Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 SLC22A7-201ENST00000372574 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 COPS7A-210ENST00000539735 1832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 UBTF-202ENST00000343638 4684 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 PURB-201ENST00000395699 9069 ntAPPRIS P1 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 TEFM-205ENST00000581216 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 AC055811.2-201ENST00000427497 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 MAP4K4-205ENST00000350878 7640 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 NECTIN1-202ENST00000340882 1059 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 POM121L3P-201ENST00000419331 1163 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 LINC00472-203ENST00000426635 2958 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 AC098831.1-202ENST00000438821 336 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 HFE-210ENST00000470149 1123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 NSUN5P1-208ENST00000473960 500 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 EIF5A2-203ENST00000474096 570 ntTSL 4 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 NT5C3B-215ENST00000521789 993 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 AC008687.5-201ENST00000593746 558 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 TEX264-216ENST00000614067 1174 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 CCNC-219ENST00000627680 896 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 GOLGA6L10-207ENST00000610657 1705 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 HSPA4-205ENST00000617074 2358 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 SPATA18-202ENST00000419395 2816 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 SEPT4-201ENST00000317256 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 TMEM216-203ENST00000515837 1958 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 PRKCD-201ENST00000330452 2680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 PSMC3IP-204ENST00000587209 1381 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 SPRYD7-201ENST00000361840 3053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 ACBD3-201ENST00000366812 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 RTKN-203ENST00000305557 2646 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 TBL2-201ENST00000305632 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 RUSC1-214ENST00000490373 1700 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 PCDHGC5-202ENST00000610789 2763 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 PRSS38-201ENST00000366757 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 RPS8P6-201ENST00000426177 609 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 AL807752.7-201ENST00000471521 989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 IRF8-202ENST00000562492 946 ntTSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 DCTPP1-203ENST00000567983 801 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 AC008105.3-202ENST00000585471 1077 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 CIRBP-235ENST00000591935 746 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 AL022328.4-201ENST00000608025 1001 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 HNF1B-206ENST00000620125 1103 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 IL17RC-206ENST00000416074 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 CHUK-201ENST00000370397 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 GPS1-201ENST00000306823 1842 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 NOX4-207ENST00000525196 1555 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 PRRG3-205ENST00000538575 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 DCLK1-203ENST00000379892 2101 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 HADHB-208ENST00000537713 2142 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 CNNM1-201ENST00000356713 5959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 CLDN6-202ENST00000396925 1739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 PPFIA1-201ENST00000253925 5234 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 FOXD2-201ENST00000334793 4675 ntAPPRIS P1 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 NME9-203ENST00000383180 2133 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 SEH1L-202ENST00000399892 1846 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 ZNF394-201ENST00000337673 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 ETV7-204ENST00000373738 1570 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 TM2D1-201ENST00000294613 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 LCE1D-201ENST00000326233 430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 ROMO1-201ENST00000336695 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 TM2D1-204ENST00000371180 1248 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 ROMO1-203ENST00000374077 422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 FAM3A-205ENST00000393572 1041 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 CTNS-203ENST00000399306 803 ntTSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 UPF3AP3-201ENST00000420996 769 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 SART3-203ENST00000546611 1184 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 TM2D1-212ENST00000606498 969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 ATP6AP2-214ENST00000636287 1904 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 EML3-212ENST00000494176 2901 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 EML3-216ENST00000529309 2909 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 ZNF346-208ENST00000511834 2306 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 FAM13C-204ENST00000468840 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 LEXM-201ENST00000358193 1777 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 STAP2-201ENST00000594605 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 ACSS2-201ENST00000253382 2925 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 ARID4B-203ENST00000366603 5946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 MAPK8IP3-202ENST00000356010 4456 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 HYAL1-203ENST00000395143 1522 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 ATXN7-210ENST00000487717 3683 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 PIP5K1C-205ENST00000589578 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 SCYL1-202ENST00000279270 1659 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 CLDN7-202ENST00000397317 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 DANCR-204ENST00000444958 709 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 ABCD1P5-201ENST00000445663 754 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 LAT-205ENST00000454369 1262 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 MCCC2-205ENST00000509358 1214 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 MYL6-203ENST00000536128 1221 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 ZPBP2-204ENST00000584588 1277 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 AC010632.1-201ENST00000590376 572 ntTSL 4 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 MED16-213ENST00000616387 1078 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 AL691403.2-201ENST00000618460 490 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 CAND2-206ENST00000626378 333 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 AL139384.1-201ENST00000612143 3047 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 TFEB-206ENST00000403298 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 ITPR3-201ENST00000374316 9870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 PARP12-201ENST00000263549 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 ROR1-201ENST00000371079 5832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 CARNS1-202ENST00000445895 3971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 TLK2-201ENST00000326270 3512 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 PDLIM7-202ENST00000355841 1689 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 SEPT8-201ENST00000296873 4394 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
CHD3Q12873 SEPT11-209ENST00000510515 1886 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
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