Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 PDE4A-202ENST00000344979 2579 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
MSX1P28360 PCCA-203ENST00000376286 2481 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
MSX1P28360 CORO1C-204ENST00000541050 2487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
MSX1P28360 ARHGAP9-202ENST00000393797 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
MSX1P28360 LHX8-201ENST00000294638 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
MSX1P28360 UBXN6-202ENST00000394765 1809 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
MSX1P28360 ABHD14B-203ENST00000395008 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
MSX1P28360 AC009949.1-201ENST00000623048 1830 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
MSX1P28360 TMEM14A-201ENST00000211314 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
MSX1P28360 FCN3-201ENST00000270879 1030 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
MSX1P28360 NPFFR2-202ENST00000344413 1234 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
MSX1P28360 FCN3-202ENST00000354982 997 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
MSX1P28360 ARMC12-202ENST00000373866 1254 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
MSX1P28360 C1QC-201ENST00000374637 1089 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
MSX1P28360 IGF2-202ENST00000381392 1005 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
MSX1P28360 COX5BP2-201ENST00000392354 334 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
MSX1P28360 SBDSP1-202ENST00000423945 618 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
MSX1P28360 MEG3-211ENST00000452514 461 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
MSX1P28360 POLR2M-203ENST00000464277 910 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
MSX1P28360 AC136604.3-201ENST00000508188 429 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
MSX1P28360 FICD-205ENST00000552758 603 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
MSX1P28360 AC084125.4-201ENST00000580385 338 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
MSX1P28360 AP005901.3-202ENST00000581653 237 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
MSX1P28360 AC036176.1-201ENST00000589905 785 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
MSX1P28360 RAB34-226ENST00000636772 1180 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
MSX1P28360 FGD5-201ENST00000285046 5720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
MSX1P28360 IMP4-201ENST00000259239 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
MSX1P28360 RNF121-201ENST00000361756 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
MSX1P28360 ZNF385A-202ENST00000352268 2076 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
MSX1P28360 TCEAL4-201ENST00000372629 1511 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
MSX1P28360 NSUN5P1-202ENST00000421140 1535 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
MSX1P28360 NSUN5P2-203ENST00000457352 1529 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
MSX1P28360 KCNA7-201ENST00000221444 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
MSX1P28360 ELP5-214ENST00000574993 2209 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
MSX1P28360 RPH3A-203ENST00000543106 2581 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
MSX1P28360 CROCC2-201ENST00000443866 5382 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
MSX1P28360 FPGS-201ENST00000373225 2278 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
MSX1P28360 TRAPPC12-201ENST00000324266 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
MSX1P28360 TMEM237-213ENST00000621467 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
MSX1P28360 NFATC4-223ENST00000555802 1476 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
MSX1P28360 PPP2R2B-203ENST00000394411 2071 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
MSX1P28360 AQP8-201ENST00000219660 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
MSX1P28360 CCDC78-201ENST00000293889 1611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
MSX1P28360 MPP2-206ENST00000518766 1896 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
MSX1P28360 DAPK1-202ENST00000408954 5892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
MSX1P28360 SPNS3-201ENST00000355530 2133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
MSX1P28360 AL049795.1-201ENST00000373604 642 ntTSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
MSX1P28360 PSMB8-202ENST00000374882 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
MSX1P28360 CD9-202ENST00000382515 1229 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
MSX1P28360 RAB24-204ENST00000393611 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
MSX1P28360 SAPCD2P3-201ENST00000455031 850 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
MSX1P28360 AC080013.1-203ENST00000468242 720 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
MSX1P28360 AC080013.1-201ENST00000495318 566 ntTSL 4 BASIC16.17■□□□□ 0.18
MSX1P28360 AC122714.2-201ENST00000502787 707 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
MSX1P28360 COX18-204ENST00000507544 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
MSX1P28360 RNASEH2C-202ENST00000527610 835 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
MSX1P28360 ADA-207ENST00000537820 1128 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
MSX1P28360 ADAM10-217ENST00000561288 583 ntTSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
MSX1P28360 AC008878.2-201ENST00000601870 942 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.17■□□□□ 0.18
MSX1P28360 Z94160.2-201ENST00000609322 910 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
MSX1P28360 LINC01451-201ENST00000623792 534 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
MSX1P28360 TLK2-202ENST00000343388 3227 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
MSX1P28360 ANKRD17-211ENST00000639793 3486 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
MSX1P28360 GMPR-201ENST00000259727 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
MSX1P28360 RAB43-201ENST00000315150 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
MSX1P28360 GINM1-201ENST00000367419 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
MSX1P28360 CELF6-204ENST00000543764 1676 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
MSX1P28360 MOAP1-201ENST00000298894 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
MSX1P28360 NKX2-1-203ENST00000518149 2583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
MSX1P28360 PROK1-201ENST00000271331 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
MSX1P28360 CLDN14-203ENST00000399136 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
MSX1P28360 LMNA-207ENST00000368301 2461 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
MSX1P28360 TAL1-201ENST00000294339 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
MSX1P28360 IGF2-204ENST00000381406 5179 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
MSX1P28360 RUSC1-214ENST00000490373 1700 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
MSX1P28360 TTC19-201ENST00000261647 3002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
MSX1P28360 GNAS-203ENST00000306120 1878 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
MSX1P28360 C16orf59-204ENST00000563531 1864 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
MSX1P28360 RELL2-201ENST00000297164 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
MSX1P28360 NUDT10-202ENST00000376006 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
MSX1P28360 CHRNB1-201ENST00000306071 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
MSX1P28360 PLPPR2-208ENST00000591608 2552 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
MSX1P28360 UQCC3-201ENST00000377953 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
MSX1P28360 RNF146-213ENST00000610153 2070 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
MSX1P28360 VAMP5-201ENST00000306384 689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
MSX1P28360 ID2-202ENST00000331129 623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
MSX1P28360 BOLA1-201ENST00000369150 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
MSX1P28360 CDKN1C-201ENST00000380725 1220 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
MSX1P28360 FAM220CP-201ENST00000395253 831 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
MSX1P28360 C2orf82-202ENST00000409230 663 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
MSX1P28360 AC103564.2-201ENST00000432853 1299 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
MSX1P28360 AC007967.3-201ENST00000434308 558 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
MSX1P28360 AC091607.1-201ENST00000490318 1060 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
MSX1P28360 AC010522.1-205ENST00000598031 606 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
MSX1P28360 REXO1L6P-202ENST00000619970 1078 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
MSX1P28360 ACSF2-201ENST00000300441 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
MSX1P28360 CYP7B1-201ENST00000310193 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
MSX1P28360 RNF32-201ENST00000311822 1842 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
MSX1P28360 NUDC-201ENST00000321265 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
MSX1P28360 PPA2-202ENST00000348706 1414 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.2 ms