Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 NPAS4-204ENST00000639555 878 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 AP000867.4-201ENST00000641616 219 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 HPS3-202ENST00000460120 2745 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 AC018755.2-202ENST00000429354 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 ATPAF1-214ENST00000576409 4158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 NPEPL1-203ENST00000525817 1780 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 DEF8-211ENST00000563795 1767 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 C16orf45-201ENST00000300006 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 DPH6-AS1-201ENST00000501169 1477 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 PVR-204ENST00000406449 1344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 SPATC1L-201ENST00000291672 2303 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 SH3BP2-202ENST00000435136 2318 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 PLA2R1-202ENST00000392771 5160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 TRIM41-202ENST00000351937 2696 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 GPR135-201ENST00000395116 4578 ntAPPRIS P1 BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 ARHGAP22-203ENST00000374172 2380 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 CD276-201ENST00000318424 2738 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 ZNF259P1-201ENST00000407656 1365 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 SLC39A3-202ENST00000455372 2940 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 PYCR1-217ENST00000629768 1740 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 BAIAP2L2-201ENST00000332536 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 CDK11A-203ENST00000357760 2446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 CDK11A-204ENST00000358779 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 CDK11A-206ENST00000378638 2429 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 MBD1-206ENST00000382948 2434 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 CDK11A-208ENST00000404249 2449 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 IVNS1ABP-202ENST00000367498 4199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 PLEKHG5-201ENST00000340850 4715 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 ARHGAP27-214ENST00000532891 2604 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 PLEKHG5-211ENST00000535355 4725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 DCLK1-203ENST00000379892 2101 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 INO80E-207ENST00000563197 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 TRIM63-201ENST00000374272 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 NADK2-206ENST00000506945 1437 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 SLC29A1-208ENST00000393844 2326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 SLC39A1-211ENST00000621013 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 AC027097.1-202ENST00000592201 1954 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 PAK4-202ENST00000358301 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 EHMT1-204ENST00000462484 2707 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 TAF4B-201ENST00000269142 5260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 MCL1-201ENST00000307940 1110 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 UXT-202ENST00000335890 701 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 MIR1233-2-201ENST00000408138 82 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 MIR1233-1-201ENST00000408722 82 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 RAB17-203ENST00000409576 466 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 AC007967.3-201ENST00000434308 558 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 RPL13AP23-201ENST00000480739 586 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 AMACR-208ENST00000512079 858 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 UBXN1-210ENST00000529640 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 AC021087.4-201ENST00000563761 564 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 AC127496.4-201ENST00000571591 549 ntTSL 4 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 TERC-201ENST00000602385 541 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 ANO2-212ENST00000612575 1087 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 C14orf28-201ENST00000325192 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 C15orf38-AP3S2-201ENST00000398333 2439 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 EN2-201ENST00000297375 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 ARRB1-201ENST00000360025 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 REPS1-202ENST00000367663 2607 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 FOXP3-201ENST00000376197 1326 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 ZCCHC24-202ENST00000372336 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 MAN1B1-207ENST00000535144 2296 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 PCNP-201ENST00000265260 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 NAP1L4-201ENST00000380542 2511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 CHTF8-203ENST00000448552 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 AATK-203ENST00000417379 5081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 SYT15-201ENST00000374321 1369 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 HMGN1-204ENST00000380749 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 DLK1-202ENST00000341267 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 AC063977.6-201ENST00000600074 1763 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 ZIC3-202ENST00000370606 1968 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 MAFB-201ENST00000373313 3393 ntAPPRIS P1 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 AC080080.1-201ENST00000625121 2420 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 HLA-J-201ENST00000462773 1622 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 ABHD11-205ENST00000437775 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 FAM46A-203ENST00000369756 5537 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 STAT5A-207ENST00000546010 3086 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 ADRB1-201ENST00000369295 2853 ntAPPRIS P1 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 ZCCHC17-205ENST00000615916 1652 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 AC132938.6-201ENST00000623828 1655 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 RPS12-201ENST00000230050 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 INIP-202ENST00000374236 874 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 MSANTD3-201ENST00000374885 786 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 C6orf48-204ENST00000375639 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 IGHV3-15-201ENST00000390603 437 ntAPPRIS P1 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 AL359915.2-201ENST00000425884 745 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 DYNC1LI2-202ENST00000440564 1145 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 HFE-210ENST00000470149 1123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 POLD2P1-201ENST00000511220 997 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 OR7E14P-202ENST00000530490 1290 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 MYL6-209ENST00000548293 753 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 LINC01956-202ENST00000584273 612 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 AC243547.2-201ENST00000616257 234 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 FOXP1-223ENST00000622151 429 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 PSMA6-216ENST00000627895 484 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 L1CAM-205ENST00000370060 5113 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 HSPB9-201ENST00000565659 1922 ntAPPRIS P1 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 C3orf58-201ENST00000315691 4346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 KHNYN-206ENST00000556842 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 WIF1-201ENST00000286574 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.2 ms