Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 DLGAP4-206ENST00000475894 3110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 BECN1-201ENST00000361523 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 BMP2K-208ENST00000628286 3848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 CSAD-209ENST00000453446 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 PITPNM2-209ENST00000546049 1793 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 CLTA-201ENST00000242285 1152 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 RNF146-201ENST00000309649 2624 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 SHTN1-203ENST00000392901 2190 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 CBWD2-204ENST00000433343 1411 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 COQ10A-202ENST00000433805 1410 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 ACTG1P14-201ENST00000446382 1122 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 CYB561D1-208ENST00000528785 1271 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 AL031432.2-201ENST00000566714 459 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 AL928711.1-201ENST00000570165 459 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 AC010776.2-201ENST00000588946 1081 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 ZNF668-208ENST00000538906 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 EVA1C-202ENST00000382699 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 BCL2L11-201ENST00000308659 1522 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 TATDN3-214ENST00000532324 1381 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 RELL2-201ENST00000297164 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 HTRA3-201ENST00000307358 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 RCAN3-209ENST00000616511 2527 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 ATP6AP2-224ENST00000637327 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 NTRK1-201ENST00000358660 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 TGFBR1-201ENST00000374990 5720 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 CYP51A1P2-201ENST00000419457 1499 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 ATG2A-203ENST00000421419 1481 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 REM2-202ENST00000536884 1331 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 NKX2-1-203ENST00000518149 2583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 ZNF274-203ENST00000424679 2539 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 SYBU-224ENST00000529690 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 ZNF696-201ENST00000330143 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 APEH-202ENST00000438011 2249 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 FNDC11-202ENST00000370098 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 CFL1-202ENST00000524553 860 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 AL078644.1-201ENST00000609881 752 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 MED16-214ENST00000617672 554 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 FAM238C-204ENST00000640224 1268 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 CD276-201ENST00000318424 2738 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 ZNF517-201ENST00000359971 2335 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.58■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 SLC7A9-204ENST00000590341 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 PXK-206ENST00000463280 2825 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 ARHGAP11A-208ENST00000567348 2422 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 HCN1-202ENST00000634658 4738 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 EIF4E3-201ENST00000295612 2764 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 WNT8B-201ENST00000343737 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 DDIT4L-201ENST00000273990 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 TMEM59L-205ENST00000600490 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 PNRC1-202ENST00000354922 1345 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 SMIM10L2A-201ENST00000417443 5230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 PPTC7-201ENST00000354300 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 CCDC189-204ENST00000541260 1531 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 SFTPC-201ENST00000318561 997 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 AMACR-204ENST00000382085 1195 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 DDT-204ENST00000404092 805 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 AC013270.1-201ENST00000425578 440 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 MOBP-208ENST00000441980 830 ntAPPRIS P4 TSL 4 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 SLC26A4-AS1-202ENST00000449741 586 ntTSL 4 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 AC093714.2-201ENST00000489626 763 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 AC025183.1-201ENST00000506335 425 ntTSL 4 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 HELT-204ENST00000515777 841 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 AC118553.2-203ENST00000639037 2590 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 DPAGT1-203ENST00000409993 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 NLE1-201ENST00000360831 1726 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 SEPT8-208ENST00000378721 1723 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 SDHA-204ENST00000504309 2067 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 AC008764.6-201ENST00000595909 2069 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 CDH24-205ENST00000554034 2759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 FAM57B-201ENST00000279389 1481 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 ALKBH3-201ENST00000302708 1474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 LEMD2-201ENST00000293760 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 CDK1-204ENST00000448257 1948 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 TRPV4-208ENST00000544971 2295 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 AC010619.2-201ENST00000595815 1421 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 EIF2B5-201ENST00000273783 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 HSD17B6-203ENST00000554150 1547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 FOXP4-205ENST00000409208 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 LRRD1-201ENST00000343318 2073 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 TRAPPC1-201ENST00000303731 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 KCNIP2-208ENST00000370046 923 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 FAM19A5-204ENST00000406880 833 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 PMS2P2-201ENST00000425039 1128 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 RPS27L-204ENST00000455271 923 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 AC107918.2-201ENST00000530817 355 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 AC069503.2-201ENST00000546333 576 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 RPL28-209ENST00000560055 670 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 AP002472.1-201ENST00000577490 586 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 OPN5-206ENST00000638973 1090 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 HERPUD2-201ENST00000311350 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 CLDN6-201ENST00000328796 1369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 KLHL17-201ENST00000338591 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 CFLAR-208ENST00000423241 2128 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 HNRNPRP1-201ENST00000453465 1695 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 HOTAIR-201ENST00000424518 2421 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 TMEM175-201ENST00000264771 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 HGFAC-201ENST00000382774 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 AC087289.2-201ENST00000587267 1419 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRIM28Q13263 RNH1-205ENST00000397615 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
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