Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 DAPK2-202ENST00000457488 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 SUSD4-208ENST00000494793 1833 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 TRNT1-205ENST00000402675 1935 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 ALDH3A1-206ENST00000457500 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 AATF-208ENST00000619387 2141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 AC135050.7-201ENST00000624508 2218 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 CPSF3-201ENST00000238112 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 RPS6KA1-203ENST00000374166 3131 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 PRKAR1B-204ENST00000406797 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 FXYD6-204ENST00000526014 2171 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 SNX1-208ENST00000559844 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 DNAJC4-203ENST00000355040 759 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 SNHG17-206ENST00000436764 973 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 DDIT4-AS1-201ENST00000491934 847 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 POLD4-207ENST00000531239 584 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 AC096734.2-201ENST00000562054 433 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 AC005256.1-202ENST00000592934 415 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 FAM13C-204ENST00000468840 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 SKP2-201ENST00000274254 1537 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 C16orf59-204ENST00000563531 1864 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 PGRMC1-202ENST00000535419 1762 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 KRT28-201ENST00000306658 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 AC138696.1-201ENST00000522452 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 CXXC1-212ENST00000589940 2242 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 PRAMEF20-201ENST00000316412 1597 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 MARK2-204ENST00000402010 4728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 BANP-217ENST00000479780 1551 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 NDRG4-202ENST00000356752 1375 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 ECE1-203ENST00000374893 2484 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 PIGV-201ENST00000078527 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 BIN1-208ENST00000376113 1832 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 FIGLA-201ENST00000332372 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 AP001058.1-201ENST00000423967 463 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 YBX1P5-201ENST00000509441 847 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 DHDH-204ENST00000523250 634 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 CPSF1-207ENST00000531727 704 ntTSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 KLK6-204ENST00000594641 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 AL691403.2-201ENST00000618460 490 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 C1QTNF1-201ENST00000311661 2624 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 TRPC1-203ENST00000476941 3061 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 KRT79-201ENST00000330553 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 CLEC18A-202ENST00000393701 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 CLEC18C-203ENST00000541793 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 SEMA6C-209ENST00000613223 1950 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 MPZL1-201ENST00000359523 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 HLA-A-204ENST00000396634 1868 ntAPPRIS P1 BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 RNH1-204ENST00000397614 1864 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 LINC00304-203ENST00000565008 1864 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 IL15-201ENST00000296545 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 NPEPL1-204ENST00000525967 1917 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 SPSB1-201ENST00000328089 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 AC005920.1-201ENST00000501718 2054 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 KRT16P6-201ENST00000417510 1873 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 MOSPD3-201ENST00000223054 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 C19orf70-201ENST00000309324 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 TSTD1-203ENST00000368024 457 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 CROCCP3-203ENST00000589964 255 ntTSL 3 BASIC21.78■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 TK1-204ENST00000590430 683 ntTSL 3 BASIC21.78■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 AL590999.1-203ENST00000606829 542 ntTSL 4 BASIC21.78■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 RASL11A-201ENST00000241463 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 PRKN-202ENST00000366892 1505 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 ETV4-205ENST00000545954 1775 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 BCR-202ENST00000359540 4708 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 DFNA5-203ENST00000409970 2005 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 GORASP1-206ENST00000422110 2523 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 AC009779.2-201ENST00000552576 1443 ntTSL 4 BASIC21.78■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 ELOA3-201ENST00000330682 1877 ntAPPRIS P1 BASIC21.77■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 LONP1-215ENST00000593119 2918 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 TMEM177-201ENST00000272521 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 MFSD11-219ENST00000593181 1922 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 BICRA-204ENST00000614245 5697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 GPRC5C-201ENST00000342648 1273 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 PARK7-203ENST00000377491 977 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.77■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 ADARB2-201ENST00000381305 703 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 AP1S3-203ENST00000396654 830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 LHX5-AS1-201ENST00000551357 522 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 SPATA33-208ENST00000568929 1264 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 EMC8-201ENST00000253457 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 APLP2-210ENST00000528499 2530 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
TRIM28Q13263 PKD1L2-209ENST00000531391 1488 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 ZNF346-208ENST00000511834 2306 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 ARSA-201ENST00000216124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 KLHL2-201ENST00000226725 3134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 LYPLA2-205ENST00000374514 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 SLX1B-SULT1A4-201ENST00000344620 2424 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 TMEM147-201ENST00000222284 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 FAM90A1-201ENST00000307435 2342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 HUS1B-201ENST00000380907 1025 ntAPPRIS P1 BASIC21.76■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 CBS-203ENST00000398158 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 THAP7-202ENST00000399133 1144 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 MRPS12-203ENST00000407800 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 SGO2-202ENST00000409203 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 TMEM235-202ENST00000421688 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 ZNF295-AS1-202ENST00000429739 783 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 TREML1-203ENST00000437044 647 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 PAWRP1-201ENST00000451083 565 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 ITGB1BP1-205ENST00000456913 1043 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 ITGB1BP1-216ENST00000488451 874 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 EHMT1-216ENST00000493484 1182 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
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