Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
COL9A1P20849 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
COL9A1P20849 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
COL9A1P20849 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
COL9A1P20849 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
COL9A1P20849 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
COL9A1P20849 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC25.52■■□□□ 1.68
COL9A1P20849 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
COL9A1P20849 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
COL9A1P20849 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
COL9A1P20849 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
COL9A1P20849 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
COL9A1P20849 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
COL9A1P20849 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
COL9A1P20849 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
COL9A1P20849 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
COL9A1P20849 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC25.51■■□□□ 1.67
COL9A1P20849 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC25.5■■□□□ 1.67
COL9A1P20849 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
COL9A1P20849 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
COL9A1P20849 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
COL9A1P20849 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
COL9A1P20849 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
COL9A1P20849 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC25.49■■□□□ 1.67
COL9A1P20849 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC25.49■■□□□ 1.67
COL9A1P20849 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
COL9A1P20849 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
COL9A1P20849 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
COL9A1P20849 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
COL9A1P20849 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
COL9A1P20849 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
COL9A1P20849 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
COL9A1P20849 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
COL9A1P20849 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
COL9A1P20849 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL9A1P20849 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL9A1P20849 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
COL9A1P20849 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
COL9A1P20849 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
COL9A1P20849 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
COL9A1P20849 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL9A1P20849 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL9A1P20849 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL9A1P20849 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
COL9A1P20849 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL9A1P20849 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL9A1P20849 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
COL9A1P20849 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL9A1P20849 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL9A1P20849 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL9A1P20849 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
COL9A1P20849 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL9A1P20849 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
COL9A1P20849 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
COL9A1P20849 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL9A1P20849 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL9A1P20849 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL9A1P20849 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
COL9A1P20849 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL9A1P20849 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL9A1P20849 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL9A1P20849 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL9A1P20849 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL9A1P20849 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL9A1P20849 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL9A1P20849 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
COL9A1P20849 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
COL9A1P20849 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
COL9A1P20849 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
COL9A1P20849 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC25.39■■□□□ 1.66
COL9A1P20849 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
COL9A1P20849 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
COL9A1P20849 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL9A1P20849 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL9A1P20849 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL9A1P20849 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL9A1P20849 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL9A1P20849 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL9A1P20849 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
COL9A1P20849 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL9A1P20849 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL9A1P20849 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL9A1P20849 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL9A1P20849 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL9A1P20849 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL9A1P20849 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL9A1P20849 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
COL9A1P20849 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL9A1P20849 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL9A1P20849 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL9A1P20849 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL9A1P20849 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL9A1P20849 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
COL9A1P20849 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
COL9A1P20849 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
COL9A1P20849 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL9A1P20849 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL9A1P20849 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL9A1P20849 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL9A1P20849 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.9 ms