Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 GGT1-204ENST00000401885 968 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 CT47A4-201ENST00000415858 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 CT47A9-201ENST00000417256 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 CT47A6-201ENST00000419194 1298 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 CT47A10-201ENST00000430448 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 CT47A5-201ENST00000439466 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 CT47A3-201ENST00000441330 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 CT47A8-201ENST00000457977 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 EMBP1-201ENST00000458200 901 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 CT47A2-201ENST00000458218 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 NECTIN3-AS1-204ENST00000476301 568 ntTSL 4 BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 AC092597.1-201ENST00000487352 616 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 AC079776.4-201ENST00000511039 504 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 AL160237.2-201ENST00000556165 472 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 CARHSP1-205ENST00000562843 843 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 MIR3180-1-201ENST00000580374 94 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 MIR3180-3-201ENST00000584616 94 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 BEAN1-211ENST00000622872 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 CALM2-209ENST00000628793 1103 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 ZSWIM8-213ENST00000603114 5919 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 SEMA6C-209ENST00000613223 1950 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 TMEM176A-210ENST00000484928 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 AC140125.2-201ENST00000502515 1517 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 SQSTM1-202ENST00000389805 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 MTHFD1L-211ENST00000611279 3475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 NUDT16L1-201ENST00000304301 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 AC006116.8-202ENST00000587620 1550 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 MYBPH-201ENST00000255416 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 TRPM4-213ENST00000599628 1829 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 MCMBP-201ENST00000360003 4169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 SLCO4A1-202ENST00000370507 2665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 MFSD2A-203ENST00000420632 1914 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 OPRK1-205ENST00000612786 5196 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 TRIM9-201ENST00000298355 5284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 SELENOF-201ENST00000331835 1781 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 OTOP2-202ENST00000580223 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 BDKRB1-202ENST00000553356 1526 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 EPM2A-201ENST00000367519 3465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 ADSL-202ENST00000342312 1808 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 FCN3-201ENST00000270879 1030 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 ZNF575-201ENST00000314228 1298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 FCN3-202ENST00000354982 997 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 SDCBP2-203ENST00000381808 1261 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 GGT1-208ENST00000404920 657 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 LINC01063-201ENST00000441644 348 ntTSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 GGTLC2-203ENST00000480559 657 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 VEGFA-222ENST00000520948 1199 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 TRAF3IP2-AS1-208ENST00000525151 609 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 RPL19-204ENST00000579260 1051 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 TAF15-211ENST00000604841 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 AC010240.3-201ENST00000607688 395 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 DEF8-228ENST00000610455 816 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 AL031008.1-201ENST00000619963 541 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 MIEF2-204ENST00000395706 2441 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 YPEL3-202ENST00000398841 1588 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 GALNT17-201ENST00000333538 3884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 PLD3-206ENST00000409587 2180 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 AMACR-205ENST00000426255 1316 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 ADCK5-201ENST00000308860 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 JPH2-201ENST00000342272 1923 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 PARP6-220ENST00000569795 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 NDRG2-208ENST00000397851 2022 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 MIB2-201ENST00000355826 3290 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 TMEM65-201ENST00000297632 9029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 ZNF668-201ENST00000300849 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 ZNF354C-201ENST00000315475 5411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 C6orf47-202ENST00000375911 2475 ntAPPRIS P1 BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 MRAS-204ENST00000464896 1534 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 KIRREL2-205ENST00000592409 2563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 METTL9-201ENST00000358154 3256 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 CDC25A-202ENST00000351231 3663 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 PGLS-201ENST00000252603 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 UFSP1-201ENST00000388761 996 ntAPPRIS P1 BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 ROMO1-205ENST00000397416 288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 HSD11B1L-205ENST00000422535 730 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 RNF144A-AS1-205ENST00000439208 757 ntTSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 PHGR1-201ENST00000448599 436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 LINC01128-207ENST00000449005 874 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 KRT8P26-201ENST00000534154 1276 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 C14orf144-201ENST00000553757 537 ntTSL 4 BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 LINC01582-202ENST00000561215 452 ntTSL 4 BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 TBCB-205ENST00000585746 875 ntTSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 ZNF549-203ENST00000594943 556 ntTSL 4 BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 PTP4A1-201ENST00000370651 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 NRSN2-202ENST00000382291 2088 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 BPGM-202ENST00000393132 2051 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 KRT18P1-202ENST00000452408 1331 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 ACBD5-201ENST00000375888 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 ZDHHC20-209ENST00000542645 5315 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 AC005833.1-201ENST00000280684 4237 ntAPPRIS P1 BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 EXOC5-201ENST00000340918 2632 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 APEH-202ENST00000438011 2249 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 CHAC1-202ENST00000446533 1849 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 KCNT1-202ENST00000371757 4717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 BRPF1-201ENST00000383829 4736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 YY1AP1-206ENST00000359205 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 TSPYL5-201ENST00000322128 4491 ntAPPRIS P1 BASIC17.11■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 PML-211ENST00000564428 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
VPS4AQ9UN37 CNST-202ENST00000366512 2422 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.5 ms