Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 ZDHHC24-201ENST00000310442 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 LYSMD4-203ENST00000378904 2122 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 FFAR2-202ENST00000599180 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 CACNB3-202ENST00000536187 1872 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 XRCC3-201ENST00000352127 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 CCDC78-201ENST00000293889 1611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 HYAL3-202ENST00000359051 1635 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 FYCO1-205ENST00000535325 8578 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 DTX3-204ENST00000548804 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 NUDC-201ENST00000321265 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 PRDM5-212ENST00000515109 2259 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 SH3BP4-203ENST00000409212 5231 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 FAM53B-202ENST00000337318 5431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 TMEM222-201ENST00000374076 1599 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 ODF2-204ENST00000372814 2249 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 ZSCAN10-207ENST00000575108 2247 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 LGALS12-205ENST00000425950 1789 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 CAMK1D-204ENST00000619168 8153 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 NTMT1-211ENST00000617943 1346 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 FBXL16-202ENST00000397621 3547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 CCNI2-204ENST00000614847 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 LPAR3-201ENST00000370611 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 MOGS-205ENST00000452063 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 GGCT-202ENST00000275428 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 CD320-201ENST00000301458 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 PYDC1-201ENST00000302964 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 NUDT6-201ENST00000304430 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 RPS19BP1-201ENST00000334678 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 BEX1-201ENST00000372728 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 AC117947.1-201ENST00000427448 529 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 AC092597.1-201ENST00000487352 616 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 CCNG1-211ENST00000512163 919 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 LY6E-214ENST00000522971 857 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 AP003396.3-201ENST00000530918 778 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 AC079031.1-201ENST00000542627 1035 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 MRPL52-215ENST00000556840 398 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 LY6L-201ENST00000562505 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 AC005332.3-201ENST00000589904 676 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 YIPF2-209ENST00000590329 958 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 HNF4A-208ENST00000609795 1192 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 ITGA3-202ENST00000320031 4888 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 DNM3-203ENST00000367733 2322 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 CCNYL1-201ENST00000295414 3767 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 CRTC3-202ENST00000420329 5209 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 PRR29-AS1-202ENST00000580942 2926 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 EVC2-202ENST00000344408 4390 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 TAPBP-233ENST00000426633 1888 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 ICMT-201ENST00000343813 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 TBC1D9B-202ENST00000356834 5173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 PTPN11-201ENST00000351677 6101 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 CCDC74B-202ENST00000392984 1353 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 WSCD1-210ENST00000574946 5884 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 POMT1-208ENST00000423007 3320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 SFRP1-201ENST00000220772 4492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 AC009041.2-206ENST00000563863 1728 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 SH2D3C-213ENST00000629203 2478 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 ABHD14B-206ENST00000483233 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 KDM4B-203ENST00000536461 5027 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 SCP2-202ENST00000371513 2003 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 ARAP2-201ENST00000303965 7514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 LCE1D-201ENST00000326233 430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 SAPCD2P2-201ENST00000431719 1174 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 TMA7-201ENST00000438607 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 DMKN-215ENST00000451297 1111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 IGHV3-52-201ENST00000519770 353 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 LY6E-213ENST00000522528 606 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 AC012213.1-202ENST00000523422 449 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 P4HB-223ENST00000576390 439 ntTSL 4 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 PC-208ENST00000529047 1607 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 RIMS1-210ENST00000491071 5047 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 GNB4-201ENST00000232564 6434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 EML3-201ENST00000278845 3017 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 RUVBL1-201ENST00000322623 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 POC1A-203ENST00000474012 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 TGDS-201ENST00000261296 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 MBNL1-202ENST00000282488 6458 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 ETFBKMT-202ENST00000395763 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 PHF20L1-201ENST00000220847 3297 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 SOD2-215ENST00000546087 2558 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 SLC2A13-201ENST00000280871 7003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 GGN-201ENST00000334928 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 NRP1-204ENST00000374822 2213 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 TVP23C-204ENST00000438826 1852 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 CPT2-208ENST00000636891 2746 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 UHMK1-202ENST00000489294 8478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 STXBP3-201ENST00000370008 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 CHRNA7-207ENST00000635884 1975 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 SRF-201ENST00000265354 4202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 TSC22D3-203ENST00000372383 2266 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 AC026954.2-202ENST00000575474 2571 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 GDF11-201ENST00000257868 8657 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 TCEA1-201ENST00000396401 2718 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 KLK14-201ENST00000156499 1060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 72.1 ms