Protein–RNA interactions for Protein: O00257

CBX4, E3 SUMO-protein ligase CBX4, humanhuman

Predictions only

Length 560 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CBX4O00257 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CBX4O00257 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
CBX4O00257 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
CBX4O00257 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.59
CBX4O00257 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
CBX4O00257 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
CBX4O00257 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC24.95■■□□□ 1.58
CBX4O00257 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC24.95■■□□□ 1.58
CBX4O00257 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
CBX4O00257 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
CBX4O00257 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
CBX4O00257 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CBX4O00257 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CBX4O00257 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CBX4O00257 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CBX4O00257 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CBX4O00257 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CBX4O00257 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CBX4O00257 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CBX4O00257 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CBX4O00257 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CBX4O00257 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CBX4O00257 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CBX4O00257 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
CBX4O00257 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CBX4O00257 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CBX4O00257 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CBX4O00257 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CBX4O00257 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
CBX4O00257 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CBX4O00257 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CBX4O00257 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CBX4O00257 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CBX4O00257 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
CBX4O00257 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CBX4O00257 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CBX4O00257 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CBX4O00257 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CBX4O00257 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
CBX4O00257 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CBX4O00257 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CBX4O00257 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CBX4O00257 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC24.89■■□□□ 1.58
CBX4O00257 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CBX4O00257 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
CBX4O00257 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CBX4O00257 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CBX4O00257 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CBX4O00257 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CBX4O00257 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CBX4O00257 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CBX4O00257 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CBX4O00257 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CBX4O00257 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CBX4O00257 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CBX4O00257 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CBX4O00257 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CBX4O00257 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CBX4O00257 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CBX4O00257 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CBX4O00257 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CBX4O00257 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CBX4O00257 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CBX4O00257 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CBX4O00257 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CBX4O00257 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CBX4O00257 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CBX4O00257 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CBX4O00257 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CBX4O00257 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CBX4O00257 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CBX4O00257 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CBX4O00257 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CBX4O00257 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CBX4O00257 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CBX4O00257 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CBX4O00257 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CBX4O00257 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CBX4O00257 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CBX4O00257 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CBX4O00257 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CBX4O00257 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CBX4O00257 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CBX4O00257 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CBX4O00257 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
CBX4O00257 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CBX4O00257 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CBX4O00257 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CBX4O00257 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CBX4O00257 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CBX4O00257 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CBX4O00257 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CBX4O00257 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CBX4O00257 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CBX4O00257 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CBX4O00257 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CBX4O00257 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CBX4O00257 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CBX4O00257 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CBX4O00257 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.5 ms