Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 AL139398.1-201ENST00000638795 1529 ntTSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 PNPLA2-201ENST00000336615 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 UVSSA-207ENST00000511216 2927 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 CD99L2-202ENST00000355149 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 NEK7-201ENST00000367383 586 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 AL513480.1-201ENST00000451731 511 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 LAMTOR4-206ENST00000473459 720 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 IDH3B-206ENST00000474315 1279 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 SPINK2-203ENST00000506738 763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 AC004846.2-201ENST00000556578 777 ntTSL 3 BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 AC046185.3-201ENST00000623228 1824 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 GADD45B-201ENST00000215631 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 NOP9-202ENST00000396802 1942 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 AC104581.1-202ENST00000635932 2618 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 FBP1-201ENST00000375326 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 WDR13-201ENST00000218056 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 CCDC34-201ENST00000317945 2109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 TMEM129-202ENST00000382936 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 GNRHR2-201ENST00000312753 1599 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 NDUFV1-201ENST00000322776 1596 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 CERCAM-213ENST00000612334 1554 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 ADORA2A-214ENST00000611543 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 GGT2-202ENST00000405188 1845 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 MAPRE3-201ENST00000233121 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 PRLH-201ENST00000165524 264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 OSTC-201ENST00000361564 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 CMTM2-202ENST00000379486 904 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 MRPL23-201ENST00000381514 919 ntTSL 3 BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 CLTA-203ENST00000396603 1090 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 AC236430.1-201ENST00000402231 743 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 PRICKLE2-AS1-203ENST00000476308 623 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 AJ011932.1-201ENST00000621707 465 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 PDLIM3-201ENST00000284767 2589 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 KCNA3-201ENST00000369769 2569 ntAPPRIS P1 BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 RIN1-201ENST00000311320 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 SCYL1-202ENST00000279270 1659 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 LSP1-201ENST00000311604 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 PRPF31-202ENST00000391755 1767 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 FDXR-217ENST00000582944 1766 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 POLR1D-220ENST00000637071 1943 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 SLC27A2-202ENST00000380902 2181 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 MRPL16-201ENST00000300151 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 SNHG11-201ENST00000359074 1031 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 AC092474.2-201ENST00000424288 719 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 FAM86GP-201ENST00000448322 971 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 PARD6G-203ENST00000470488 596 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 LINC01336-202ENST00000506086 479 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 AC099482.1-201ENST00000563471 481 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 AC087741.1-203ENST00000576824 820 ntTSL 3 BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 AC011491.2-201ENST00000599584 447 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 PGLYRP1-201ENST00000008938 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 C1orf159-205ENST00000421241 1841 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 AC138028.4-201ENST00000564984 1845 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 KRT16P6-201ENST00000417510 1873 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 CCDC17-209ENST00000528266 2181 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 MTMR12-201ENST00000264934 2215 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 PLK1-201ENST00000300093 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 STK25-203ENST00000403346 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 EI24-201ENST00000278903 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 GPC2-201ENST00000292377 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 LARGE2-202ENST00000401752 2516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 UBE2I-203ENST00000397514 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 NEFHP1-201ENST00000412845 2629 ntBASIC17.66■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 ATRIP-203ENST00000357105 2403 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 SAMD11-214ENST00000618323 2159 ntTSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 TCP11-228ENST00000611141 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 SMPD3-211ENST00000568373 2073 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 UQCRC1-201ENST00000203407 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 AC133561.2-201ENST00000380145 1802 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 C8orf58-207ENST00000615223 1848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 PI4KAP1-204ENST00000612579 1703 ntBASIC17.66■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 MED25-202ENST00000538643 1623 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 NDRG4-202ENST00000356752 1375 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 LINC00266-1-201ENST00000279067 928 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 HUS1B-201ENST00000380907 1025 ntAPPRIS P1 BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 RBM43-202ENST00000409092 579 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 AL121832.1-203ENST00000433121 475 ntTSL 3 BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 RNF212-203ENST00000433731 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 TTC31-205ENST00000442235 958 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 AL355140.1-201ENST00000457328 398 ntTSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 AF131215.3-201ENST00000532453 639 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 BLOC1S6-202ENST00000562384 494 ntTSL 4 BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 LMO7-AS1-202ENST00000568735 467 ntTSL 3 BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 AL035252.4-201ENST00000624174 288 ntBASIC17.66■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 PRKAR1B-204ENST00000406797 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 SNAP47-201ENST00000315781 2367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 CDK1-204ENST00000448257 1948 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 P3H1-204ENST00000397054 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 MAGEF1-201ENST00000317897 1636 ntAPPRIS P1 BASIC17.65■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 KLHL17-201ENST00000338591 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 GORASP1-206ENST00000422110 2523 ntTSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 FA2H-201ENST00000219368 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 SCLT1-204ENST00000503215 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 CLPP-201ENST00000245816 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 ITLN1-201ENST00000326245 1183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 STOML1-203ENST00000359750 984 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 YDJC-202ENST00000398873 1066 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 NABP1-203ENST00000409510 843 ntTSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 FALEC-201ENST00000416894 566 ntTSL 3 BASIC17.65■□□□□ 0.42
COL4A3Q01955 LINC01812-201ENST00000457448 725 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 82.7 ms