENST00000438661 2953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 DMAP1-201ENST00000315913 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 AC010198.1-201ENST00000500076 1552 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 SIRT1-201ENST00000212015 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 MAP6-201ENST00000304771 3334 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 CDC25A-201ENST00000302506 3783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 NR1H3-202ENST00000405576 1352 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 REXO1L11P-201ENST00000620964 1927 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 GGT2-202ENST00000405188 1845 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 AL512785.2-202ENST00000367932 830 ntTSL 4 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 SNHG11-204ENST00000420006 720 ntTSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 SNHG11-206ENST00000432153 1181 ntTSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 AL391650.1-205ENST00000433939 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 AC002558.1-201ENST00000488906 803 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 AC009567.1-201ENST00000515071 525 ntTSL 4 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 NUTM2B-AS1-211ENST00000601369 1233 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 TERC-201ENST00000602385 541 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 AC092902.2-205ENST00000622381 394 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 ADORA1-209ENST00000640524 653 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 SOCS3-201ENST00000330871 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 ARSA-201ENST00000216124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 THAP12-201ENST00000260045 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 GPER1-204ENST00000401670 1542 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 CXADR-201ENST00000284878 6254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 FKBP10-201ENST00000321562 2662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 SCARB2-201ENST00000264896 4792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 CACNA2D2-201ENST00000266039 5476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 TSLP-203ENST00000420978 2621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 TMEM263-204ENST00000548125 3349 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 ARHGEF18-201ENST00000319670 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 SBNO2-204ENST00000587024 4861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 RNFT2-209ENST00000622220 2176 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 PDE3B-201ENST00000282096 6076 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 GIT1-203ENST00000394869 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 TMPRSS2-206ENST00000458356 1701 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 LRRC27-214ENST00000625755 1738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 PIGF-201ENST00000281382 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 UQCRC1-201ENST00000203407 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 CACNA1B-204ENST00000371357 9642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 GSTZ1-202ENST00000349555 867 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 HDAC11-202ENST00000402259 1000 ntTSL 3 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 UNC93B6-202ENST00000528242 690 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 CD63-204ENST00000546939 779 ntTSL 3 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 AHSA1-208ENST00000555517 832 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 ANAPC11-210ENST00000574924 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 Z83851.2-201ENST00000609564 659 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 AC018529.2-201ENST00000612024 828 ntTSL 4 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 AC023511.2-201ENST00000618803 211 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 HMGN3-203ENST00000620514 1010 ntTSL 3 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 LRCH2-201ENST00000317135 4929 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 ITGA8-201ENST00000378076 6755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 TMEM145-201ENST00000301204 1768 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 TTC29-201ENST00000325106 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 C14orf93-204ENST00000397377 1776 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 TTC29-205ENST00000504425 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 DCHS2-201ENST00000339452 5064 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 MCCC1-215ENST00000629669 2316 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 CSNK1D-204ENST00000398519 1580 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 TFAP2A-AS1-201ENST00000420777 1575 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 AC009336.1-201ENST00000608941 1553 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 TRIM33-202ENST00000369543 3457 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 PCDHA1-202ENST00000394633 2204 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 ISY1-201ENST00000273541 1704 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 RALGPS1-208ENST00000424082 2362 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 RRN3-205ENST00000563559 2128 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 KANK1-204ENST00000382293 5249 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 CNNM3-201ENST00000305510 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 SYTL3-201ENST00000297239 2292 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 TBX2-201ENST00000240328 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 KCNQ2-213ENST00000626839 9213 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 ZNF517-202ENST00000525105 1383 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 C16orf45-201ENST00000300006 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 SNED1-204ENST00000401884 4538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 BOD1L2-201ENST00000585477 3239 ntAPPRIS P1 BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 TGDS-201ENST00000261296 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
CHMP3Q9Y3E7 STX3-201ENST00000337979 3299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 76.5 ms