Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 LTV1-201ENST00000367576 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 CRTC3-208ENST00000560098 1421 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 SIRPAP1-201ENST00000448467 1770 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 KCNA7-201ENST00000221444 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 ZNF419-205ENST00000424930 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 TNFAIP2-201ENST00000333007 4175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 HES1-201ENST00000232424 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 ADCY3-201ENST00000260600 5050 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 WNT10B-201ENST00000301061 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 SEC14L2-215ENST00000617837 2632 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 CSK-201ENST00000220003 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 AC008764.1-201ENST00000409035 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 C11orf80-203ENST00000525449 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 ACSM2B-208ENST00000565322 1834 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 SMIM29-201ENST00000335352 1160 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 TCEAL2-202ENST00000372780 1100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 RPA2-202ENST00000373909 1162 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 CTNS-203ENST00000399306 803 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 AL022342.1-201ENST00000400363 863 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 LINC01615-202ENST00000449466 603 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 AC080075.1-201ENST00000469747 427 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 CPEB2-207ENST00000507071 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 AC012615.5-201ENST00000592720 581 ntTSL 4 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 POFUT2-201ENST00000331343 4825 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 MSI2-203ENST00000416426 1714 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 SRPX-202ENST00000432886 1725 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 METTL21A-203ENST00000411432 4805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 GULP1-206ENST00000409830 1376 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 UBE2Q2-208ENST00000569423 2969 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 C11orf68-203ENST00000530188 1528 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 GGNBP2-210ENST00000611219 2315 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 GABRB1-201ENST00000295454 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 TTC22-201ENST00000371274 2149 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 ZRSR2-201ENST00000307771 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 MED29-202ENST00000594368 1471 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 KLHL33-202ENST00000636854 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 VPS37A-201ENST00000324849 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 ENC1-201ENST00000302351 5520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 STRN3-202ENST00000357479 2799 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 RBCK1-206ENST00000400247 790 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 COLEC11-207ENST00000404205 1062 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 AL096828.1-201ENST00000423020 542 ntTSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 C1orf109-203ENST00000464085 919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 PPIE-208ENST00000470213 927 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 AC117500.2-201ENST00000508145 1561 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 ADA-207ENST00000537820 1128 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 ZBP1-208ENST00000541799 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 AC021739.2-201ENST00000558375 964 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 AC084125.4-201ENST00000580385 338 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 TYROBP-205ENST00000585901 620 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 PRRT2-216ENST00000637403 2033 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 LIN28B-AS1-205ENST00000637414 879 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 C4orf32-201ENST00000309733 8901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 AC120049.1-201ENST00000592638 2065 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 AL356309.3-201ENST00000624132 1934 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 TAF6-211ENST00000453269 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 AC005865.2-201ENST00000505276 2303 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 DPH6-AS1-201ENST00000501169 1477 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 CCDC177-201ENST00000599174 4131 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 RGN-204ENST00000457380 2041 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 PVR-204ENST00000406449 1344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 NOTCH2NL-201ENST00000362074 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 ACTN4-202ENST00000390009 2102 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 PDLIM7-203ENST00000359895 1567 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 AR-207ENST00000612010 3896 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 ANKS3-230ENST00000614075 2387 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 AC009949.1-201ENST00000623048 1830 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 NXPH2-201ENST00000272641 1052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 HINT1-201ENST00000304043 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 QRFP-201ENST00000343079 411 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 SMOX-204ENST00000346595 982 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 CD9-202ENST00000382515 1229 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 CCDC74A-202ENST00000409856 1298 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 AL590627.1-203ENST00000421194 1026 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 SRP19-202ENST00000445150 833 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 AC097372.2-201ENST00000510996 732 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 NCAM1-AS1-202ENST00000533638 618 ntTSL 4 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 AC026336.2-201ENST00000563922 763 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 PAM16-208ENST00000573553 722 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 AC008878.2-201ENST00000601870 942 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 AL049840.3-201ENST00000602669 611 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 SCN5A-214ENST00000612060 714 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 MED16-213ENST00000616387 1078 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 EIF4ENIF1-202ENST00000344710 3115 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 KLHDC3-201ENST00000244670 1903 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 EFTUD1P1-204ENST00000560401 1798 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 ZNF397-204ENST00000585800 2046 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 LARGE2-201ENST00000325468 2522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 APOA5-201ENST00000227665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 SORT1-201ENST00000256637 7028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 TAF15-211ENST00000604841 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 NCOA6-207ENST00000616167 3271 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 IMP4-201ENST00000259239 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 SHISA3-201ENST00000319234 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 MTSS1L-204ENST00000616026 2241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 SEMA3C-201ENST00000265361 5174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 LYRM9-203ENST00000460380 2196 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 SLC47A2-201ENST00000325411 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.3 ms