Protein–RNA interactions for Protein: Q99727

TIMP4, Metalloproteinase inhibitor 4, humanhuman

Predictions only

Length 224 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TIMP4Q99727 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC22.37■■□□□ 1.17
TIMP4Q99727 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
TIMP4Q99727 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
TIMP4Q99727 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
TIMP4Q99727 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
TIMP4Q99727 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
TIMP4Q99727 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
TIMP4Q99727 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
TIMP4Q99727 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
TIMP4Q99727 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
TIMP4Q99727 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TIMP4Q99727 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TIMP4Q99727 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TIMP4Q99727 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TIMP4Q99727 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TIMP4Q99727 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TIMP4Q99727 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
TIMP4Q99727 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
TIMP4Q99727 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
TIMP4Q99727 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
TIMP4Q99727 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TIMP4Q99727 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TIMP4Q99727 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
TIMP4Q99727 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
TIMP4Q99727 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
TIMP4Q99727 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
TIMP4Q99727 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
TIMP4Q99727 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
TIMP4Q99727 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
TIMP4Q99727 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
TIMP4Q99727 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
TIMP4Q99727 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
TIMP4Q99727 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TIMP4Q99727 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TIMP4Q99727 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TIMP4Q99727 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TIMP4Q99727 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
TIMP4Q99727 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
TIMP4Q99727 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TIMP4Q99727 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TIMP4Q99727 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
TIMP4Q99727 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
TIMP4Q99727 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
TIMP4Q99727 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TIMP4Q99727 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
TIMP4Q99727 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TIMP4Q99727 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TIMP4Q99727 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TIMP4Q99727 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TIMP4Q99727 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TIMP4Q99727 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TIMP4Q99727 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TIMP4Q99727 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TIMP4Q99727 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TIMP4Q99727 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TIMP4Q99727 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TIMP4Q99727 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
TIMP4Q99727 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TIMP4Q99727 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
TIMP4Q99727 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TIMP4Q99727 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TIMP4Q99727 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TIMP4Q99727 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TIMP4Q99727 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TIMP4Q99727 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TIMP4Q99727 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
TIMP4Q99727 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
TIMP4Q99727 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TIMP4Q99727 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TIMP4Q99727 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
TIMP4Q99727 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
TIMP4Q99727 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
TIMP4Q99727 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
TIMP4Q99727 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
TIMP4Q99727 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
TIMP4Q99727 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
TIMP4Q99727 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
TIMP4Q99727 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
TIMP4Q99727 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TIMP4Q99727 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TIMP4Q99727 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TIMP4Q99727 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
TIMP4Q99727 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
TIMP4Q99727 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TIMP4Q99727 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
TIMP4Q99727 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TIMP4Q99727 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TIMP4Q99727 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TIMP4Q99727 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
TIMP4Q99727 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TIMP4Q99727 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TIMP4Q99727 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TIMP4Q99727 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TIMP4Q99727 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TIMP4Q99727 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TIMP4Q99727 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TIMP4Q99727 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TIMP4Q99727 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
TIMP4Q99727 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TIMP4Q99727 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.9 ms