Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 DNLZ-202ENST00000371739 2934 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 LONP1-215ENST00000593119 2918 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 C12orf42-201ENST00000378113 1513 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 PSRC1-204ENST00000369909 1742 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 ITPRIPL1-205ENST00000536814 1947 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 NBL1-212ENST00000621723 2133 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 RAI2-201ENST00000331511 2317 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
HOXC9P31274 SMARCC2-203ENST00000394023 4271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 MARK2-204ENST00000402010 4728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 C8orf58-207ENST00000615223 1848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 MAEA-201ENST00000264750 2058 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 RWDD3-201ENST00000263893 1078 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 UBE2F-202ENST00000409332 1138 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 TTC31-205ENST00000442235 958 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 SLC25A36-204ENST00000453248 1040 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 NDUFAF5-203ENST00000463598 991 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 SEC24B-AS1-201ENST00000499359 957 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 SEC24B-AS1-204ENST00000510971 554 ntTSL 4 BASIC23.01■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 RPL28-205ENST00000558131 444 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 IGHV3OR16-6-201ENST00000568775 360 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 TMEM59L-205ENST00000600490 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 FXYD6-204ENST00000526014 2171 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 TCERG1L-201ENST00000368642 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 MMD2-202ENST00000404774 2415 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 ADRA1A-202ENST00000354550 1765 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 MYBPH-202ENST00000621380 1772 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 SLC39A5-201ENST00000266980 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 CORO1C-204ENST00000541050 2487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 GORASP1-206ENST00000422110 2523 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 MCOLN1-201ENST00000264079 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 CSK-201ENST00000220003 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 RTN4-201ENST00000317610 2333 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 ZNF346-208ENST00000511834 2306 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 AC009779.2-201ENST00000552576 1443 ntTSL 4 BASIC23■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 CBX1-202ENST00000393408 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 FAM57B-201ENST00000279389 1481 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 TRIM17-204ENST00000366698 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 MOCS2-202ENST00000396954 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 CBR1-202ENST00000399191 838 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 LINC00029-202ENST00000414668 1117 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 XXYLT1-204ENST00000429994 865 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 LAT-209ENST00000564277 921 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 AC040963.1-202ENST00000589729 644 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 SWI5-206ENST00000608796 906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 UBE3D-208ENST00000626828 114 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 HNRNPH1-250ENST00000630639 123 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 FGFR1-241ENST00000619564 5482 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 YIPF2-204ENST00000586748 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 AC129492.6-201ENST00000611383 1305 ntBASIC23■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 DNM1-211ENST00000627061 2724 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 VGLL4-211ENST00000430365 1377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 IRF9-203ENST00000557894 1391 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 LSP1-201ENST00000311604 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 ABCG4-206ENST00000622721 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 IGSF11-209ENST00000491903 1487 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 GTDC1-219ENST00000542155 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 NPTX2-201ENST00000265634 2700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 NKD2-202ENST00000296849 2155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 FAM86DP-207ENST00000497543 2152 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 NEIL2-203ENST00000436750 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 CA4-201ENST00000300900 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 HLA-DMA-201ENST00000374843 1123 ntAPPRIS P1 BASIC22.99■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 FBXO44-205ENST00000376768 959 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 AL645941.2-201ENST00000429234 612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 LINC01264-201ENST00000431395 500 ntTSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 TMEM205-202ENST00000447337 916 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 OST4-202ENST00000447619 458 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 SLC22A18-206ENST00000449793 1225 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 NDUFB2-202ENST00000460088 420 ntTSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 TIMM17B-208ENST00000495490 939 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 PXN-AS1-201ENST00000535200 1170 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 MARVELD3-206ENST00000567566 850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 ARSA-204ENST00000395621 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 SARS2-212ENST00000600042 1630 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 EWSR1-202ENST00000332035 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 NSL1-203ENST00000366978 1344 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 FAM53C-202ENST00000434981 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 ZNF598-204ENST00000563630 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 UMOD-201ENST00000302509 2477 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 CPEB2-207ENST00000507071 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 LYPLA2-205ENST00000374514 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 SYTL3-201ENST00000297239 2292 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 CCDC189-204ENST00000541260 1531 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 SOST-201ENST00000301691 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 SEMA6C-209ENST00000613223 1950 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 EGFL6-201ENST00000361306 2398 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 SLC2A11-204ENST00000398356 2388 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 TMEM86B-201ENST00000327042 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 IL15-201ENST00000296545 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 H3F3C-201ENST00000340398 1057 ntAPPRIS P1 BASIC22.98■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 LYSMD4-203ENST00000378904 2122 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 CAMKMT-204ENST00000407131 652 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 AC104971.3-201ENST00000589794 335 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 GPR42-202ENST00000597214 1182 ntAPPRIS P1 BASIC22.98■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 FFAR2-202ENST00000599180 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
HOXC9P31274 HNRNPDL-206ENST00000602300 1291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.2 ms