Protein–RNA interactions for Protein: O60663

LMX1B, LIM homeobox transcription factor 1-beta, humanhuman

Predictions only

Length 402 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LMX1BO60663 CPZ-203ENST00000382480 2538 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 MMP17-206ENST00000535291 2301 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 LGI4-202ENST00000392225 2891 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 AC117500.2-201ENST00000508145 1561 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 MSLNL-201ENST00000442466 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 ZBTB33-201ENST00000326624 5211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 FERMT2-203ENST00000395631 3369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 USB1-201ENST00000219281 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 MAPRE1-201ENST00000375571 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 PHF20L1-209ENST00000395386 6237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 MAPKAP1-208ENST00000394063 2977 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 CCDC63-202ENST00000545036 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 ATOH1-201ENST00000306011 2212 ntAPPRIS P1 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 AL138752.2-201ENST00000540557 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 AMACR-205ENST00000426255 1316 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 SEPT9-236ENST00000591088 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 RNH1-205ENST00000397615 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 C12orf56-207ENST00000543942 3242 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 TADA1-201ENST00000367874 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 P2RX6-201ENST00000401443 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 ALKBH3-201ENST00000302708 1474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 AC004832.3-202ENST00000439838 1470 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 EML3-201ENST00000278845 3017 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 EXOSC5-201ENST00000221233 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 PFN1-201ENST00000225655 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 MRPS15-201ENST00000373116 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 GGT1-208ENST00000404920 657 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 RPS14-203ENST00000407193 784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 NUS1P1-201ENST00000446295 882 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 KRT17P6-201ENST00000453795 1220 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 GGTLC2-203ENST00000480559 657 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 AC116353.4-201ENST00000507279 576 ntTSL 4 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 TSNARE1-204ENST00000519651 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 KRT8P26-201ENST00000534154 1276 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 MIR3180-1-201ENST00000580374 94 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 MIR3180-3-201ENST00000584616 94 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 AP002414.4-201ENST00000589764 1148 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 IL11-204ENST00000590625 1028 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 ANAPC2-201ENST00000323927 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 MAP3K8-207ENST00000542547 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 SMOX-205ENST00000379460 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 HHIPL1-201ENST00000330710 7390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 NOL3-201ENST00000268605 1394 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 RNF103-201ENST00000237455 3477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 DAP3-214ENST00000471642 1671 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 AC084018.2-201ENST00000613093 2607 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 ESAM-201ENST00000278927 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 GBX2-203ENST00000551105 1307 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 MCU-201ENST00000357157 2874 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 PAX4-204ENST00000463946 1613 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 SLC10A3-202ENST00000369649 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 NCAN-201ENST00000252575 6387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 PGLS-201ENST00000252603 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 IMP4-201ENST00000259239 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 DDX28-201ENST00000332395 2169 ntAPPRIS P1 BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 AURKAIP1-202ENST00000338338 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 BEX1-201ENST00000372728 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 CHCHD1-201ENST00000372833 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 PARD3-206ENST00000374776 3389 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 SGSM2-202ENST00000426855 4734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 AC069368.1-202ENST00000437723 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 MYD88-206ENST00000443433 914 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 AC234772.2-201ENST00000456532 375 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 AC091133.2-201ENST00000505903 428 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 LINC02237-202ENST00000521904 477 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 DICER1-AS1-204ENST00000554631 1709 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 AL512357.1-201ENST00000557687 518 ntTSL 4 BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 LINC01582-202ENST00000561215 452 ntTSL 4 BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 AC004771.4-201ENST00000576752 474 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 ASF1B-205ENST00000592798 769 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 IFNL4-202ENST00000616270 1132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 KCNE1B-204ENST00000623803 811 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 AL513523.2-201ENST00000633218 660 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 STRADA-254ENST00000640999 2336 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 DNAJB2-201ENST00000336576 3176 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 ZNF710-201ENST00000268154 4617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 RMDN3-202ENST00000338376 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 RGL3-202ENST00000393423 2278 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 GGT2-202ENST00000405188 1845 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 NGFR-202ENST00000504201 1840 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 EMX1-202ENST00000394111 1528 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 MICA-209ENST00000449934 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 MATN3-201ENST00000407540 2524 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 EXTL3-201ENST00000220562 6483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 HLA-J-201ENST00000462773 1622 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 MLXIP-201ENST00000319080 8427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 GCSH-209ENST00000639689 2412 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 TMCO1-207ENST00000580248 1735 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 RNF128-201ENST00000255499 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 SH2D3C-205ENST00000420366 2682 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 CRYL1-202ENST00000382812 1581 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 SLC2A6-202ENST00000371899 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 WDR45-205ENST00000376358 1432 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 LTV1-201ENST00000367576 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 PTGER3-208ENST00000370932 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 HOPX-201ENST00000317745 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 KCNK7-202ENST00000342202 1283 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
LMX1BO60663 SUSD4-203ENST00000344029 1056 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.6 ms