Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

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Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 CLEC18C-203ENST00000541793 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 PITX2-203ENST00000355080 2100 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 AC004865.2-202ENST00000444348 852 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 LINC00595-207ENST00000476909 792 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 RN7SL589P-201ENST00000481268 310 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 ERLIN2-202ENST00000335171 1742 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 HPCAL1-206ENST00000613496 1547 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 VMAC-201ENST00000339485 2254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 WDR90-202ENST00000315764 1454 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 AC002056.1-201ENST00000395613 760 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 U52111.1-201ENST00000434284 914 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 ITGB1BP1-205ENST00000456913 1043 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 ITGB1BP1-216ENST00000488451 874 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 BAD-207ENST00000544785 525 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 AL662799.1-202ENST00000614205 422 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 ENOSF1-202ENST00000340116 1658 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 RNF183-203ENST00000441031 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 FBLN7-202ENST00000331203 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 HARS-203ENST00000431330 1774 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 LGMN-216ENST00000557434 1797 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 FLYWCH1P1-201ENST00000460917 1874 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 NHLH2-201ENST00000320238 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 FAM206A-201ENST00000322940 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 LMX1B-204ENST00000561065 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 EXD3-203ENST00000465160 1585 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 ACADVL-205ENST00000543245 2227 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 NF2-203ENST00000353887 1845 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 PDCD10-201ENST00000392750 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 POLR2J4-203ENST00000326391 1422 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 MTFR1L-218ENST00000526894 733 ntTSL 4 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 DHRS4-205ENST00000558263 1089 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 DHRS4L2-207ENST00000558753 556 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 SPTLC1P1-201ENST00000447199 261 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 TMEM63A-209ENST00000537914 1018 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 PTHLH-206ENST00000538310 854 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 TUBA1A-203ENST00000546918 984 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 TMED1-207ENST00000591695 809 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 SIGLEC7-205ENST00000600577 616 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 VGLL4-211ENST00000430365 1377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 TRABD-203ENST00000395827 2172 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 ACD-202ENST00000393919 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 TSPAN4-205ENST00000397406 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 CD40-207ENST00000620709 1522 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 TRAPPC6A-202ENST00000585934 758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 CBLN2-201ENST00000269503 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 ST8SIA4-202ENST00000451528 1794 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 PTOV1-AS1-201ENST00000596521 2155 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 AC116562.4-201ENST00000641316 2276 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 DKK3-202ENST00000396505 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 PRSS23-209ENST00000533902 2043 ntTSL 4 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 ZNF623-203ENST00000526926 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 SDCBP-201ENST00000260130 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 NSUN5P2-205ENST00000602348 1776 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 AC002310.2-202ENST00000492040 1488 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 Z97056.1-201ENST00000433230 556 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 PIGZ-204ENST00000443835 675 ntTSL 4 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 AP000275.2-202ENST00000553001 929 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 HNRNPK-202ENST00000360384 2038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 PDHX-203ENST00000448838 2653 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 KIRREL2-205ENST00000592409 2563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 PDCL3-201ENST00000264254 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 HTR1E-201ENST00000305344 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 SGCE-206ENST00000445866 1666 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 WWOX-214ENST00000566780 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 NPM2-201ENST00000289820 1100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 GNG4-205ENST00000484517 684 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 MZF1-202ENST00000594108 1110 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 PIR-202ENST00000380421 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 VBP1-201ENST00000286428 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 TEX264-202ENST00000395057 1555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 CFC1B-202ENST00000619050 1554 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 SPOCK3-215ENST00000510741 1963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 LINC00824-206ENST00000523173 920 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 SNX19-207ENST00000528555 1506 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 SQOR-201ENST00000260324 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 VRK3-225ENST00000601912 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 TUBA4A-201ENST00000248437 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 TADA3-202ENST00000343450 2554 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 DUOXA1-202ENST00000430224 1317 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 TMEM143-202ENST00000377431 1960 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 CRYBA2-201ENST00000295728 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 LINC01818-201ENST00000437118 368 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 SPDYE14P-201ENST00000442619 822 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 AC107918.2-201ENST00000530817 355 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 COX11-202ENST00000571584 1108 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 AC007216.4-201ENST00000574364 562 ntTSL 4 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 FBXO24-201ENST00000241071 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 AC008969.1-203ENST00000313957 1897 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 REEP2-202ENST00000378339 2170 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CHD9Q3L8U1 BCS1L-212ENST00000439945 1483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
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