Protein–RNA interactions for Protein: O15259

NPHP1, Nephrocystin-1, humanhuman

Predictions only

Length 732 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP1O15259 AL390334.1-205ENST00000555797 411 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 LINC01413-201ENST00000564843 772 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 COX5A-206ENST00000568783 571 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 AC008761.1-201ENST00000595363 217 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 FCER2-202ENST00000360067 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 TLX2-204ENST00000621092 1452 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 GMPPA-204ENST00000373908 1501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 ALG3-201ENST00000397676 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 CACNA1A-240ENST00000637432 7809 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 CACNA1A-258ENST00000638029 7814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 LINC00271-201ENST00000421378 1580 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 DEF8-211ENST00000563795 1767 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 AURKA-202ENST00000347343 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 TOR2A-205ENST00000463577 2211 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 FBXO24-201ENST00000241071 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 KRT8-217ENST00000619952 2437 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 AZIN1-201ENST00000337198 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 E2F2-201ENST00000361729 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 DPF1-203ENST00000414789 1960 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 UBXN6-202ENST00000394765 1809 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 DHRS2-201ENST00000250383 1705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 PSTK-201ENST00000368887 1705 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 FAM72B-207ENST00000619376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 ADM-208ENST00000534464 1640 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 INPP5J-204ENST00000402238 1564 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 WIPI2-211ENST00000484262 1504 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 KRT8P47-201ENST00000604727 1398 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 TYROBP-201ENST00000262629 568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 ANP32E-201ENST00000369114 1048 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 HIST1H2BD-202ENST00000377777 496 ntAPPRIS P1 BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 EXOSC8-202ENST00000389704 1198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 PON3-205ENST00000451904 1053 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 AC025183.1-201ENST00000506335 425 ntTSL 4 BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 MAL2-202ENST00000531508 892 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 AL442663.3-201ENST00000554737 1000 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 AC018845.2-201ENST00000568326 409 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 LCE1E-203ENST00000619588 267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 ZDHHC23-201ENST00000330212 3778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 RHOT1-202ENST00000354266 2919 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 DIP2A-203ENST00000435722 2760 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 WAPL-202ENST00000298767 6333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 ZDHHC3-205ENST00000424952 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 TBX21-201ENST00000177694 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 PHRF1-205ENST00000533464 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 AC126763.1-201ENST00000552015 2118 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 BAIAP2L2-201ENST00000332536 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 FBXL18-205ENST00000620087 2076 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 NUDC-201ENST00000321265 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 CSF3-202ENST00000331769 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 AL079301.1-201ENST00000424580 1633 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 TRIM24-201ENST00000343526 8410 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 FNDC8-201ENST00000158009 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 CD244-202ENST00000368033 1360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 TMPRSS5-201ENST00000299882 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 KRTCAP2-201ENST00000295682 552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 PHF19-201ENST00000312189 836 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 PRORY-201ENST00000382764 878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 AL122058.1-202ENST00000426580 252 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 ALG1L5P-201ENST00000482043 771 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 BX890604.1-208ENST00000490920 726 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 SUMO2P17-202ENST00000508743 738 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 ATP6V0D1-203ENST00000540149 1262 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 CRB3-204ENST00000600229 1078 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 LRRC23-215ENST00000622489 1061 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 TSC2-201ENST00000219476 6156 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 HMCES-201ENST00000383463 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 MIB2-231ENST00000518681 3116 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 LPAR3-201ENST00000370611 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 PTCHD3-202ENST00000622555 1720 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 ITGB5-201ENST00000296181 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 CCDC78-201ENST00000293889 1611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 AC138969.1-205ENST00000381497 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 AC006504.4-201ENST00000592118 1568 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 USP39-201ENST00000323701 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 POLD3-203ENST00000527458 2122 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 AKAP17A-201ENST00000313871 3204 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 ADORA2A-215ENST00000618076 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 ASB1-201ENST00000264607 6994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 AC093627.6-201ENST00000478759 1365 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 LLGL2-203ENST00000392550 3509 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 AC108073.2-201ENST00000464002 357 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 HOXB-AS4-202ENST00000480386 566 ntTSL 4 BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 GMDS-AS1-205ENST00000529893 900 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 AC004706.3-202ENST00000621574 984 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 YBX3-201ENST00000228251 1796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 IRF3-203ENST00000377139 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 RSAD1-201ENST00000258955 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 HTRA3-201ENST00000307358 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 MCU-202ENST00000373053 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 UVSSA-207ENST00000511216 2927 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 CNNM3-202ENST00000377060 3308 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 CBSL-210ENST00000624934 1992 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 CLDN15-208ENST00000611078 1509 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 CDH22-201ENST00000372262 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 AC004408.2-201ENST00000623613 2777 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 LSM12-201ENST00000293406 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 BST1-201ENST00000265016 1480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 STMN4-202ENST00000350889 2288 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
NPHP1O15259 NCF1C-201ENST00000438382 1427 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.6 ms