Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 C2orf82-202ENST00000409230 663 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 RABL2B-209ENST00000435118 1126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 HCG4P8-203ENST00000443049 980 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 PON3-205ENST00000451904 1053 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 SMIM4-202ENST00000476842 522 ntTSL 4 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 AC136604.3-201ENST00000508188 429 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 CDV3-207ENST00000508481 661 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 AC009533.2-201ENST00000543664 586 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 AC012615.1-201ENST00000565797 1299 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 AC092338.2-202ENST00000567158 611 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 SHBG-211ENST00000574539 938 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 AC005944.1-201ENST00000592758 564 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 TMEM114-203ENST00000620492 945 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 DHRS4L2-211ENST00000621761 1049 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 CRAMP1-202ENST00000397412 7772 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 CDCP2-202ENST00000530059 1623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 RBBP7-203ENST00000380087 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 SLCO6A1-202ENST00000389019 2340 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 MINDY2-202ENST00000450403 4820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 RTKN-203ENST00000305557 2646 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 PCDHA8-201ENST00000378123 2616 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 FLOT2-202ENST00000394908 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 AHRR-209ENST00000512529 1912 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 POLR1D-221ENST00000637180 2262 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 RPS6KA5-201ENST00000418736 2249 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 DCAF17-211ENST00000539783 5623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 AL445238.1-203ENST00000606050 1525 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 PYCR2-208ENST00000612039 1549 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 PYCR2-209ENST00000612651 1538 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 HECTD2-203ENST00000371681 2175 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 TOM1L2-203ENST00000395739 1766 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 MGLL-204ENST00000434178 4941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 SMN1-204ENST00000506163 1445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 DYRK1B-203ENST00000430012 2007 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 UQCRC1-201ENST00000203407 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 EMB-204ENST00000508934 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 IL18BP-207ENST00000404792 2172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 SEPT11-209ENST00000510515 1886 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 RARA-206ENST00000425707 3041 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 AL513477.1-201ENST00000602865 2407 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 C6orf15-201ENST00000259870 1140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 PSMB8-202ENST00000374882 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 KRTAP5-6-201ENST00000382160 561 ntAPPRIS P1 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 POLR2M-203ENST00000464277 910 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 AC004080.2-201ENST00000523331 556 ntTSL 4 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 RAP1B-229ENST00000543393 874 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 YPEL3-204ENST00000563788 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 MCRIP1-206ENST00000573478 1123 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 LCE1C-202ENST00000607093 644 ntAPPRIS P2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 PIF1-201ENST00000268043 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 P2RY6-202ENST00000393590 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 ARHGAP22-205ENST00000417912 2352 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 DTX3-204ENST00000548804 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 NTRK2-207ENST00000376214 5608 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 MAGI3-201ENST00000307546 6430 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 ARHGAP11A-201ENST00000361627 5898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 ZCCHC23-201ENST00000500526 1951 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 SLC39A1-210ENST00000617697 2214 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 FAM46A-201ENST00000320172 5609 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 NR2E1-202ENST00000368986 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 RNF2-201ENST00000367509 1677 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 RECK-201ENST00000377966 4888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 CFLAR-208ENST00000423241 2128 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 AC011840.1-202ENST00000436477 1351 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 FAM135A-205ENST00000418814 6415 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 NOMO3-201ENST00000263012 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 ZNF853-201ENST00000457543 3857 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 MUM1-216ENST00000627377 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 MRPL43-203ENST00000318364 1010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 MRPL43-204ENST00000342071 894 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 NPFFR2-202ENST00000344413 1234 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 BOLA1-201ENST00000369150 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 C6orf48-204ENST00000375639 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 ITM2C-204ENST00000409704 1106 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 RPP14-206ENST00000466547 805 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 AP001453.1-201ENST00000534988 923 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 PNN-202ENST00000553331 656 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 AC013356.2-201ENST00000559730 729 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 TMED1-207ENST00000591695 809 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 BNIP3P18-201ENST00000593976 575 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 AC010522.1-205ENST00000598031 606 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 TP73-AS1-210ENST00000637775 1455 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 LMNA-208ENST00000448611 1943 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 INPP5J-202ENST00000400294 2393 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 ZNF385A-212ENST00000551109 2369 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 PTP4A1-201ENST00000370651 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 COBL-201ENST00000265136 5291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 ERO1A-201ENST00000395686 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 PLCH2-203ENST00000378486 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 PLCH2-204ENST00000419816 4837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 EML3-201ENST00000278845 3017 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 TBC1D2-202ENST00000375063 2100 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 LINC00896-202ENST00000609602 2128 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 SCARB2-201ENST00000264896 4792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 LINC00304-203ENST00000565008 1864 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 APBB1-207ENST00000529519 1442 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 CLEC10A-204ENST00000571664 1442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 DIP2A-205ENST00000466639 2711 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
SKA3Q8IX90 SEC22C-202ENST00000273156 1608 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.9 ms