Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 INGX-202ENST00000489074 768 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 AC079140.1-201ENST00000508039 487 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 AC055854.1-201ENST00000523627 570 ntTSL 4 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 DUX4L27-201ENST00000554796 1261 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 AC005330.1-201ENST00000590086 1238 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 AC005759.1-201ENST00000594805 855 ntTSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 PLK1-201ENST00000300093 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 AL138781.2-201ENST00000617896 1843 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 FAM160A2-201ENST00000265978 3481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 NTNG1-203ENST00000370066 1443 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 ISLR2-204ENST00000453268 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 BSG-201ENST00000333511 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 C5orf47-201ENST00000340147 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 MBD3-207ENST00000590550 2782 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 SORCS3-201ENST00000369699 5530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 MAP4K1-203ENST00000586296 1363 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 CLDND1-204ENST00000394185 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 MADD-208ENST00000405573 1823 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 AL592309.1-201ENST00000443127 649 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 ITPA-203ENST00000455664 729 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 AL355140.1-201ENST00000457328 398 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 LINC02242-201ENST00000507298 641 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 AHSA1-202ENST00000535854 1173 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 HLA-F-218ENST00000376861 1544 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 NPM1-201ENST00000296930 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 SSUH2-202ENST00000341795 1799 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 MOCS2-202ENST00000396954 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 ARF1-214ENST00000541182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 CTSD-212ENST00000637815 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 UBE2I-203ENST00000397514 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 OSBPL9-222ENST00000531828 2210 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 PSMC5-202ENST00000375812 1494 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 RPS6KA1-203ENST00000374166 3131 ntTSL 5 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 KRT28-201ENST00000306658 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 C12orf40-202ENST00000405531 1656 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 AC011473.4-202ENST00000250366 1602 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 KCNQ2-205ENST00000360480 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 TM2D3-207ENST00000559107 1353 ntTSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 JMJD6-205ENST00000585429 1330 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 FGF2-201ENST00000264498 6775 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 PLTP-202ENST00000372420 1530 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 CKLF-203ENST00000351137 508 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 STOML1-203ENST00000359750 984 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 HSD17B10-203ENST00000375304 916 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 ARRB2-203ENST00000381488 1236 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 FAM13C-204ENST00000468840 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 IL32-212ENST00000526464 1198 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 IL32-217ENST00000530538 674 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 MTX1-207ENST00000609421 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 TMEM53-202ENST00000372237 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 PCGF2-206ENST00000618941 1499 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 DLK1-202ENST00000341267 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 TPGS2-220ENST00000610723 1426 ntTSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 FOLH1-204ENST00000356696 2403 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 PPP1R3F-201ENST00000055335 3421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 PRKAR1B-204ENST00000406797 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 RIMBP3B-201ENST00000620804 6105 ntAPPRIS P1 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 PGRMC1-202ENST00000535419 1762 ntTSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 WDR90-201ENST00000293879 5488 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 NAB2-201ENST00000300131 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 A4GALT-203ENST00000401850 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 ZNF133-210ENST00000535822 2341 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 KCNS2-201ENST00000287042 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 TMEM59L-205ENST00000600490 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 ANKRD24-201ENST00000262970 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 TUBB2B-201ENST00000259818 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 COPS7A-204ENST00000534947 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 WIPF1-206ENST00000409891 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 NKX2-1-203ENST00000518149 2583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 PIGV-201ENST00000078527 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 CENPM-201ENST00000215980 966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 MRNIP-201ENST00000292586 1238 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 IFNL1-201ENST00000333625 857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 OSTC-201ENST00000361564 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 TFAMP1-201ENST00000412727 736 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 BX276092.7-202ENST00000422194 696 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 YAE1D1-202ENST00000432096 968 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 RN7SL589P-201ENST00000481268 310 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 LINC02055-207ENST00000524346 706 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 AC123777.1-201ENST00000534827 1247 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 NRK-203ENST00000536164 908 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 VPS29-207ENST00000549970 818 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 AP000275.2-202ENST00000553001 929 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 THTPA-204ENST00000554970 569 ntTSL 4 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 THTPA-206ENST00000556015 535 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 AC087641.1-201ENST00000557561 1021 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 AC243562.1-201ENST00000560672 389 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 AJ003147.2-201ENST00000576468 629 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 TIMM13-202ENST00000591871 631 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 AC012645.4-201ENST00000610691 1061 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 CRMP1-201ENST00000324989 3146 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 RUSC1-209ENST00000471876 1749 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 HLA-DQB1-201ENST00000374943 1656 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 RHOBTB2-201ENST00000251822 5451 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 COMMD5-202ENST00000402718 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 SLC12A9-215ENST00000540482 2269 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 ACVR1B-203ENST00000426655 1782 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 62 ms