Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 NUTM2F-202ENST00000341207 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 NUTM2G-202ENST00000372322 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 TINF2-201ENST00000267415 1852 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 PF4-201ENST00000296029 604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 SGF29-201ENST00000317058 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 YIF1B-203ENST00000339413 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 PTCHD3P3-201ENST00000403073 906 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 CRCP-205ENST00000431089 942 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 C11orf74-203ENST00000446510 1062 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 POLD2P1-201ENST00000511220 997 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 KRT18P58-201ENST00000527480 1120 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 SMIM22-203ENST00000588500 525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 FFAR2-202ENST00000599180 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 PGM5P2-202ENST00000637225 1043 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 PPAN-P2RY11-201ENST00000393796 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 ADORA1-202ENST00000337894 2919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 PPM1G-201ENST00000344034 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 CHPF-201ENST00000243776 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 BRSK2-201ENST00000308219 4089 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 RPS6KA5-201ENST00000418736 2249 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 EVX1-202ENST00000496902 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 MFSD11-219ENST00000593181 1922 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 SCOC-208ENST00000510586 2193 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 ZNF517-202ENST00000525105 1383 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 ZNF416-201ENST00000196489 2561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 SLC39A13-213ENST00000533076 1805 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 CPXM2-204ENST00000615851 2512 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 DTX2-211ENST00000446600 2281 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 RBCK1-203ENST00000382181 2208 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 DPM3-203ENST00000368400 409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 AC007967.2-201ENST00000432613 625 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 SUMO2P17-202ENST00000508743 738 ntTSL 3 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 C12orf76-202ENST00000546627 461 ntTSL 4 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 LINC00596-201ENST00000559615 937 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 AC107896.1-201ENST00000593212 548 ntTSL 4 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 TUBB4A-209ENST00000598006 565 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 FAM86DP-207ENST00000497543 2152 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 GPX3-209ENST00000614343 1478 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 C19orf25-207ENST00000588871 2128 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 PSENEN-202ENST00000587708 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 AC116353.5-201ENST00000638148 1699 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 RER1-202ENST00000378512 1404 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 RTKN2-203ENST00000395260 2076 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 AC104809.2-201ENST00000418218 2274 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 IRF8-203ENST00000563180 1394 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 LINC02415-201ENST00000508505 1315 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 TIMM17B-202ENST00000396779 1099 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 TSTD1-204ENST00000423014 593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 PAWRP1-201ENST00000451083 565 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 BRICD5-202ENST00000562360 783 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 IL2RG-202ENST00000374188 1432 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 CSPG5-201ENST00000264723 4080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 IL18BP-207ENST00000404792 2172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 AGPAT5-201ENST00000285518 3685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 DDX19B-207ENST00000563206 1765 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 DMAP1-201ENST00000315913 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 GCSH-209ENST00000639689 2412 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 TMEM42-201ENST00000302392 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 TNNT3-203ENST00000381557 1019 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 MED15P5-201ENST00000423150 992 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 AC064807.1-202ENST00000423716 936 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 MRPL49-203ENST00000526171 501 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 FLJ20021-201ENST00000527564 790 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 FAU-209ENST00000531743 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 TWSG1-202ENST00000581641 1119 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 ARMC7-204ENST00000582136 1204 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 AC005593.1-201ENST00000624894 515 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 PDZD3-202ENST00000355547 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
COL3A1P02461 SIL1-201ENST00000265195 1895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
COL3A1P02461 WDR45-206ENST00000376368 1381 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
COL3A1P02461 SEC14L2-215ENST00000617837 2632 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.28
COL3A1P02461 ARFGAP2-229ENST00000627920 2613 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.28
COL3A1P02461 PANX1-202ENST00000436171 2750 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
COL3A1P02461 CMPK2-201ENST00000256722 2884 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL3A1P02461 PDE9A-205ENST00000349112 1616 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL3A1P02461 CMTM3-214ENST00000567572 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL3A1P02461 AP001273.2-201ENST00000638767 2993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL3A1P02461 NMU-202ENST00000505262 693 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL3A1P02461 DCTPP1-203ENST00000567983 801 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL3A1P02461 SBDS-205ENST00000617799 953 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL3A1P02461 NR4A2-204ENST00000409572 2878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL3A1P02461 CCDC3-201ENST00000378825 2731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL3A1P02461 SPRED2-206ENST00000443619 1800 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL3A1P02461 ZNF274-202ENST00000345813 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL3A1P02461 FST-202ENST00000396947 2538 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL3A1P02461 RUNDC3B-203ENST00000394654 2064 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL3A1P02461 SHOX-204ENST00000554971 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL3A1P02461 ZNF561-AS1-204ENST00000587536 1799 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL3A1P02461 DNM3-203ENST00000367733 2322 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL3A1P02461 GCAT-201ENST00000248924 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL3A1P02461 AC083864.1-201ENST00000381493 1497 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL3A1P02461 DHRS7-212ENST00000611054 1321 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
COL3A1P02461 VPS13B-201ENST00000355155 2822 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL3A1P02461 SCARB1-208ENST00000544327 1812 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL3A1P02461 GAR1-202ENST00000394631 1011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL3A1P02461 AL031587.1-201ENST00000410099 1055 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL3A1P02461 AL133375.1-201ENST00000500590 980 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
COL3A1P02461 FAM197Y3-203ENST00000618346 717 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.6 ms