Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
HOXD9P28356 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
HOXD9P28356 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
HOXD9P28356 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
HOXD9P28356 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
HOXD9P28356 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
HOXD9P28356 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
HOXD9P28356 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
HOXD9P28356 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
HOXD9P28356 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
HOXD9P28356 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
HOXD9P28356 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
HOXD9P28356 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
HOXD9P28356 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
HOXD9P28356 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
HOXD9P28356 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
HOXD9P28356 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
HOXD9P28356 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
HOXD9P28356 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
HOXD9P28356 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
HOXD9P28356 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
HOXD9P28356 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
HOXD9P28356 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
HOXD9P28356 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
HOXD9P28356 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
HOXD9P28356 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
HOXD9P28356 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
HOXD9P28356 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
HOXD9P28356 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
HOXD9P28356 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
HOXD9P28356 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
HOXD9P28356 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC25.12■■□□□ 1.61
HOXD9P28356 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
HOXD9P28356 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
HOXD9P28356 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
HOXD9P28356 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
HOXD9P28356 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
HOXD9P28356 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
HOXD9P28356 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
HOXD9P28356 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
HOXD9P28356 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
HOXD9P28356 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
HOXD9P28356 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
HOXD9P28356 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
HOXD9P28356 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
HOXD9P28356 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
HOXD9P28356 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
HOXD9P28356 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
HOXD9P28356 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
HOXD9P28356 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
HOXD9P28356 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
HOXD9P28356 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
HOXD9P28356 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
HOXD9P28356 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
HOXD9P28356 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
HOXD9P28356 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
HOXD9P28356 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
HOXD9P28356 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
HOXD9P28356 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
HOXD9P28356 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
HOXD9P28356 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC25.06■■□□□ 1.6
HOXD9P28356 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
HOXD9P28356 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
HOXD9P28356 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
HOXD9P28356 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
HOXD9P28356 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
HOXD9P28356 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
HOXD9P28356 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
HOXD9P28356 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC25.05■■□□□ 1.6
HOXD9P28356 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
HOXD9P28356 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
HOXD9P28356 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
HOXD9P28356 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
HOXD9P28356 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
HOXD9P28356 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
HOXD9P28356 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
HOXD9P28356 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
HOXD9P28356 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
HOXD9P28356 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
HOXD9P28356 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
HOXD9P28356 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
HOXD9P28356 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
HOXD9P28356 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
HOXD9P28356 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
HOXD9P28356 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
HOXD9P28356 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
HOXD9P28356 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
HOXD9P28356 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
HOXD9P28356 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
HOXD9P28356 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
HOXD9P28356 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
HOXD9P28356 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
HOXD9P28356 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
HOXD9P28356 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
HOXD9P28356 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
HOXD9P28356 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
HOXD9P28356 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
HOXD9P28356 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
HOXD9P28356 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
HOXD9P28356 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC25■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.7 ms