Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 SEC22C-202ENST00000273156 1608 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 RTKN-203ENST00000305557 2646 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 NRG2-205ENST00000361474 3020 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 GINM1-201ENST00000367419 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 HARS-201ENST00000307633 1780 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 C14orf93-204ENST00000397377 1776 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 ACSS2-201ENST00000253382 2925 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 C3orf18-201ENST00000357203 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 HBQ1-201ENST00000199708 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 NANS-201ENST00000210444 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 FGF8-203ENST00000346714 694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 TBC1D7-202ENST00000356436 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 CD1E-209ENST00000368164 869 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 DRAP1-202ENST00000376991 819 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 TBC1D7-204ENST00000379300 1276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 KLF4P1-201ENST00000412782 1185 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 SPDYE21P-201ENST00000413323 827 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 RAB42-202ENST00000465518 857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 BX005266.1-201ENST00000473402 457 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 CDK2AP1-207ENST00000618072 1144 ntTSL 3 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 IZUMO4-213ENST00000620263 947 ntTSL 3 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 AL161669.4-201ENST00000634353 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 NPAS4-204ENST00000639555 878 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 EIF3B-201ENST00000360876 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 ZNF416-201ENST00000196489 2561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 GGT2-202ENST00000405188 1845 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 CHAC1-202ENST00000446533 1849 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 AC132938.5-201ENST00000624980 1813 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 RIMS4-201ENST00000372851 5203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 MFSD11-220ENST00000621483 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 BCS1L-202ENST00000392109 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 BCS1L-204ENST00000392111 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 ARHGEF19-201ENST00000270747 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 AC009053.2-201ENST00000563701 2365 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 LCORL-203ENST00000382226 5009 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 ASIC3-201ENST00000297512 1718 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 PSRC1-204ENST00000369909 1742 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 LPAR3-201ENST00000370611 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 BECN1-201ENST00000361523 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 SLC47A2-202ENST00000350657 2285 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 PDE1C-206ENST00000396193 5109 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 PRICKLE4-204ENST00000458694 1646 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 P2RX5-209ENST00000552276 1642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 CHTOP-203ENST00000368690 2165 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 SLC10A3-202ENST00000369649 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 GPSM2-201ENST00000264126 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 SLC12A9-202ENST00000415287 1912 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 REXO1L11P-201ENST00000620964 1927 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 LUC7L-202ENST00000337351 2097 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 APEH-202ENST00000438011 2249 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 FAM210A-201ENST00000322247 4340 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 FKBP10-201ENST00000321562 2662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 DVL2-209ENST00000575458 2659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 EXOSC4-201ENST00000316052 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 AC003669.1-201ENST00000334569 611 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 SIGLEC8-202ENST00000340550 1293 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 ZHX1-C8orf76-201ENST00000357082 1257 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 MCFD2-208ENST00000409973 821 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 PPIE-208ENST00000470213 927 ntTSL 3 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 AC079776.4-201ENST00000511039 504 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 MTHFSD-203ENST00000543303 1207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 AC021087.4-201ENST00000563761 564 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 SPINT1-AS1-202ENST00000564302 643 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 BLOC1S6-214ENST00000567461 1052 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 AC148477.8-201ENST00000624298 468 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 MTHFSD-220ENST00000634347 1207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 TSPYL5-201ENST00000322128 4491 ntAPPRIS P1 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 DYRK1B-203ENST00000430012 2007 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 PCDHA8-201ENST00000378123 2616 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 SYNE3-202ENST00000553340 2615 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 TES-201ENST00000358204 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 PIP5K1C-205ENST00000589578 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 PDE4D-204ENST00000358923 2969 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 CTSA-204ENST00000372484 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 BUB3-201ENST00000368858 1361 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 SHANK1-201ENST00000293441 6643 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 PANX1-202ENST00000436171 2750 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 ARF1-214ENST00000541182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 DIAPH1-201ENST00000253811 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 DIAPH1-202ENST00000389054 5795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 DIAPH1-204ENST00000398557 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 AC006116.8-202ENST00000587620 1550 ntBASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 ZBTB45-201ENST00000354590 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 PIGQ-203ENST00000321878 3006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 HBA2-201ENST00000251595 605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 TCEAL2-201ENST00000329035 1080 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 SMIM29-201ENST00000335352 1160 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 MYCLP1-201ENST00000372451 1075 ntBASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 C6orf48-203ENST00000375638 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 C6orf48-207ENST00000375642 962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 SMIM11A-202ENST00000399295 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 AL020989.1-201ENST00000422979 469 ntBASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 AC018712.1-201ENST00000455767 687 ntBASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 C1orf109-203ENST00000464085 919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 NDUFA6-202ENST00000498737 1256 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 PENK-208ENST00000523051 772 ntTSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 PAM16-208ENST00000573553 722 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 NDUFA6-203ENST00000602404 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 DEF8-228ENST00000610455 816 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
VPS28Q9UK41 AC073592.4-201ENST00000623827 446 ntBASIC17.93■□□□□ 0.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.8 ms