Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 AC243562.1-201ENST00000560672 389 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 AL596325.1-201ENST00000563991 1082 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 ZNF445-205ENST00000617032 1291 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 LTV1-201ENST00000367576 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 PARP16-202ENST00000444347 2352 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 IRF5-210ENST00000477535 1374 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 TMEM151A-201ENST00000327259 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 AC008105.1-201ENST00000587534 2003 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 MIB2-203ENST00000378712 2890 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 MAPK9-207ENST00000452135 4815 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 METRN-204ENST00000568223 3325 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 C16orf70-201ENST00000219139 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 ASIC3-201ENST00000297512 1718 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 LYPLA2-205ENST00000374514 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 PCCB-209ENST00000469217 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 POLD3-203ENST00000527458 2122 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 CDH22-201ENST00000372262 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 NOM1-201ENST00000275820 6077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 GPR148-201ENST00000309926 1267 ntAPPRIS P1 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 BLZF1-202ENST00000367807 1295 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 NPY-203ENST00000407573 705 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 NME2P1-201ENST00000426182 414 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 ATP5G2P4-201ENST00000442175 420 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 RN7SL692P-201ENST00000464677 288 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 GNG4-205ENST00000484517 684 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 RPL28-209ENST00000560055 670 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 AL135744.1-201ENST00000565098 629 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 NSUN5P2-205ENST00000602348 1776 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 CAPN1-226ENST00000533820 3083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC9Q9Y3X0 GPR135-201ENST00000395116 4578 ntAPPRIS P1 BASIC23.08■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 TMEM259-209ENST00000592590 2509 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 IDH3G-202ENST00000370092 1712 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 PCMTD1-206ENST00000521344 1712 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 LBHD1-210ENST00000532208 1508 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 GALNT2-201ENST00000366672 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 LAMP1-201ENST00000332556 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 AC100803.2-201ENST00000562459 1963 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 VRK3-225ENST00000601912 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 URAHP-203ENST00000517889 1381 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 CABP2-201ENST00000294288 925 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 VCX2-201ENST00000317103 815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 IGHV3-7-201ENST00000390598 430 ntAPPRIS P1 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 AL365255.1-202ENST00000413887 363 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 NAA50-208ENST00000497255 789 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A30-AS1-201ENST00000506633 701 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 MIR210HG-203ENST00000533920 816 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 NDUFA4L2-202ENST00000554503 1177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 AC009053.3-201ENST00000567148 574 ntTSL 4 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 AL662799.1-202ENST00000614205 422 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 VCX-203ENST00000620630 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 C9orf43-202ENST00000374165 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 CPNE7-201ENST00000268720 2657 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 HEXDC-203ENST00000577944 1820 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 LDHAL6A-202ENST00000396213 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 GRK6-201ENST00000355472 2939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 REEP2-202ENST00000378339 2170 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 PCSK5-201ENST00000376752 5756 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 NTNG1-203ENST00000370066 1443 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 MACF1-233ENST00000602421 1423 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 NBPF9-209ENST00000621645 5632 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 PITX2-201ENST00000306732 2320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 MCUR1-201ENST00000379170 5471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 NARFL-201ENST00000251588 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 ARHGEF18-202ENST00000359920 5733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 SNTB1-201ENST00000395601 5164 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 MFSD2A-203ENST00000420632 1914 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 USP39-201ENST00000323701 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 HMCES-201ENST00000383463 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 SLC22A5-203ENST00000435065 1746 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 RGS3-231ENST00000613049 1726 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 IFNL1-201ENST00000333625 857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 LCE3E-201ENST00000368789 611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 C6orf52-202ENST00000379586 430 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 PLAC9P1-202ENST00000433290 400 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 RBAKDN-201ENST00000498308 514 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 EEF1E1-205ENST00000507463 654 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 SERBP1P5-201ENST00000510079 1181 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 PTHLH-206ENST00000538310 854 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 TUBA1A-203ENST00000546918 984 ntTSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 AC093010.1-201ENST00000473625 1624 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 PEX14-201ENST00000356607 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 SLC27A1-204ENST00000598424 2681 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 MARK2-208ENST00000508192 2924 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 DHRSX-201ENST00000334651 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 PDP1-208ENST00000520728 2554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 USP25-204ENST00000400183 5341 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 MAGI3-201ENST00000307546 6430 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 ARMC6-220ENST00000546344 1814 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 LYNX1-204ENST00000614491 4708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 LDOC1-201ENST00000370526 1381 ntAPPRIS P1 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 CNTNAP3B-203ENST00000377561 5379 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 TDG-209ENST00000544861 1387 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 NDUFV1-216ENST00000529927 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 UXT-AS1-201ENST00000590504 1525 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 ADIRF-201ENST00000372013 917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 TNNC2-201ENST00000372555 710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 TNNC2-202ENST00000372557 780 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 FLG-AS1-204ENST00000420707 906 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC9Q9Y3X0 AC140658.5-201ENST00000438532 169 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40 ms