Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 DCTN5-208ENST00000568589 772 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 LINC00092-202ENST00000580908 580 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 COLCA2-205ENST00000614153 1264 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 GYG1-214ENST00000627418 1831 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 POFUT2-201ENST00000331343 4825 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 WHAMMP3-203ENST00000621139 4494 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 EZR-202ENST00000367075 3096 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 INPP5J-207ENST00000405300 2515 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 AC106886.4-201ENST00000623557 2502 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 ASIC3-203ENST00000357922 2232 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 ZDHHC9-202ENST00000371064 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 SPRED3-201ENST00000338502 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 TAPBP-233ENST00000426633 1888 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 KDM8-202ENST00000441782 1612 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 TPD52L1-213ENST00000534000 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 SREK1-216ENST00000612404 2128 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 C1orf56-201ENST00000368926 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 LARP4-210ENST00000522085 1577 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 SYTL3-202ENST00000360448 2504 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 NOMO1-208ENST00000620755 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 RUNX1-203ENST00000358356 2720 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 POC1A-203ENST00000474012 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 SLC22A1-201ENST00000324965 1521 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 ZNF575-201ENST00000314228 1298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 GUK1-204ENST00000366721 689 ntTSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 TFPT-203ENST00000391759 1205 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 NDUFA13-201ENST00000428459 576 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 AC009084.1-201ENST00000566869 317 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 PSMD8-202ENST00000585598 541 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 AL353801.3-201ENST00000609898 542 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 ASIC3-201ENST00000297512 1718 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 ASB10-202ENST00000377867 1738 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 MIB2-232ENST00000520777 3321 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 RNF144A-201ENST00000320892 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 DOK4-201ENST00000340099 2772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 CFL1-203ENST00000525451 1878 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 AC009779.2-201ENST00000552576 1443 ntTSL 4 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 TTC13-202ENST00000366662 3112 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 AC046185.3-201ENST00000623228 1824 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 SFT2D3-201ENST00000310981 3735 ntAPPRIS P1 BASIC20.09■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 ANAPC11-211ENST00000575195 1361 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 GDPD5-214ENST00000533784 2441 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 EPM2A-201ENST00000367519 3465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 ZNF280D-205ENST00000559000 4726 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 HSD11B1L-223ENST00000616276 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 PPP4R3A-208ENST00000555462 3236 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 KIAA1522-204ENST00000401073 5438 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 RPAIN-203ENST00000381209 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 LRRTM1-202ENST00000409148 2126 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 AL357673.1-201ENST00000637610 2542 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 BLOC1S5-202ENST00000397457 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 TLE3-205ENST00000539550 2464 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 RABGGTA-201ENST00000216840 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 PTHLH-205ENST00000535992 1891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 C20orf196-201ENST00000303142 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 RPL8-202ENST00000394920 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 AC008105.2-201ENST00000420431 579 ntTSL 4 BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 TSPY22P-201ENST00000427496 604 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 GOLGA2P7-203ENST00000557881 896 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 AC005336.2-201ENST00000593183 939 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 NDUFV2-AS1-203ENST00000608008 779 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 AL592071.1-201ENST00000611956 408 ntBASIC20.08■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 C10orf142-202ENST00000623589 1010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 ARHGEF28-204ENST00000437974 5792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 SHANK1-202ENST00000359082 6459 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
USP28Q96RU2 CCDC62-201ENST00000253079 3546 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
USP28Q96RU2 PACS2-202ENST00000430725 2944 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
USP28Q96RU2 ANHX-201ENST00000419717 1765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
USP28Q96RU2 CDK8-201ENST00000381527 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
USP28Q96RU2 YIPF2-204ENST00000586748 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
USP28Q96RU2 DTNBP1-203ENST00000355917 1359 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
USP28Q96RU2 TSPAN7-202ENST00000378482 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
USP28Q96RU2 BATF2-202ENST00000435842 1949 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
USP28Q96RU2 RABGAP1L-204ENST00000357444 2605 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP28Q96RU2 RHNO1-209ENST00000618250 2070 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP28Q96RU2 RXRB-201ENST00000374680 2908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP28Q96RU2 SLC52A1-201ENST00000254853 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP28Q96RU2 MGAT2-201ENST00000305386 2687 ntAPPRIS P1 BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP28Q96RU2 DAG1-219ENST00000538711 5582 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP28Q96RU2 RALY-203ENST00000375114 6430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP28Q96RU2 IL34-201ENST00000288098 1607 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP28Q96RU2 HAAO-201ENST00000294973 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP28Q96RU2 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP28Q96RU2 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP28Q96RU2 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP28Q96RU2 LINC01315-202ENST00000424852 1142 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP28Q96RU2 SAPCD2P2-201ENST00000431719 1174 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
USP28Q96RU2 MHENCR-202ENST00000449500 801 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP28Q96RU2 AC125634.1-201ENST00000438758 1403 ntBASIC20.07■□□□□ 0.8
USP28Q96RU2 ZNF302-201ENST00000423823 2590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP28Q96RU2 PHGDH-208ENST00000641023 2096 ntAPPRIS P1 BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP28Q96RU2 ECSIT-202ENST00000270517 1700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP28Q96RU2 HRASLS5-206ENST00000540857 3032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP28Q96RU2 NOTCH2NL-201ENST00000362074 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP28Q96RU2 CRELD2-201ENST00000328268 1357 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP28Q96RU2 MRTO4-201ENST00000330263 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
USP28Q96RU2 ANTXRL-206ENST00000622632 1964 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
USP28Q96RU2 ST6GALNAC6-202ENST00000373141 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.4 ms