Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
USP28Q96RU2 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
USP28Q96RU2 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
USP28Q96RU2 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC27.92■■■□□ 2.06
USP28Q96RU2 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
USP28Q96RU2 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
USP28Q96RU2 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
USP28Q96RU2 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
USP28Q96RU2 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
USP28Q96RU2 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
USP28Q96RU2 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC27.91■■■□□ 2.06
USP28Q96RU2 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC27.91■■■□□ 2.06
USP28Q96RU2 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC27.91■■■□□ 2.06
USP28Q96RU2 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
USP28Q96RU2 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
USP28Q96RU2 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
USP28Q96RU2 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
USP28Q96RU2 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC27.9■■■□□ 2.06
USP28Q96RU2 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
USP28Q96RU2 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
USP28Q96RU2 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.88■■■□□ 2.05
USP28Q96RU2 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
USP28Q96RU2 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
USP28Q96RU2 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
USP28Q96RU2 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.88■■■□□ 2.05
USP28Q96RU2 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
USP28Q96RU2 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
USP28Q96RU2 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
USP28Q96RU2 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC27.87■■■□□ 2.05
USP28Q96RU2 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
USP28Q96RU2 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
USP28Q96RU2 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
USP28Q96RU2 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
USP28Q96RU2 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
USP28Q96RU2 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
USP28Q96RU2 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
USP28Q96RU2 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
USP28Q96RU2 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
USP28Q96RU2 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC27.85■■■□□ 2.05
USP28Q96RU2 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
USP28Q96RU2 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
USP28Q96RU2 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC27.85■■■□□ 2.05
USP28Q96RU2 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
USP28Q96RU2 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
USP28Q96RU2 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC27.84■■■□□ 2.05
USP28Q96RU2 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
USP28Q96RU2 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
USP28Q96RU2 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
USP28Q96RU2 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
USP28Q96RU2 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
USP28Q96RU2 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
USP28Q96RU2 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
USP28Q96RU2 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC27.83■■■□□ 2.04
USP28Q96RU2 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
USP28Q96RU2 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
USP28Q96RU2 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
USP28Q96RU2 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC27.82■■■□□ 2.04
USP28Q96RU2 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
USP28Q96RU2 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
USP28Q96RU2 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
USP28Q96RU2 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
USP28Q96RU2 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
USP28Q96RU2 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
USP28Q96RU2 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
USP28Q96RU2 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
USP28Q96RU2 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
USP28Q96RU2 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
USP28Q96RU2 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
USP28Q96RU2 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.8■■■□□ 2.04
USP28Q96RU2 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
USP28Q96RU2 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
USP28Q96RU2 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC27.79■■■□□ 2.04
USP28Q96RU2 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
USP28Q96RU2 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
USP28Q96RU2 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
USP28Q96RU2 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
USP28Q96RU2 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC27.78■■■□□ 2.04
USP28Q96RU2 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
USP28Q96RU2 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
USP28Q96RU2 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
USP28Q96RU2 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
USP28Q96RU2 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
USP28Q96RU2 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
USP28Q96RU2 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
USP28Q96RU2 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC27.77■■■□□ 2.04
USP28Q96RU2 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.04
USP28Q96RU2 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.76■■■□□ 2.03
USP28Q96RU2 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
USP28Q96RU2 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
USP28Q96RU2 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
USP28Q96RU2 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
USP28Q96RU2 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
USP28Q96RU2 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
USP28Q96RU2 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
USP28Q96RU2 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
USP28Q96RU2 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
USP28Q96RU2 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.74■■■□□ 2.03
USP28Q96RU2 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
USP28Q96RU2 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
USP28Q96RU2 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.8 ms